至于無力回天的宋美齡已不問政事，除偶爾上榮總看牙外，平時得空多以查經(jīng)、看書消遣，有機會也外出探望老友，更有意返美定居，但1989年 1月 1日一場大病，卻拖延了宋美齡的打算。當時她高燒不退，送榮總急救，卻又出現(xiàn)過敏癥狀，體力衰弱，無法起床，最后開刀取出腫瘤才漸漸恢復正常。

李登輝主政后，國民黨路線搖擺不定，漸在統(tǒng)一立場上模糊以對，引發(fā)國民黨黨內不滿。黨內反對人士集結為“非主流”勢力，公推林洋港與蔣緯國為首，希望與結合國民黨本土派勢力的李登輝抗衡，角逐領導人大位。但最后在蔣彥士、宋楚瑜等人運作下，加上蔣孝武公開從日本返臺挺李，發(fā)布公開信要求蔣緯國信守蔣經(jīng)國生前所提“蔣家不會再有人參選”的承諾，“非主流 ”終成泡影，蔣緯國敗興而歸。

宋美齡雖沒多說什么，但據(jù)官邸侍衛(wèi)回憶，之后蔣孝武多次赴官邸，宋美齡均很少接見。連蔣孝武在榮總意外過世，宋美齡也沒有任何說法。

親人接連病故，加上病痛纏身，1991年 9月21日，宋美齡告別了留五年的臺北，赴慈湖謁靈后，搭乘波音 747SP型長程客機改裝專機，返回紐約療養(yǎng)。這是她生前最后一次在士林官邸長住，也被視為蔣家在政壇影響力的正式結束。國民黨內反李勢力逐漸成為柔性“清黨 ”的對象，促成新黨自國民黨分裂出走。

奉安大陸爭議

蔣孝勇、蔣緯國等人幾乎都與李登輝關系緊張。陳水扁任臺北市市長后，鎖定打擊對象就是蔣緯國在外雙溪的別墅，打著對抗蔣家權貴招牌說拆就拆，同樣讓蔣家感到窘迫。

1996年10月 24日，李登輝將原先的“蔣經(jīng)國先生辦公室”移至大溪陵寢，依原有陳設布置“蔣經(jīng)國先生紀念室”，供民眾參觀。加上他違反與宋美齡的協(xié)議，將關乎蔣介石畢生重要記錄的大溪檔案對學者公開，更引發(fā)了蔣孝勇的不悅。也就在此時，爆發(fā)了暗潮洶涌的移靈風波。

原來蔣介石過世后雖然有隆重的告別儀式，但根據(jù)江浙一帶習俗，萬一人死異鄉(xiāng)而又暫時未能歸葬，可先以浮厝方式處理，亦即將靈柩墊高暫厝，以便子孫遷葬。兩蔣正是以這種方式暫時處理了靈柩問題，亦即把遺體放置在陵寢內的大理石棺槨中，并沒有正式下葬。

蔣介石過世后，家中事務仍由宋美齡做主，當時并未提到移靈問題。直到廖承志在《人民日報》發(fā)表給蔣經(jīng)國的公開信，才首度提及移靈問題，并指蔣經(jīng)國曾言，“切望父靈能回到家園與先人同在”，因此主張蔣介石在慈湖暫厝的靈柩，“統(tǒng)一之后，即當遷安故土，或奉化，或南京，或廬山，以了吾弟（蔣經(jīng)國）孝心”。但由于蔣經(jīng)國決定對信函置之不理，因此讓第一次的移靈風波無疾而終。

蔣經(jīng)國逝世前預先交代，希望死后有機會遷葬母親毛福梅墓前，生生世世陪伴母親。但 1988年的猝逝與兩岸關系的緊張，讓蔣經(jīng)國無從做更多安排，也能隨父制暫厝在頭寮賓館。只是基于民進黨氣焰越來越高，李登輝統(tǒng)獨路線搖擺不定，加上兩蔣第三代紛紛凋零，不少人質疑兩蔣遲遲不下葬對風水有礙，長此以往，蔣家后人將不得安寧。是以蔣孝勇與蔣緯國終于在 1996年再度提出移靈大陸安葬的構想。

相關消息曝光后，立刻成了敏感的政治議題。事實上，不少國民黨舊臣都擔憂，一旦民進黨“執(zhí)政”，兩蔣陵寢將成為報復清算的斗爭對象，更可能被人拆陵鞭尸，不如及早遷回大陸。只是沒想到這個燙手山芋的影響實在太大，各方應變不及。不少人士更擔心，此時兩蔣遷葬等于割斷了聯(lián)系兩岸間的重要臍帶，反而不利兩岸發(fā)展。