他任二支隊(duì)司令后，手下的部隊(duì)計(jì)有新三團(tuán)、新四團(tuán)、獨(dú)立一團(tuán)、獨(dú)立二團(tuán)的部隊(duì)，人數(shù)二千左右，裝備十分落后，部隊(duì)的軍事素質(zhì)一般，面臨的形勢(shì)遠(yuǎn)比陳、粟的江南指揮部要嚴(yán)峻的多，后來(lái)的經(jīng)歷也證明了這一點(diǎn)。11月下旬，他由丹陽(yáng)地區(qū)回到茅山根據(jù)地，與廖海濤會(huì)合，一同到達(dá)竹簀橋 、水西、陶林、棠蔭一線，準(zhǔn)備接運(yùn)皖南新四軍第一批經(jīng)蘇南去蘇北的人員，此時(shí)日軍對(duì)丹北、茅山地區(qū)持續(xù)反復(fù)“大掃蕩”，形勢(shì)十分危險(xiǎn)，他令獨(dú)立二團(tuán)和長(zhǎng)滆人民自衛(wèi)團(tuán)向南移動(dòng)，負(fù)責(zé)監(jiān)視溧陽(yáng)、張渚方向的國(guó)民黨軍隊(duì)，新三團(tuán)留在茅山地區(qū)敵后游擊，12月初，日軍又對(duì)茅山地區(qū)進(jìn)行大“掃蕩”，在中心區(qū)、延陵、九里、丁莊、西旸、蒲干、柳如、茅麓公司等筑下20余處據(jù)點(diǎn)，大肆燒殺搶掠。同時(shí)，切斷了茅山通往丹北轉(zhuǎn)赴蘇中地區(qū)的南北交通線，使新四軍軍部先期撤出的經(jīng)蘇南北上的第一批人員，不能通過京滬鐵路封鎖線，而被迫滯留在茅山地區(qū)。他針對(duì)形勢(shì)，當(dāng)機(jī)立斷，作出部署。新三團(tuán)分散留在茅山地區(qū)，廖海濤率四團(tuán)一個(gè)營(yíng)插入太滆地區(qū)，他自己則率二支隊(duì)司令部及四團(tuán)的兩個(gè)營(yíng)留在溧陽(yáng)、溧水地區(qū)，準(zhǔn)備迎接新四軍軍部及皖南部隊(duì)經(jīng)蘇南北上。

四一年一月四日，他收到軍部發(fā)來(lái)的電報(bào)，獲悉皖南部隊(duì)已由涇縣云嶺出發(fā)。當(dāng)晚他率司令部移到溧水地區(qū)經(jīng)巷宿營(yíng)，向西與四團(tuán)靠攏。7日，又接軍部來(lái)電，得知皖南部隊(duì)在移動(dòng)中遭國(guó)民黨軍隊(duì)攔截襲擊。13日，他率部在溧水尤村宿營(yíng)時(shí)與軍部電臺(tái)聯(lián)系中斷。14日以后，呼叫不出，不明戰(zhàn)情。后來(lái)，他才從國(guó)民黨和日偽出版的報(bào)紙上獲悉皖南事變中新四軍軍部被圍殲的詳細(xì)消息。

可以說他在蘇南承受的壓力絲毫不亞于在巖寧連根據(jù)地的壓力。

皖變后，他率部幾乎是天天戰(zhàn)斗，夜夜移營(yíng)，有時(shí)竟一日數(shù)戰(zhàn)，一夜三移營(yíng)，他依靠二支隊(duì)的力量在各縣武工隊(duì)和秘密交通站的幫助下，克服許多無(wú)法想象的困難，把皖南事變前從軍部撤出的人員和“皖南事變”中分散突圍的同志，如傅秋濤、江渭清、胡立教、楊帆共1000余人經(jīng)過蘇南，先后安全轉(zhuǎn)移到蘇北。

但是戰(zhàn)爭(zhēng)還是一個(gè)接一個(gè)，先是在2月20日發(fā)生西施塘戰(zhàn)斗，戰(zhàn)友、妻子柳肇珍殉難，然后接連在扶風(fēng)橋、芳橋、屺亭橋戰(zhàn)斗，幾乎沒有喘氣的機(jī)會(huì)。在三月成立六師，他被任命為參謀長(zhǎng)，四月成立十六旅，他兼任旅長(zhǎng)。由于太滆地區(qū)實(shí)在不利發(fā)展，他率隊(duì)進(jìn)入兩溧，在黃金山地區(qū)與頑軍四十師激戰(zhàn)四天，三戰(zhàn)三捷，才使十六旅站穩(wěn)腳跟，這以后形勢(shì)漸見好轉(zhuǎn)，茅山根據(jù)地逐漸恢復(fù)。