幾天以后，北京城西四牌樓刑場人山人海，周新從囚車上下來，整了整衣冠，然后向西北皇城方向恭恭敬敬地叩了三個頭，又向南方叩了三個頭，說道：“老母在上，兒臣在此盡忠了！”拜罷，仰天長嘆道：“天哪！蒼天！你回答我，為什么做直臣是這樣難?這是為什么呀？為什么?”然后周新厲聲高呼：“周新生為直臣，死為直鬼！”

朱棣冤殺周新后，上至都察院，下至六部言官紛紛為周新鳴冤，擾得他一個多月不得安寧。最后，朱棣授意錦衣衛(wèi)指揮使紀(jì)綱出面，以錦衣衛(wèi)的名義發(fā)了一道文告，稱誰要是再替周新喊冤，就與周新同等論罪，才將這場風(fēng)波壓了下去。

從此以后，明代十余位皇帝都依靠錦衣衛(wèi)鎮(zhèn)壓朝廷大臣，全是受了朱棣殺周新一案的影響。明朝官場中因此形成了一種風(fēng)氣，即錦衣衛(wèi)官員可以凌駕于六部九卿之上。這就造成了正統(tǒng)、天順年間錦衣衛(wèi)都指揮使門達、逯果專權(quán)，嘉靖時期錦衣衛(wèi)百戶王邦奇肆意誣陷忠良的大冤獄。

常言道，多行不義必自斃，也是該紀(jì)綱垮臺，錦衣衛(wèi)不知怎的與宮中的宦官們鬧起了矛盾。一日，福海向永樂皇帝奏道：“啟奏萬歲，錦衣衛(wèi)指揮使紀(jì)綱多年來，多行不義，以不實之詞誣陷忠良。靖難功臣薛祿因買一女道士為妾與紀(jì)綱頂撞，被紀(jì)綱用鐵錘打裂頭骨而死；廉吏周新因緝捕了紀(jì)綱爪牙許應(yīng)先，被誣陷致死；萬歲下詔選妃，紀(jì)綱把最美的女子留為己用；更為甚者，紀(jì)綱竟私養(yǎng)亡命，造刀甲弓弩無數(shù)，圖謀不軌。此人罪大惡極，不殺不足以平民憤，不殺不足以正國法，請陛下明察！”

永樂皇帝鑒于異己已除，而紀(jì)綱與天下結(jié)怨非常深，決定治紀(jì)綱的罪，以平民憤，就下令將紀(jì)綱逮捕入獄。永樂皇帝下的詔書是這樣寫的：

奉天承運，皇帝詔曰：朕遵守太祖留下來的祖制，設(shè)立錦衣衛(wèi)以緝捕罪惡，保天下平安，錦衣衛(wèi)指揮使紀(jì)綱卻違背圣意，有負(fù)皇恩，不遵守王法，作威作福，誣陷忠良，騷擾百姓，作惡多端，私養(yǎng)亡命之徒，造了許多刀甲弓弩，陰謀反叛。為正朝綱，為樹正義，將紀(jì)綱等奸惡緝拿歸案，以正王法。欽此！