1939年夏，柳亞子憤于日寇全面侵華，決心以死相抗。他有感于國(guó)家已到生死存亡的緊要關(guān)頭，與南明歷史有著諸多相似之處，為砥礪全民誓死抗戰(zhàn)的決心，他把自己在上海的居所命名為“活埋庵”，蟄居其中，杜門(mén)謝客，準(zhǔn)備以余生寫(xiě)成《南明史綱》，以昭誡世人。

柳亞子埋頭于明末各種正史、野史間，鉤稽索賾，伏案不輟，同時(shí)又時(shí)刻關(guān)心著時(shí)局的進(jìn)程?？吹饺諠u嚴(yán)峻的戰(zhàn)爭(zhēng)形勢(shì)，他作好了以一死殉家國(guó)的打算，才五十多歲的他毅然立下了遺囑：“余以病廢之身，靜觀時(shí)變，不擬離滬。敵人倘以橫逆相加，當(dāng)誓死抵抗，成仁取義，古訓(xùn)昭垂。束發(fā)讀書(shū)，初衷俱在，斷不使我江鄉(xiāng)先哲吳長(zhǎng)興、孫君昌輩笑人于地下也?！?1月，上海已成孤島，柳亞子不為敵偽的囂張氣焰所動(dòng)，仍然固守家中，等待著命運(yùn)的安排。

這時(shí)，何香凝領(lǐng)導(dǎo)的國(guó)難救護(hù)隊(duì)和上海的中共地下組織紛紛前來(lái)做柳亞子的工作，規(guī)勸他迅速離開(kāi)上海，不要做無(wú)謂的犧牲。一死雖然可以警醒世人，但留得青山在，不怕沒(méi)柴燒，活著可以做出更大的貢獻(xiàn)。當(dāng)時(shí)阿英先生（錢(qián)杏邨）仍留居上海，化名魏如晦，寫(xiě)作劇本《碧血花》（一名《明末遺恨》），借此喚起民眾的抗戰(zhàn)熱情。他受地下黨的委托，也來(lái)到活埋庵中，懇摯地勸說(shuō)柳亞子，要他離開(kāi)上海這個(gè)隨時(shí)可能變作戰(zhàn)場(chǎng)的地方。

柳亞子潛心研究南明史，有很多史籍來(lái)自阿英的提供，其中一部分還是阿英收藏的海內(nèi)孤本。兩人素有同嗜，真是酒逢知己千杯少，一談就是半夜，當(dāng)時(shí)的上海夜色如磐，而兩人卻沉浸在近三百年前南明小朝廷的血雨腥風(fēng)之中。江海關(guān)的大鐘敲響了午夜的鐘聲，兩人回到了現(xiàn)實(shí)，不禁相對(duì)黯然?；钕氯?，并要記住！柳亞子猛然懂得了阿英的來(lái)意，告別時(shí)，阿英擔(dān)心柳亞子是因?yàn)橐^續(xù)借用他的書(shū)籍才滯留上海，就慷慨地說(shuō)：“亞子先生，除了關(guān)于延平王（鄭成功）的一部分，我要寫(xiě)《延平春秋》，還須留用外，其余的你一概帶走好了?！绷鴣喿泳o緊地握住阿英的手，久久才道出一句話：保重！

12月12日半夜時(shí)分，柳亞子帶了全部南明史籍和手稿，攜全家乘亞洲皇后號(hào)客輪離滬赴港。抵達(dá)香港后，他僦居九龍德成街，后又移居九龍柯士甸道117號(hào)二樓，與許世英、杜月笙為左右鄰。他把自己的寓所取名“羿樓”，以后羿射日自居，表示與日本侵略者不共戴天。在此期間，他把大部分精力都傾注在《南明史綱》的寫(xiě)作上，他的《南明史綱初稿》開(kāi)始在香港《大風(fēng)》半月刊連載，茅盾主編的《筆談》第七期刊出了他的《一年來(lái)對(duì)于南明史料的工作報(bào)告》一文，對(duì)自己一年來(lái)的南明史研究進(jìn)行了客觀而詳盡的回顧和總結(jié)。

正當(dāng)工作順利進(jìn)展之時(shí)，1941年12月8日，日軍突襲香港，炮聲隆隆，硝煙四起，處在九龍的羿樓首當(dāng)其沖。翌日凌晨，一夜無(wú)眠的柳亞子不得已化裝成老年傭婦，在炮火紛飛中，與家人逃離了羿樓。因?yàn)槭缕饌}(cāng)促，他的南明史籍和《南明史綱》手稿，沒(méi)有來(lái)得及帶出。柳亞子在《懷念阿英先生》一文中滿懷悲痛地說(shuō)道：“在我，這真是生命以外最大的損失，而對(duì)于阿英先生也真是一萬(wàn)分對(duì)不住他的。”因?yàn)橛行┌⒂⒔杞o他的南明史籍都是罕見(jiàn)的孤本，再得的可能幾乎沒(méi)有。

1942年初，柳亞子漂洋過(guò)海，冒著危險(xiǎn)乘坐帆船經(jīng)過(guò)八天八夜，輾轉(zhuǎn)來(lái)到廣東海豐的馬貢，終于重新回到了祖國(guó)大陸，又或步行或乘船，跋山涉水來(lái)到戰(zhàn)時(shí)的文化名城桂林，已是那年的6月7日了。他在《羿樓舊藏南明史料書(shū)目提要》一文中說(shuō)：“除了生命和眷屬都僥幸無(wú)恙外，羿樓藏書(shū)的損失，對(duì)于我是一個(gè)不可磨滅、不可回復(fù)的創(chuàng)傷。”在桂林，他時(shí)刻關(guān)心著羿樓中南明史料的下落，每有從香港來(lái)的人，他總忘不了向他們打聽(tīng)。有人誤傳羿樓已毀于炮火，他的一切書(shū)籍和文稿可能都已化為飛灰，柳亞子悲痛萬(wàn)分，接連寫(xiě)了《劫灰中的南明史料》、《還憶劫灰中的南明史料》和《續(xù)憶劫灰中的南明史料》三文，表達(dá)了他“淚枯才盡”、“不勝其凄然”的心情。是啊，這些南明史料，其物質(zhì)的代價(jià)即慢論（其中有幾種還是孤本），精力與心血的所耗已至為可觀矣。無(wú)怪乎柳亞子會(huì)這么痛徹心肺，甚至為之意志消沉。