至于無(wú)力回天的宋美齡已不問(wèn)政事，除偶爾上榮總看牙外，平時(shí)得空多以查經(jīng)、看書(shū)消遣，有機(jī)會(huì)也外出探望老友，更有意返美定居，但1989年 1月 1日一場(chǎng)大病，卻拖延了宋美齡的打算。當(dāng)時(shí)她高燒不退，送榮總急救，卻又出現(xiàn)過(guò)敏癥狀，體力衰弱，無(wú)法起床，最后開(kāi)刀取出腫瘤才漸漸恢復(fù)正常。

李登輝主政后，國(guó)民黨路線搖擺不定，漸在統(tǒng)一立場(chǎng)上模糊以對(duì)，引發(fā)國(guó)民黨黨內(nèi)不滿(mǎn)。黨內(nèi)反對(duì)人士集結(jié)為“非主流”勢(shì)力，公推林洋港與蔣緯國(guó)為首，希望與結(jié)合國(guó)民黨本土派勢(shì)力的李登輝抗衡，角逐領(lǐng)導(dǎo)人大位。但最后在蔣彥士、宋楚瑜等人運(yùn)作下，加上蔣孝武公開(kāi)從日本返臺(tái)挺李，發(fā)布公開(kāi)信要求蔣緯國(guó)信守蔣經(jīng)國(guó)生前所提“蔣家不會(huì)再有人參選”的承諾，“非主流 ”終成泡影，蔣緯國(guó)敗興而歸。

宋美齡雖沒(méi)多說(shuō)什么，但據(jù)官邸侍衛(wèi)回憶，之后蔣孝武多次赴官邸，宋美齡均很少接見(jiàn)。連蔣孝武在榮總意外過(guò)世，宋美齡也沒(méi)有任何說(shuō)法。

親人接連病故，加上病痛纏身，1991年 9月21日，宋美齡告別了留五年的臺(tái)北，赴慈湖謁靈后，搭乘波音 747SP型長(zhǎng)程客機(jī)改裝專(zhuān)機(jī)，返回紐約療養(yǎng)。這是她生前最后一次在士林官邸長(zhǎng)住，也被視為蔣家在政壇影響力的正式結(jié)束。國(guó)民黨內(nèi)反李勢(shì)力逐漸成為柔性“清黨 ”的對(duì)象，促成新黨自國(guó)民黨分裂出走。

奉安大陸爭(zhēng)議

蔣孝勇、蔣緯國(guó)等人幾乎都與李登輝關(guān)系緊張。陳水扁任臺(tái)北市市長(zhǎng)后，鎖定打擊對(duì)象就是蔣緯國(guó)在外雙溪的別墅，打著對(duì)抗蔣家權(quán)貴招牌說(shuō)拆就拆，同樣讓蔣家感到窘迫。

1996年10月 24日，李登輝將原先的“蔣經(jīng)國(guó)先生辦公室”移至大溪陵寢，依原有陳設(shè)布置“蔣經(jīng)國(guó)先生紀(jì)念室”，供民眾參觀。加上他違反與宋美齡的協(xié)議，將關(guān)乎蔣介石畢生重要記錄的大溪檔案對(duì)學(xué)者公開(kāi)，更引發(fā)了蔣孝勇的不悅。也就在此時(shí)，爆發(fā)了暗潮洶涌的移靈風(fēng)波。

原來(lái)蔣介石過(guò)世后雖然有隆重的告別儀式，但根據(jù)江浙一帶習(xí)俗，萬(wàn)一人死異鄉(xiāng)而又暫時(shí)未能歸葬，可先以浮厝方式處理，亦即將靈柩墊高暫厝，以便子孫遷葬。兩蔣正是以這種方式暫時(shí)處理了靈柩問(wèn)題，亦即把遺體放置在陵寢內(nèi)的大理石棺槨中，并沒(méi)有正式下葬。

蔣介石過(guò)世后，家中事務(wù)仍由宋美齡做主，當(dāng)時(shí)并未提到移靈問(wèn)題。直到廖承志在《人民日?qǐng)?bào)》發(fā)表給蔣經(jīng)國(guó)的公開(kāi)信，才首度提及移靈問(wèn)題，并指蔣經(jīng)國(guó)曾言，“切望父靈能回到家園與先人同在”，因此主張蔣介石在慈湖暫厝的靈柩，“統(tǒng)一之后，即當(dāng)遷安故土，或奉化，或南京，或廬山，以了吾弟（蔣經(jīng)國(guó)）孝心”。但由于蔣經(jīng)國(guó)決定對(duì)信函置之不理，因此讓第一次的移靈風(fēng)波無(wú)疾而終。

蔣經(jīng)國(guó)逝世前預(yù)先交代，希望死后有機(jī)會(huì)遷葬母親毛福梅墓前，生生世世陪伴母親。但 1988年的猝逝與兩岸關(guān)系的緊張，讓蔣經(jīng)國(guó)無(wú)從做更多安排，也能隨父制暫厝在頭寮賓館。只是基于民進(jìn)黨氣焰越來(lái)越高，李登輝統(tǒng)獨(dú)路線搖擺不定，加上兩蔣第三代紛紛凋零，不少人質(zhì)疑兩蔣遲遲不下葬對(duì)風(fēng)水有礙，長(zhǎng)此以往，蔣家后人將不得安寧。是以蔣孝勇與蔣緯國(guó)終于在 1996年再度提出移靈大陸安葬的構(gòu)想。

相關(guān)消息曝光后，立刻成了敏感的政治議題。事實(shí)上，不少?lài)?guó)民黨舊臣都擔(dān)憂，一旦民進(jìn)黨“執(zhí)政”，兩蔣陵寢將成為報(bào)復(fù)清算的斗爭(zhēng)對(duì)象，更可能被人拆陵鞭尸，不如及早遷回大陸。只是沒(méi)想到這個(gè)燙手山芋的影響實(shí)在太大，各方應(yīng)變不及。不少人士更擔(dān)心，此時(shí)兩蔣遷葬等于割斷了聯(lián)系兩岸間的重要臍帶，反而不利兩岸發(fā)展。