徐階認(rèn)識到居正是國家棟梁之才，他舍不得讓他做楊繼盛、吳時來，甚至也舍不得讓他做鄒應(yīng)龍，冒著最后一次危險，他只讓居正在幕后活動。嚴(yán)嵩失敗以后，居正感覺到無限的高興，對于自己的政治前途，抱著無限的希望。

嘉靖三十六年的秋天，居正從江陵入京，再投入政治的旋渦。這一次他的出山，多分是因為不甘寂寞。整個政治局面絲毫沒有改進，世宗還是一意修玄，嚴(yán)嵩還是大權(quán)在握，徐階還是精心結(jié)撰青詞，不動聲色。新起的政治勢力還有嚴(yán)世蕃——嚴(yán)嵩的兒子。嚴(yán)嵩老了，逐日要到西內(nèi)伺候世宗，一切官員，要和他接洽政務(wù)的，他都吩咐和他的“小兒東樓”商量。東樓是世蕃的別號，父親對人稱呼兒子的別號，在當(dāng)時是一件詫異的事。世蕃從太常卿升工部左侍郎，這是一個名義，事實上，他是嚴(yán)嵩的代表。在當(dāng)時的政治社會里，嚴(yán)嵩是“大丞相”，世蕃是“小丞相”。

在這個時期里，對外的方面，還是沒有辦法。俺答不斷地向北京外圍——古北口、通州、薊州、大同、宣化進攻，國家的政治中心成為他最后的目標(biāo)。東南的倭寇也是不斷地進犯，他們沒有遠(yuǎn)大的計劃，但是全國富庶之區(qū)，長時期受到他們的蹂躪。內(nèi)政方面，當(dāng)然也談不上什么地方治安。居正回到翰林院以后，曾經(jīng)說起：