1945年9月9日，顧毓琇以陸軍總司令部中將參議的身份，出席了日本在南京的受降典禮。典禮之后，他心潮澎湃，即刻寫(xiě)了一首詩(shī)：

受降臺(tái)筑紫金山，

八載艱辛奏凱還。

雪盡馬關(guān)奇恥辱，

功成觀禮我隨班。

在顧毓琇看來(lái)，參加日本受降典禮無(wú)疑是此生最高興的一件事情，“奇恥異辱，至此方可透過(guò)氣來(lái)”。

然而，勝利的喜悅未能持續(xù)多久，很快，國(guó)共兩黨交鋒開(kāi)始，內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)。全中國(guó)再次陷入炮火的糾纏中，經(jīng)濟(jì)崩潰，民生艱難，而國(guó)民政府卻一意為戰(zhàn)，獨(dú)裁和腐敗讓國(guó)家唯能在存亡之際掙扎。此時(shí)的顧毓琇，心里也積累了很多對(duì)國(guó)民黨的不滿。

顧宜凡：他一直是有一些左傾的，比如說(shuō)他跟陳誠(chéng)討論的，要讓農(nóng)民“耕者有其田”、國(guó)家要發(fā)展工業(yè)、不能長(zhǎng)期無(wú)限制地搞訓(xùn)政等等這些思維，都是有一些左傾的。

顧慰慶：有時(shí)候也會(huì)議論到國(guó)民黨的腐敗，特別是當(dāng)時(shí)在重慶，對(duì)孔祥熙、宋子文等四大家族，老百姓也有很多不滿的言論，那他們有時(shí)候也會(huì)議論到這些問(wèn)題。

正是這份不滿，讓顧毓琇的心里漸漸有了遠(yuǎn)離國(guó)民黨的想法，他也并不像旁人一般關(guān)心戰(zhàn)爭(zhēng)局勢(shì)的變化、計(jì)劃自己的前程。國(guó)民黨逐漸敗了，共產(chǎn)黨漸占上風(fēng)了：1949年春，國(guó)民政府行政院遷往廣州；4月23日，百萬(wàn)雄師橫渡長(zhǎng)江占領(lǐng)南京——顧毓琇并沒(méi)有在這些變化面前聞風(fēng)而動(dòng)。

此時(shí)的他正在上海，因?yàn)楦邿煌硕M(jìn)入哥哥開(kāi)辦的醫(yī)院醫(yī)治。很多人都來(lái)勸說(shuō)身為國(guó)立政治大學(xué)校長(zhǎng)的他隨國(guó)民政府南遷，但身體好轉(zhuǎn)之后，他卻留在了上海。他開(kāi)始做在新政權(quán)下到大學(xué)教書(shū)的打算。

顧慰慶：他曾經(jīng)表示他不走，說(shuō)他對(duì)國(guó)民黨已經(jīng)失望了，而且隱隱約約地講，“共產(chǎn)黨來(lái)了，我一樣教書(shū)”。而且他在共產(chǎn)黨內(nèi)也有不少學(xué)生，都?xì)g迎他留下來(lái)。

但顧毓琇最終卻并沒(méi)有留下來(lái)：“5月9日，我和婉靖及女兒登‘中興輪’從上海到達(dá)臺(tái)灣基隆。因我身體依然虛弱，又只有極少時(shí)間安排旅程，我們所攜物品不多。”

顧慰慶：后來(lái)為什么走呢？據(jù)我所知，國(guó)民黨當(dāng)時(shí)有個(gè)人叫杭立武（時(shí)任教育部部長(zhǎng)），這個(gè)杭立武代表國(guó)民黨當(dāng)局來(lái)找他，說(shuō)：“你一定要走，你不走的話，要加以制裁?！绷硪粋€(gè)原因是，他當(dāng)時(shí)是政治大學(xué)的校長(zhǎng)，他說(shuō)依照老傳統(tǒng)，校長(zhǎng)還沒(méi)辭掉而他又不在的話，學(xué)校的經(jīng)費(fèi)、教職員工的生活都有問(wèn)題，他要去辭職，正式地把大學(xué)校長(zhǎng)的職務(wù)辭掉，才能到美國(guó)去教書(shū)。所以在這個(gè)情況下，他離開(kāi)了大陸。

但他的子女中卻有三個(gè)人都留了下來(lái)，這有些出乎顧毓琇的意料。