當大家都認為王云五事業(yè)風生水起、人生得意的時候，他卻有了新想法。1929年9月，王云五辭去商務印書館編譯所所長一職，擔任國民政府中央研究院研究員兼法制組主任。

王云五離開商務主要有兩個原因。人們說婚姻有“七年之癢”，其實職業(yè)發(fā)展也是一樣。從王云五正式擔任商務的編譯所所長算起，到1929年的時候，正好七年了，這在他已經是最長的履歷，但王云五尚未看到升遷的希望，于是決意離去，這是一個原因。另一個原因還在于他的為人。

王云五的功利思想嚴重，只要是他在商務印書館編撰的圖書，都要抽取版稅，而按照規(guī)定，內部工作人員編書是不付稿酬或版稅的。王云五不僅拿錢，還最愛署“王云五主編”，這在知識分子成堆的地方，自然會引來諸多議論。偏偏王云五非?？粗孛?，雖然他認為自己編書拿錢天經地義，卻架不住被眾人詬病。正在此時，南京國民政府中央研究院剛剛成立，主持工作的傅斯年四處網羅人才，王云五看這個機會也不錯，便決意離開商務前往南京，去了半年時間，他就出版了一本著作《中國古代教育思潮》。

只是研究員也就做了半年，戲劇性的一幕拉開了。

1930年2月，商務印書館總經理鮑咸昌突然去世，張元濟此時已是六旬老人，無意就任總經理，一時間竟然找不到合適的人選，董事會經過討論，最后決定請王云五回來做總經理。這里應該說說張元濟的用人之道。王云五在商務印書館的時候，張元濟一直力挺他，王愛署名、愛抽版稅的做法張元濟是看在眼里的，他對此也很有意見，但是作為一個寬厚仁慈的長者，張元濟同時看到了王云五的才干，王進入商務幾年做事的魄力和成效確非一般員工所能及。

總經理的職務雖然誘人，但是精明的王云五非常明白，這個時候接這個崗位可沒那么好干。首先商務印書館的人事關系復雜，工作10年以上的老人眾多；其次商務印書館工潮不斷，工會力量強大，王云五做編譯所所長的時候就經常出面處理各種糾紛。所以他明白，無論是商務的上層還是底層，都有一堆麻煩事，不好應付?？墒菑堅獫?、高夢旦等人又一再邀請，王云五思前想后，決定接下這個職務。

不過他提了兩個條件。一是取消此前的總務處合議制，改由總經理獨任制；二是接任后馬上出國考察并研究科學管理，為期半年。

王云五非常清楚，與前幾任總經理相比，他的資歷和聲望都難以望其項背，如果沿用合議制，他的很多想法就無法推行，獨任制說白了就是總經理說了算；至于出國考察，則是希望看看國外是怎么進行現代企業(yè)管理、提高工作效率的，當然還有一點，是了解國外怎樣解決勞資糾紛。

商務印書館作為一家采用資本主義方式進行管理的企業(yè)，實事求是地講，在員工福利方面采取了不少措施，比如花紅制度、退俸金制度等，考慮比較周全。職工收入在上海的文化企業(yè)中算偏高的，但是在當時工人運動迭起的時代浪潮里，商務的勞資糾紛經常發(fā)生，工人罷工也此起彼伏，這就讓商務的領導人備受困擾。張元濟一介書生，不擅處理這些事，一般力求和平解決，不愿擴大矛盾。王云五因為既干練又圓通，所以在編譯所所長任上經常被抬出來面對勞資糾紛，雖然每次都能獲得暫時解決，但老是如此，自然令他身心疲憊。于是，看看國外怎么處理這種問題，也是他迫切的需求。

的確，沒有這兩個條件，要管理商務印書館這樣的機構如同一句空話。王云五的精明在此可見一斑。董事會答應了他的這兩個條件，1930年3月初，王云五被任命為新任總經理。