1937年抗日戰(zhàn)爭全面爆發(fā)，1938年華羅庚便毅然放棄了在英國深造的機會，回到了水深火熱的祖國，來到了西南聯(lián)合大學(xué)任教。時任清華大學(xué)數(shù)學(xué)系主任的楊武之破格提拔華羅庚為正教授，當(dāng)時華羅庚年僅28歲。

華羅庚在西南聯(lián)大的日子，生活十分困難。華羅庚的妻子吳筱元是個普通的農(nóng)村婦女，沒有什么工作。一家6口人，就靠華羅庚那點兒微薄的工資生活。1938年，昆明戰(zhàn)亂。為了躲避戰(zhàn)爭和節(jié)約錢財，錢鐘書在西郊大普吉附近找了兩間小廂樓，用最便宜的價錢，租了下來，華羅庚本來喜好抽煙，并且煙癮還很大。迫于窮困，他把煙酒都戒除了。

不久，華羅庚第五個孩子出生了。華羅庚為了紀念他們當(dāng)時困窘的生活情形，他給新生的兒子起了一個有紀念意義的名字：華光！從“華陵”（幾年以前，他在英國研究“華陵——哥德巴赫”這一世界數(shù)學(xué)史上的難題，為了紀念自己取得的成就，他給新生的女兒起名字“華陵”）到“華光”，一個女兒，一個兒子，國外，國內(nèi)，從富有到貧窮，這其中包含了這位中國數(shù)學(xué)家在那個特殊時代的多少輝煌和辛酸！

1942年，《堆壘素數(shù)論》的中文版終于在年底完成了。不幸的是：這部30萬字巨著，在寄給重慶的中央研究院的時候，寄丟了！

寫作這部書稿時，華羅庚一邊當(dāng)大學(xué)教授，一邊當(dāng)中學(xué)代課老師，每天步行十幾里，從城里到大普吉，幾乎沒有一天睡過５個小時。后來他回憶這段生活時說：“晚上一燈如豆。所謂燈，乃是一個破香煙罐，放上一個油盞，摘些破棉花做燈芯。為了節(jié)省菜油，芯子捻得小小的。晚上牛蹭癢，擦得地動山搖，危樓欲倒！”華羅庚用兩年多的時間完成的30萬字的書稿的丟失，如五雷轟頂般擊倒了華羅庚。華羅庚大病了一場，睡了整整半個月。

書稿丟失之后，華羅庚沒有馬上著手重寫，而是認真研究手稿存在的問題和缺陷，重新認識這個數(shù)論學(xué)科。1944年，一部和原先中文版不盡相同，內(nèi)容更加豐富，論證更加嚴謹?shù)摹抖褖舅財?shù)論》英文手稿由蘇聯(lián)國家科學(xué)院出版社出版了。英文版《堆壘素數(shù)論》的面世，使華羅庚成了當(dāng)時數(shù)論領(lǐng)域內(nèi)的巨星。

就在整個數(shù)學(xué)界，普遍認為華羅庚是哈代門下又一數(shù)論領(lǐng)域里的巨星之時，華羅庚放棄了他對數(shù)論領(lǐng)域如日中天的而研究，出人意料地將筆鋒一轉(zhuǎn)，走出了哈代大師的門檻，獨樹一幟，把自己的興趣和心思又轉(zhuǎn)移到了數(shù)論和矩陣幾何領(lǐng)域，開始了他在世界數(shù)學(xué)界獨闖天下的時代。

1944年，戰(zhàn)爭形勢發(fā)生變化，昆明變得安寧了很多，華羅庚這才告別了他在昆明西北住了３年的牛圈，回到城里的一間潮濕擁擠的破平房，繼續(xù)他的群論和矩陣研究。1945年，一門新興學(xué)科矩陣幾何學(xué)正式誕生，華羅庚便是它的創(chuàng)始人。