醫(yī)藥公司牟取暴利的行為和姆貝基總統(tǒng)拒絕給艾滋病患者提供治療的政策令南非的艾滋病患者非常憤怒。

但是公平而論，曼德拉擔(dān)任總統(tǒng)時(shí)在艾滋病問題上也無甚作為。然而，到了2000年，曼德拉真切地感受到了艾滋病對他的危害，他的親人中有人感染了艾滋病病毒據(jù)媒體報(bào)道，2002年，曼德拉在可持續(xù)發(fā)展首腦會(huì)議開幕前夕，對《星期日泰晤士報(bào)》首次披露，他的一位22歲的侄女和另外兩位侄孫被艾滋病奪去了生命。他在講話中談到他接見過的幾位曾獲得獎(jiǎng)學(xué)金的大學(xué)生嚴(yán)重地感染了艾滋病病毒——只是在他為抗逆轉(zhuǎn)錄病毒的治療付出代價(jià)時(shí)，他的立場才發(fā)生顯著變化。

曼德拉和姆貝基在艾滋病病毒和艾滋病問題上公開相互指責(zé)。非國大支持姆貝基，批評曼德拉公開呼吁對患者進(jìn)行抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療的做法。對此曼德拉不予理睬。2002年，他與美國前總統(tǒng)比爾·克林頓及其他國家領(lǐng)導(dǎo)人一起出席巴塞羅那世界艾滋病防治大會(huì)，呼吁各國元首和政府緊急行動(dòng)起來，同這種致命疾病作斗爭。

但是在人們眼里，姆貝基的確是一個(gè)不容小覷之人。據(jù)說在同議員們談話時(shí)，他會(huì)辱罵、嚴(yán)懲敢于質(zhì)疑他的人。

2002年，《星期日泰晤士報(bào)》記者卡羅爾·佩頓和蒙德利·馬卡尼亞在新聞報(bào)道中這樣描述姆貝基領(lǐng)導(dǎo)的南非政府：“政策協(xié)調(diào)與實(shí)施受到他的辦事班子的嚴(yán)格控制，（各部）負(fù)責(zé)人行事都要向總統(tǒng)辦公室主任弗蘭克·奇卡尼牧師報(bào)告……”姆貝基在議會(huì)中的講話，無論是核心思想還是措辭，在每個(gè)場合都得到了非國大議員和部長們的隨聲附和，這反過來也表明，非國大出現(xiàn)了令人不安的黨員對總統(tǒng)趨炎附勢的苗頭。

中央政府的過度控制使得曼德拉任總統(tǒng)時(shí)的活力與創(chuàng)新蕩然無存。工作中循規(guī)蹈矩之風(fēng)日漸盛行，而自主創(chuàng)新則日漸式微。

非國大將姆貝基解職之后，在波羅克瓦尼精心策劃倒姆貝基的逼宮聲浪的雅各布·祖馬如愿當(dāng)選為總統(tǒng)。人們對他的當(dāng)選也頗有爭議：他是一個(gè)一夫多妻主義者，共育有22名子女，有些是跟妻子所生，也有些是跟女友所生。2005年，他在涉嫌強(qiáng)奸族內(nèi)一名艾滋病病毒呈陽性的年輕女孩的案件中被判無罪。2009年，國家檢察機(jī)關(guān)因“政治壓力”撤銷了對他的腐敗指控，該項(xiàng)指控涉及1999年南非數(shù)百萬蘭特的武器交易案。

祖馬總統(tǒng)的兩屆任期也被腐敗嚴(yán)重、敲詐勒索和高官謀殺案所困擾，包括連續(xù)針對兩名警察高官的指控案件。例如，億萬富翁布雷特·凱博遭黑手黨歹徒槍擊身亡，兇犯與時(shí)任警察總監(jiān)杰基·塞萊比關(guān)系密切，后者因貪污腐敗、收受毒販賄賂被判有罪。接著在2011年7月，公訴人這里的公訴人原文是public protector?！g者注圖莉·瑪頓塞拉因5個(gè)月前宣布警察總部500萬蘭特的租約非法而受到逮捕的威脅。她說南非警察總監(jiān)貝基·塞萊是對此負(fù)有責(zé)任的人之一，塞萊后來被祖馬總統(tǒng)停職。她也批評過公共工程部部長格溫·馬赫蘭古恩卡賓德，說他不聽從法律顧問的阻止，批準(zhǔn)了這一非法交易。

2011年10 月，祖馬將馬赫蘭古恩卡賓德與聯(lián)合執(zhí)政和傳統(tǒng)事務(wù)部部長賽斯洛·希塞卡解職，后者也是遭到腐敗指控的焦點(diǎn)。

祖馬的治下管理混亂，派系活動(dòng)嚴(yán)重。南非自由州大學(xué)教授克旺迪韋·孔德羅認(rèn)為，政治任命受到部族的影響，這是非洲危險(xiǎn)的信號。曼德拉曾經(jīng)領(lǐng)導(dǎo)過的非國大青年聯(lián)盟對孔德羅的言論憤怒不已而不斷挑事。其領(lǐng)導(dǎo)人朱利葉斯·馬勒馬的語言常常充滿種族主義意味，他還威脅說要將私人公司收歸國有。后來馬勒馬被裁決對一名強(qiáng)奸案幸存者犯有性別歧視罪，另一法庭指控他犯有引述種族主義言論罪。在他侮辱博茨瓦納的事件發(fā)生后，非國大最終將其送上紀(jì)律訓(xùn)誡庭，但是所有這些行動(dòng)都沒能阻止馬勒馬。私下里，曼德拉十分痛苦，但是他的話已經(jīng)沒有多少分量了。在公開場合他對此緘默不語，倒是憤怒的大主教德斯蒙德·圖圖成了“南非的良知”。