當(dāng)學(xué)生被捕的消息傳來，蔡元培立即投入了營救工作。當(dāng)晚，北大學(xué)生群集在三院大禮堂商討對策。蔡元培發(fā)言時說：“我做校長的有責(zé)任保護(hù)我的學(xué)生。我要救出這三十幾個學(xué)生來。你們現(xiàn)在都回教室，我保證盡我最大的努力。”他漏夜前去請政壇元老孫寶琦出面，在孫家客廳從9點坐到12點，直到孫答應(yīng)為止。

5月5日，教育部下令要求各校校長將為首滋事學(xué)生一律開除。這顯然超出了蔡元培的意料。當(dāng)天下午，蔡元培等14所大專院校校長在北大開會，認(rèn)為“若指此次運動為學(xué)校運動，亦當(dāng)由各校校長負(fù)責(zé)”，蔡元培表示“愿以一人抵罪”，當(dāng)場議決成立校長團(tuán)，向當(dāng)局請愿營救被捕學(xué)生。

5月7日，迫于全國輿論壓力，政府釋放了被捕的學(xué)生。蔡元培親自率領(lǐng)全體師生到紅樓前的廣場迎接。

北洋政府認(rèn)為蔡元培是學(xué)潮的幕后指使人，內(nèi)閣會議上有人提出解散北大，撤換蔡元培等主張。教育總長傅增湘也遭到眾人指責(zé)。最聳人聽聞的傳聞是：總統(tǒng)徐世昌要嚴(yán)辦北大校長，安福系軍閥要刺殺蔡元培；陸軍次長徐樹錚已命令軍隊將炮口對準(zhǔn)北大。

“但被拘的雖已保釋，而學(xué)生尚抱再接再厲的決心，政府亦且持不做不休的態(tài)度。都中喧傳政府將明令免我職而以馬其昶君任北大校長，我恐若因此增加學(xué)生對于政府的糾紛……不可以不速去?！?/p>

被捕學(xué)生安全返校，在學(xué)生歡慶勝利的熱鬧中，蔡元培再次開始撰寫他入主北大后的第三份辭呈。

5月9日晨，正是五四運動進(jìn)入高潮之際，蔡元培不辭而別，離京出走。蔡元培臨走前留下一個啟事：“我倦矣！‘殺君馬者道旁兒。’‘民亦勞止，汔可小休’。我欲小休矣！北京大學(xué)校長之職，已正式辭去；其他向有關(guān)系之各學(xué)校、各集會，自五月九日起，一切脫離關(guān)系。特此聲明，惟知我者諒之?！?/p>

第二天，蔡元培的辭職啟事見諸京城各大報端。

“殺君馬者道旁兒”是一個典故，這個典故的意思就是說，路旁的人給一匹跑得很快的馬不停鼓掌歡呼，這匹馬就會不停地加速，最終馬會被累死。正如魯迅所言，在中國，鼓掌會鼓死人的，是謂“捧殺”。在蔡先生看來，目前的北大也有這種味道。北大在新文化運動中狂奔突進(jìn)，大家都跟著它歡呼，它也越跑越快。而且在五四運動中，學(xué)生們也取得了勝利，學(xué)生們影響社會的能力體現(xiàn)出來了，所以那個時候他就有個預(yù)感，以后的北大“不好管”了。

蔡元培自執(zhí)掌北大以來，并不反對學(xué)生關(guān)心政事，“讀書不忘救國”是他的名言。1919年5月2日，他還在北大飯廳召集學(xué)生代表開會，號召奮起救國。第二天，他知道了政府已同意在巴黎和約上簽字這一消息，當(dāng)刻召來并告知羅家倫、傅斯年等學(xué)生代表。蔡元培在明確政府無所作為的情況下，當(dāng)時確有“將希望寄托在愛國學(xué)生身上”的想法。因此他對學(xué)生游行是支持的。

但五四運動的發(fā)展出乎他的意料，火燒趙家樓、毆打章宗祥的暴力行動，顯然不符合蔡元培的教育原則。5月4日晚，他參加了北大三院的學(xué)生集會，慨然應(yīng)允全力營救被捕學(xué)生，但也苦勸學(xué)生不要再開會，希望他們照常上課，以免“節(jié)外生枝，增加營救的困難”。學(xué)生們并沒有聽他的，第二天便聯(lián)合北京其他高校一同罷課。

事態(tài)已然如此，蔡元培覺得自己有負(fù)北大校長的職責(zé)。他已生去意。

他的立場與學(xué)生不同，世界上沒有哪一個校長會情愿自己的學(xué)生罷課。蔡元培講“讀書不忘救國，救國不忘讀書”，一個“文化救國論”者，顯然不希望自己的學(xué)生成為“職業(yè)革命家”。

就這樣，蔡元培離京南下。

風(fēng)雨如晦的近代中國，一位大學(xué)校長如何端平政治和書桌這個難題，并不只是擺在蔡元培一個人的面前。