九月，太平軍余部分四路向福建挺進(jìn)。來(lái)王陸順德從廣東大埔北上，占領(lǐng)閩南永定縣，再往北進(jìn)取龍巖府；侍王李世賢率軍自江西南安府越梅嶺入廣東進(jìn)攻南雄，后撤圍經(jīng)平遠(yuǎn)、鎮(zhèn)平、大浦等地，九月十四日（10月14日），東向進(jìn)克閩東南的漳州府，斃清漳州鎮(zhèn)總兵祿魁、汀漳龍道徐曉峰和漳州知府扎克丹布等；天將丁太陽(yáng)、林正揚(yáng)等于九月中旬由江西云都、瑞金南下入閩境，十月十六日（11月14日）占領(lǐng)閩西南的武平，擒斬老湘營(yíng)大將張運(yùn)蘭（時(shí)任按察使），隨后東走永定。同時(shí)，康王汪海洋、佑王李遠(yuǎn)繼、偕王譚體元、祥王黃隆蕓等占領(lǐng)江西新城縣，旋經(jīng)寧都、瑞金進(jìn)入福建汀州境內(nèi)之灌田。據(jù)稱，同治三年秋，進(jìn)入福建的太平軍總數(shù)在30萬(wàn)人左右。這使閩浙總督左書(shū)常極為震驚。他奏請(qǐng)清廷以蔣益澧護(hù)理浙江巡撫，以楊昌浚署布政使，自己親自赴閩督戰(zhàn)。

十月二十八日（11月26日），左宗棠從杭州出發(fā)，揮清軍分兩路進(jìn)入福建：西路飭幫辦福建軍務(wù)劉典率所部新軍8 000人由江西建昌赴汀州府。又奏請(qǐng)清廷以記名臬司王德榜署福建按察使，帶所部五營(yíng)（約2 500人）自江西瑞金入汀州會(huì)合作戰(zhàn)：中路以提督黃少春、副將劉明珍兩軍共4 000多人由衢州、江山取道福建浦城、建寧赴邵武一帶接防，騰出康國(guó)器一軍進(jìn)攻漳州府；東路則以署浙江提督高連升部4 000人、知府魏光邴部500人由杭州東赴寧波，雇輪船由海道赴福州，出興化（今莆田）、泉州。

十月上旬，原奉檄力圖泉州、廈門(mén)的署福建陸路提督林文察，偕同副將惠壽率軍進(jìn)攻漳州。李世賢督軍反攻，擊破了惠壽的營(yíng)盤(pán)，林文察退守玉洲。

十一月初三日（12月1日），李世賢率軍主動(dòng)出擊，分別進(jìn)攻萬(wàn)松關(guān)、瑞香亭陸路各營(yíng)及鎮(zhèn)內(nèi)水營(yíng)，陣斬林文察，并打退了署福建水師提督曾玉明的援軍。十一月十九日（12月17），汪海洋、李遠(yuǎn)繼、譚體元等于汀州上杭、連城間之南陽(yáng)、新泉等地，大破左軍西路劉典部，斬副將盧華勝、參將劉教廷，進(jìn)占楊家坊。翌日，劉典退守連城，王德榜、王開(kāi)琳等從汀州赴援。二十七日（12月25日），左宗棠率軍行抵延平（即今南平縣），護(hù)理浙江巡撫蔣益澧派署衢州鎮(zhèn)總兵劉清亮率3 000人援閩。當(dāng)時(shí)在福建的太平軍，主要有兩大支：李世賢以漳州城為中心，占有南靖、云霄（均屬漳州府）、龍巖（屬龍巖州），永定（屬汀州府），擁眾10余萬(wàn)；汪海洋約有9萬(wàn)人，扎老營(yíng)于長(zhǎng)汀、連城、上杭（均屬汀州府）交界的南陽(yáng)，分軍守吉田、下車、南嶺一帶。這樣，閩西南大部地區(qū)一時(shí)均入太平軍版圖，聲威大振，形成了一個(gè)新的基地。左宗棠這時(shí)深感兵力不足，以自己所部的兩萬(wàn)余人，加上協(xié)同作戰(zhàn)的閩軍、粵軍亦不過(guò)四五萬(wàn)，不僅雙方實(shí)力懸殊，而且左宗棠說(shuō)：“李、汪諸逆狡悍兇頑，倍于群寇”，深感難于對(duì)付。清廷為增加福建兵力，于十二月初五諭令新任福建水師提督吳全美（在粵），陸路提督郭松林（在蘇），汀州鎮(zhèn)總兵沈俊德，漳州鎮(zhèn)總兵李成謀（在鄂），金門(mén)鎮(zhèn)總兵王東華（在蘇），建寧鎮(zhèn)總兵張得勝（在皖），各帶本部赴任。