因意識形態(tài)上的分歧，也因中蘇兩國領(lǐng)導(dǎo)人性格上的差異，毛澤東和赫魯曉夫翻臉了，中蘇關(guān)系由蜜月逐步走向政治上的對抗到軍事上的對抗。

1962年春夏之交，由于蘇聯(lián)的策動和破壞，發(fā)生了震驚中外、影響極大的“伊塔事件”。5月29日這天，在沒有任何征兆的情況下，大批拖兒帶女、趕著牛羊的邊民涌向伊犁霍爾果斯、塔城巴克圖等口岸，他們手里拿著清一色的“蘇僑證”，高呼“我們要到蘇聯(lián)去”。滾滾人流潮水般涌過中蘇邊境，最終6萬多邊境居民去了蘇聯(lián)，甚至有一部分黨員干部也參與了外逃，伊塔兩地有的邊境縣市黨的基層組織一時陷于癱瘓。很多地方十室九空，合計損失牲畜30多萬頭，40多萬畝土地沒人耕種。

周恩來總理聞訊忙向毛澤東主席匯報情況。身居中南海的毛澤東望著窗外的百年古柏沉思片刻說，我看愿意走的不要硬留，我就不相信那邊就是天堂，我也不相信他們這樣做就是馬克思列寧主義！

在周恩來的命令部署下，新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)派民兵和職工赴伊犁、塔城邊境阻止邊民外逃，實(shí)行“代管、代耕、代牧”。根據(jù)中央和自治區(qū)黨委、政府的要求，伊犁區(qū)黨委積極采取多種措施處置邊民外逃事件，開展“三個一”教育和愛國主義、社會主義教育活動，重點(diǎn)放在黨員訓(xùn)練和整頓農(nóng)村黨的基層組織工作，嚴(yán)肅處理共產(chǎn)黨員參與外逃事件，通過開展鎮(zhèn)壓反革命和里通外國的斗爭，力求純潔黨員和干部隊(duì)伍。

事實(shí)勝于雄辯，很多逃到蘇聯(lián)那邊的人都后悔了。不管是知識分子、黨員干部還是普通農(nóng)牧民，統(tǒng)統(tǒng)被蘇聯(lián)人派往邊遠(yuǎn)地區(qū)放牧，一待就是10年或是一輩子。他們像是被流放到荒無人煙的地方，與子女與牛羊?yàn)榘椋馐墚?dāng)?shù)厝说陌籽酆推缫?。蘇聯(lián)對新疆外逃人員的不滿情緒有所察覺，進(jìn)行了安撫，并試圖遣返部分人員，但遭到中方拒絕。蘇聯(lián)解體后，百姓生活水準(zhǔn)大幅下降，當(dāng)年逃亡蘇聯(lián)的一些人試圖返回新疆，未能如愿，流下悔恨的淚水。

1963年9月，毛澤東主席對新疆工作作出指示，新疆要做好經(jīng)濟(jì)工作。農(nóng)業(yè)、畜牧業(yè)要一年比一年發(fā)展，人民生活要一年比一年改善。不僅要比國民黨統(tǒng)治時期好，而且要比現(xiàn)在的蘇聯(lián)好。同時要加強(qiáng)思想政治教育，注意搞好民族關(guān)系，增強(qiáng)民族團(tuán)結(jié)。大力發(fā)展生產(chǎn)建設(shè)，努力改善人民生活。

這一時期，新中國正處在社會主義建設(shè)的摸索階段，在“左”傾思想的影響下，社會生產(chǎn)和生活秩序被破壞，社會主義道路出現(xiàn)了坎坷和波折，社會經(jīng)濟(jì)發(fā)展停滯不前，為“文化大革命”的發(fā)生埋下隱患。

“文化大革命”時期，伊犁黨組織遭到嚴(yán)重破壞，直至1971年之后，各級黨組織才逐步恢復(fù)。歷時10年的“文革”結(jié)束后，伊犁自治州黨的組織建設(shè)經(jīng)過兩年的徘徊后進(jìn)入撥亂反正階段。尤其是黨的十一屆三中全會召開后，實(shí)事求是的思想路線得以恢復(fù)，確立了“一個中心、兩個基本點(diǎn)”的基本路線，在大力發(fā)展經(jīng)濟(jì)建設(shè)和加強(qiáng)社會主義精神文明建設(shè)的同時，加強(qiáng)各級黨組織的自身建設(shè)。至1984年年底，自治州有基層黨委359個，黨總支216個，黨支部6287個，黨員總數(shù)達(dá)6萬余人。