1928年，楊增新通電擁護(hù)南京國(guó)民政府，宣布易幟歸附。同年7月1日，他就任新疆省政府主席一職。6天后，楊增新出席新疆俄文法正專門學(xué)校畢業(yè)典禮的筵席上，被軍務(wù)廳長(zhǎng)兼外交署長(zhǎng)樊耀南等人發(fā)動(dòng)政變刺殺身亡。據(jù)說(shuō)，楊增新死時(shí)，身上的那件舊棉袍已經(jīng)穿了十幾年。

盡管國(guó)人對(duì)楊增新評(píng)價(jià)不高，一些外國(guó)人卻對(duì)他給予好評(píng)。美國(guó)人拉提摩爾在《中國(guó)的邊疆》一書中說(shuō)：“辛亥革命后，新疆政權(quán)落在一個(gè)很有經(jīng)驗(yàn)的中國(guó)官員手里，他善于平衡當(dāng)?shù)馗鱾€(gè)民族間的力量，使新疆保持了長(zhǎng)期的穩(wěn)定。后來(lái)他與蘇聯(lián)簽訂了通商協(xié)定，有效地抗衡了英帝國(guó)勢(shì)力在新疆的拓展?！?/p>

瑞典學(xué)者斯文·赫定在他的回憶錄中說(shuō)：“楊增新差不多是過(guò)去時(shí)代的最后一個(gè)代表者，具有高度的中國(guó)偉大的舊道德、傲氣和愛(ài)國(guó)心。他唯一的夢(mèng)想是中國(guó)的統(tǒng)一。”

楊增新死后，其親信金樹仁聞變不驚，迅速集結(jié)軍隊(duì)包圍政變現(xiàn)場(chǎng)，將樊耀南等人擒獲槍決。事后，各級(jí)軍政要員會(huì)議，一致推舉金樹仁為省主席。南京政府亦以金樹仁平亂有功，任其為新疆省主席兼總司令。楊增新被殺一案成為歷史謎團(tuán)，研究新疆近代史的學(xué)者提出，金樹仁才是“幕后黑手”。楊增新的死改變了新疆的政壇格局，周邊強(qiáng)鄰英屬印度和蘇聯(lián)或明或暗地插手新疆，支持東突勢(shì)力，撥弄族群對(duì)抗，謀取各自的利益。

金樹仁統(tǒng)治新疆后，楊增新時(shí)代積累的各種社會(huì)矛盾全面爆發(fā)，政治、經(jīng)濟(jì)、治安極為糟糕，社會(huì)各界怨聲載道。1931年年初，激起“哈密事變”。哈密的少數(shù)民族除發(fā)動(dòng)武裝暴動(dòng)外，還邀請(qǐng)潰逃到甘肅酒泉的馬仲英率眾進(jìn)入新疆，圍攻哈密新舊兩城。金樹仁幾次派兵解圍，皆被馬仲英擊潰。

新疆的政府軍軍容不整，軍紀(jì)廢弛，惡習(xí)深錮，缺額嚴(yán)重，武器裝備落后，軍官普遍吸食鴉片，戰(zhàn)斗力極差。各地叛亂事件層出不窮，金樹仁疲于應(yīng)付，新疆陷入混亂和苦難。

1931年夏，金樹仁急調(diào)伊犁屯墾使張培元為前敵剿匪總司令，盛世才為其參謀長(zhǎng)，率馬步軍及白俄組成的歸化軍共兩萬(wàn)多人，討伐馬仲英。經(jīng)過(guò)激戰(zhàn)，馬仲英部被擊退，圍困6個(gè)月之久的哈密城成功解圍。

金樹仁嫉賢妒能，任人唯親，在政壇結(jié)怨甚多，密謀推翻其統(tǒng)治的勢(shì)力悄然滋長(zhǎng)。1933年4月12日，從東北經(jīng)蘇聯(lián)進(jìn)入新疆的東北抗日義勇軍將領(lǐng)鄭潤(rùn)成和白俄歸化軍將領(lǐng)巴品古特、安東諾夫在省府參謀處長(zhǎng)陳中、迪化縣長(zhǎng)陶明樾、航空學(xué)校校長(zhǎng)李笑天等人說(shuō)服下，率兵發(fā)動(dòng)政變。政府軍猝不及防，各處城門及軍事要點(diǎn)被攻占。金樹仁聞?dòng)崅}(cāng)皇出逃，政變宣告成功。

金樹仁雖執(zhí)政無(wú)能，但頗有氣節(jié)。當(dāng)時(shí)，蘇聯(lián)駐迪化領(lǐng)事找到下臺(tái)的金樹仁，表示蘇聯(lián)政府愿意無(wú)條件支持他恢復(fù)政權(quán)，金樹仁卻以這是內(nèi)部事務(wù)婉言謝絕。駐守在新疆各地的金系將領(lǐng)發(fā)來(lái)電報(bào)，勸他留在塔城，謀求蘇聯(lián)的幫助，反攻迪化。金樹仁以此乃內(nèi)部矛盾，不讓外人漁利為由，予以拒絕。金樹仁假道蘇聯(lián)，轉(zhuǎn)赴南京，1941年病故于蘭州。

“四一二”政變是新疆現(xiàn)代史上一個(gè)重大轉(zhuǎn)折，它推翻了金樹仁對(duì)新疆的統(tǒng)治。就在這次政變后，投機(jī)分子盛世才施展權(quán)謀，依靠其軍事實(shí)力和歸化軍對(duì)他的信任走上了新疆的政治舞臺(tái)，成為翻手為云、覆手為雨的“新疆王”。