對于學(xué)生，梅貽琦主張進(jìn)行通才教育。認(rèn)為學(xué)生不應(yīng)僅有專門知識，更應(yīng)受到貫穿在整個(gè)大學(xué)課程中的普通教育，使每個(gè)學(xué)生對于自然科學(xué)、社會科學(xué)皆能融會貫通。梅貽琦說：“學(xué)問范圍務(wù)廣，不宜過狹，這樣才以使吾們對于所謂人生觀得到一種平衡不偏的觀念。對于世界大勢文化變遷，亦有一種相當(dāng)了解。如此不但使吾們的生活增加意趣，就是在服務(wù)方面亦可以加增效率，這是本校對于全部課程的一種主張……”不但如此，梅貽琦更希望學(xué)生能夠?qū)⒆鰧W(xué)問和做人貫通起來，修己正身，同時(shí)又對社會有益。

梅貽琦的教育思想以孔孟之道為主，又融會了希臘及西方的學(xué)術(shù)自由與民主法治思想，甚至希臘人崇尚體育的精神，也在清華得到有力的貫徹。當(dāng)時(shí)清華規(guī)定所有學(xué)生體育課必須及格，否則不能畢業(yè)。這種重視體魄、期望學(xué)生全面發(fā)展的思想，一直延續(xù)到后來的西南聯(lián)大和復(fù)校后的清華。

梅貽琦的座右銘之一是“為政不在多言，顧力行何如耳”。葉公超形容他“慢、穩(wěn)、剛”。曾在清華任教的蔣復(fù)璁說：“初以為辦公事他不大內(nèi)行，孰知竟是行政老手。”

20世紀(jì)30年代中期，中國社會動蕩，內(nèi)憂外患，學(xué)生運(yùn)動也此起彼伏。學(xué)校當(dāng)局面對來自各方的壓力，既要保證正常的教學(xué)，又不能一味地打擊學(xué)生的熱情，在各種風(fēng)潮中還要盡力保護(hù)學(xué)生們的安全，可謂舉步維艱。

1936年2月29日，冀察政委會委員長宋哲元派軍隊(duì)進(jìn)入清華大學(xué)，抓捕中共地下黨蔣南翔等人，但他們受命不能使用槍彈，一些學(xué)生于是得以打退士兵，推翻了他們的汽車，搶回了被捕的同學(xué)，甚至扣押了領(lǐng)隊(duì)的團(tuán)長。當(dāng)晚，一個(gè)師的部隊(duì)荷槍實(shí)彈并附有大刀隊(duì)進(jìn)入校園，按照擬好的“黑名單”向?qū)W校索要學(xué)生住處名單以便對號抓人。

白天的事情發(fā)生后，學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)層人員緊急在梅貽琦家里召開會議，研究對策。參加者葉公超后來回憶說：“幾乎每個(gè)人都說了很多話，唯有梅先生自己默然不發(fā)一言。大家都等著他講話，足足有兩三分鐘之久，他老先生還是抽著煙，一句話不說，結(jié)巴的馮芝生（馮友蘭）最后就問梅先生說：‘校長你——你你看怎么樣？’梅先生還是不說話。我就忍不住了。我說：‘校長，您是沒有意見不說話？還是在想著而不說話？’梅先生又隔了幾秒答復(fù)我：‘我在想，現(xiàn)在我們要阻止他們來是不可能的了，我們現(xiàn)在只可以想想如何減少他們來了之后的騷動?！?/p>

當(dāng)時(shí)學(xué)校左右為難，給名單不行，不給名單也不行，最后梅貽琦急中生智，給了官方一份去年的學(xué)生名單。按照清華的傳統(tǒng)，學(xué)生宿舍每年都要來一次大調(diào)整，去年的學(xué)生今年早已搬到別的地方去了。結(jié)果，軍警們胡亂抓了20人，想抓的卻一個(gè)也沒有抓到。

在軍警抓人的過程中，清華教務(wù)長潘光旦曾打電話給當(dāng)局進(jìn)行交涉，目睹的同學(xué)誤以為他是在通知當(dāng)局抓人，消息傳開，學(xué)生們將潘光旦擁到大禮堂前質(zhì)問圍攻，潘年輕時(shí)因傷失去一條腿，需拄雙拐，憤怒的學(xué)生們將他的雙拐丟在地上，梅貽琦挺身而出道：“你們要打人，來打我好啦。你們?nèi)绻J(rèn)為學(xué)校把名單交給外面的人，那是由我負(fù)責(zé)?！辈⒁詷O沉痛的口氣告誡同學(xué)：“青年人做事要有正確的判斷和考慮，盲從是可悲的。徒憑血?dú)庵?，是不能?dān)當(dāng)大任的。尤其做事要有責(zé)任心。你們領(lǐng)頭的人不聽學(xué)校的勸告，出了事情可以規(guī)避，我做校長的是不能退避的。人家逼著要學(xué)生住宿的名單，我能不給嗎？”停了一下，梅貽琦說：“我只好很抱歉地給他一份去年的名單，我告訴他們可能名字和住處不太準(zhǔn)確的?！弊詈竺焚O琦表示：“你們還要逞強(qiáng)稱英雄的話，我很難了。不過今后如果你們能信任學(xué)校的措施與領(lǐng)導(dǎo)，我當(dāng)然負(fù)責(zé)保釋所有被捕的同學(xué)，維持學(xué)術(shù)上的獨(dú)立?！?/p>