此前，蔣在同宋子文、熊式輝一次談話時雖曾表示：“如果余得如愿下野，則決以在野之身，力護繼此而成之政府，以求國基之鞏固，一反汪、胡平素惡習，而倡導守法之美風。天下興亡，匹夫有責。誰謂在野不能報國哉?！?但蔣的行動卻完全是另一回事，處處給孫科出難題，設置障礙，逼其倒臺。在蔣的授意下，“蔣方人物對時局均持冷靜態(tài)度，除赴浙者外，在京各委均緘默?！?當蔣接陳果夫電，得知“我方留京同志開會多不出席，侄等去留應請指示”后，即復電陳“請在京忍耐從事”； 又電宋子文告以“此時我方當設法促成各方攻粵為惟一工作”。 蔣的親信劉峙亦電朱紹良表示：“此時我輩似宜以介公之心為心，暫時緘默，以觀大局之推移?！?對于黃埔軍校的動向，蔣介石更是相當關注，一旦涉及有關黃埔軍校的人事安排，蔣毫不遲疑，積極部署。1月9日，當蔣得知張治中擬借口養(yǎng)病準備離京，立即急電張“切不可離去軍校，當在京養(yǎng)疴”，并同時電何應欽告以“軍校如改校長，請速委任文白（張治中）。勿延”。 經過上述布置，最終導致孫科內閣上臺不到一個月就垮臺了。

第三次下野時，蔣介石的布置幾乎如出一轍。此時，他最需要重新規(guī)劃的是尚未失守的東南沿海各省。1月21日，就在蔣介石下野的當天，正式接受宋子文的請辭，任命薛岳為廣東省政府主席、余漢謀為廣州綏靖主任、張發(fā)奎為海南特區(qū)行政長官。同時任命張群為重慶綏靖主任、朱紹良為福建省政府主席兼綏靖主任、方天為江西省政府主席、湯恩伯為京滬警備總司令，陳誠兼任臺灣省警備總司令。

蔣介石的上述任命都是經過深思熟慮的。為了同桂系抗衡，他不得不重用與桂系矛盾重重的粵軍將領。這樣一來，原擔任廣東省政府主席、廣州綏靖公署主任的宋子文不得不讓位。其原因主要是粵軍將領地域觀念極重，始終未將宋子文看作是廣東人，甚至當宋子文1948年出任廣東省主席時，張發(fā)奎還抱怨道：“惟今后粵政必須由粵人自己來搞，斷非老宋可以為功。實際上二十年來的革命功業(yè)，就是靠廣東人打出來的，現(xiàn)在廣東人不但不能打理自己的家事，反而要仰承老宋的鼻息，殊為粵人之恥。” 此后，薛岳、余漢謀、張發(fā)奎三名粵籍將領再次為蔣效命，直到海南島解放后才退守臺灣。

同樣對福建省政府主席的人選，也令蔣介石大費心思。1月12日，蔣還在日記中寫道：“閩省主席人選實難在閩人中選得其人為苦?！倍藭r只有朱紹良是蔣身邊少有的親信又是在福州出生長大的人選。

此時，除了完全聽命于蔣的湯恩伯和陳誠外，蔣介石所能指揮的主力部隊只有遠在西南的胡宗南部。為了加強對西南的指導，蔣任命四川人張群駐守西南重慶、成都，直到胡宗南所部被殲后才離開大陸。

黃埔2期畢業(yè)的方天原是陳誠部屬、18軍第五任軍長，他在江西省政府主席任內的最大功勞，就是協(xié)助18軍第七任軍長胡璉在江西招募新兵，重建第12兵團（轄18軍）。正是胡璉帶著這支新組建的部隊，一路后撤至廣東潮汕，并轉戰(zhàn)金門古寧頭。蔣介石對此戰(zhàn)給予高度評價：“古寧頭大捷，不僅保住了金門，更保住了臺灣。”

事實上在第三次下野之時，蔣介石已清楚地判斷很難與中共達成任何和解，只是想透過桂系與中共的和談來拖延時間，加緊布置。特別是對臺灣的規(guī)劃。1949年1月10日，他特意派蔣經國到上海，親自督促中央銀行總裁俞鴻鈞將中央銀行庫存黃金運存臺灣。除了黃金以外，所有外匯也不留給代總統(tǒng)李宗仁。15日，他再次指示俞鴻鈞“中央、中國兩銀行外匯處理要旨，總勿使兩行外匯為后來者消耗于無形，略為國家與人民保留此一線生計耳?！?此外，他還指示將前方最需要的“美國援助之三艦軍械”直接運抵臺灣。 盡管上述布置令代總統(tǒng)李宗仁十分惱火，并多次向蔣提出要將運到臺灣的黃金、外匯運回大陸，用以支付同中共的對抗，但蔣終不為所動。