他的壓力很重，健康不佳，使他開始產(chǎn)生“要么卸掉一些重負(fù)，要么干脆放棄捐贈(zèng)”的想法。

但就在這時(shí)，機(jī)緣巧合之下使他作出了有關(guān)他的公益事業(yè)的一個(gè)無(wú)比重要的決定：聘用一位38歲的年輕人弗雷德里克·蓋茨（Frederick Gates）擔(dān)任他的助手。蓋茨當(dāng)時(shí)是美國(guó)浸禮會(huì)教育協(xié)會(huì)的主任，而且他剛剛完成了對(duì)全國(guó)浸禮會(huì)學(xué)院落后狀況的調(diào)查研究（其中有些學(xué)校洛克菲勒曾經(jīng)給過(guò)少量資助）。蓋茨的結(jié)論是：高等教育領(lǐng)域所需要的，是一個(gè)按高標(biāo)準(zhǔn)設(shè)立的優(yōu)質(zhì)的新教育機(jī)構(gòu)。它不應(yīng)設(shè)在東部，而要設(shè)在中西部，那里正在形成新的貿(mào)易和工業(yè)中心。洛克菲勒對(duì)蓋茨的報(bào)告和他本人都很感興趣，后來(lái)給了總數(shù)4000萬(wàn)美元的捐款，來(lái)建立一所新型的學(xué)府——芝加哥大學(xué)。

洛克菲勒對(duì)最初一系列罕見的大筆捐贈(zèng)的決策過(guò)程，就體現(xiàn)了他以后慈善行為的特征：對(duì)每個(gè)想法進(jìn)行嚴(yán)格的企業(yè)式的評(píng)估，保證有良好的組織領(lǐng)導(dǎo)，在采取行動(dòng)之前反復(fù)考量等。他的另一個(gè)特點(diǎn)是常會(huì)被一些宏大的、令人振奮的設(shè)想所吸引。他幫助創(chuàng)建了大西洋岸以西第一所出類拔萃的大學(xué)和師資隊(duì)伍（當(dāng)時(shí)在美國(guó)，這樣的大學(xué)只有哈佛大學(xué)和約翰·霍普金斯大學(xué)兩所）。這所教學(xué)與科研并重的新型超級(jí)大學(xué)的建成，表明如果洛克菲勒對(duì)某個(gè)項(xiàng)目有信心，就會(huì)作出重要的財(cái)政承諾。

此后，洛克菲勒對(duì)蓋茨的信賴越來(lái)越深，他們兩人在一起形成了美國(guó)公益事業(yè)中前所未有的最強(qiáng)大和富有創(chuàng)造性的力量。這一對(duì)伙伴很不尋常，從他們的關(guān)系中可以深入地理解洛克菲勒作為一個(gè)慈善家的特殊品質(zhì)。

洛克菲勒是一個(gè)含蓄的、沉默寡言的人，他抑制感情幾乎到了禁欲的程度。他從不高聲說(shuō)話和情緒外露，遇事總是三思而行。蓋茨則相反，他熱情洋溢，善于言辭，勇于暢想——一半像傳教士，一半像企業(yè)家。他有時(shí)有些傲氣，但總是直言不諱。他會(huì)沖著洛克菲勒大喊大叫：“你的財(cái)富在不斷增加，像雪崩一樣滾滾而來(lái)。你必須緊緊跟上!你必須用比積累更快的速度，把財(cái)富散發(fā)出去!如果不這么做，它們就會(huì)毀了你，毀了你的孩子和孩子的孩子!”而一向能接受蓋茨意見的洛克菲勒，會(huì)在那里傾聽著。

進(jìn)入20世紀(jì)之后，洛克菲勒的兒子小洛克菲勒也加入了他們兩人的班底，形成了難以替代的最佳組合。蓋茨看起來(lái)是其中最有能量和創(chuàng)意的一分子，但實(shí)際上，每個(gè)人在小組內(nèi)發(fā)揮的具體作用是很難分清的。特別是對(duì)老洛克菲勒來(lái)說(shuō)，因?yàn)樗偸遣灰缬谘员?，他的領(lǐng)導(dǎo)和掌控作用并不那么直接。洛克菲勒醫(yī)學(xué)研究所建立的過(guò)程，就是一個(gè)很好的例子。

1897年,蓋茨讀到柏林的羅伯特·科赫研究所（Robert Koch Institute）和巴黎的巴斯德研究所（Pasteur Institute）治療炭疽病之類疾病的成功發(fā)現(xiàn)之后，建議洛克菲勒在美國(guó)也開設(shè)一所類似的醫(yī)學(xué)研究所。洛克菲勒同意了。然后，洛克菲勒以他慣用的方式，與美國(guó)和歐洲醫(yī)學(xué)界的領(lǐng)袖人物進(jìn)行磋商，并采取有效步驟，使美國(guó)醫(yī)學(xué)界的杰出科學(xué)家都能參與這一事業(yè)。

1901年,洛克菲勒實(shí)現(xiàn)了他的承諾，這個(gè)醫(yī)學(xué)研究所建成了。它很快就成為全世界最大的醫(yī)學(xué)研究中心之一。多年來(lái)，它培養(yǎng)了一系列榮獲諾貝爾獎(jiǎng)的科學(xué)家，取得了許多重大的科研成果。洛克菲勒為此先后投入了6000多萬(wàn)美元。1954年，在洛克菲勒家族第三代的支持下，這個(gè)研究所擴(kuò)建為洛克菲勒大學(xué)，它至今仍然是全世界生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域領(lǐng)先的研究和高級(jí)培訓(xùn)中心。

醫(yī)學(xué)研究所創(chuàng)建后僅僅兩年,一個(gè)更加雄心勃勃的事業(yè)單位——普及教育委員會(huì)——組織起來(lái)了。蓋茨和小洛克菲勒在其中起了主導(dǎo)作用。

在將近20年的時(shí)間里,這個(gè)新的機(jī)構(gòu)為改變內(nèi)戰(zhàn)后南方的面貌所取得的成就是具有革命性作用的。委員會(huì)有效地發(fā)揮了有理想和才干的南方自由派人士（而不是外來(lái)人）的作用，使改變南方地區(qū)傳統(tǒng)教育方式的努力能夠得到普遍接受。