然而這一年，國共合作卻遭遇了多事之秋。

3月12日孫中山先生在北京逝世；

7月1日，國民政府在廣州成立，汪精衛(wèi)出任國民政府常務(wù)委員會主席兼軍事委員會主席；

8月20日，廖仲愷遇刺，整個(gè)革命陣營為之震驚，廣州上空陰云密布。

11月23日，國民黨中央執(zhí)行委員張繼、鄒魯、居正、謝持、林森等人在北京西山碧云寺自行召開“國民黨一屆四中全會”，形成西山會議派，做出取消共產(chǎn)黨員的國民黨黨籍，開除中央執(zhí)行委員中的共產(chǎn)黨員的決議，并贊成“聯(lián)蔣倒汪”。

而此時(shí)，蔣介石已在鎮(zhèn)壓廣州商團(tuán)叛亂、兩次東征討伐陳炯明、平定楊希閔、劉震寰叛亂等戰(zhàn)役中成長壯大起來，在革命陣營中具有了舉足輕重的力量。

12月中旬，張國燾擔(dān)任中共黨團(tuán)書記，代表中央前往廣州出席國民黨二大，并指導(dǎo)二大期間的中共黨團(tuán)活動。

張國燾是肩負(fù)“使命”而來的，這個(gè)“使命”便是在國民黨二大上對領(lǐng)導(dǎo)權(quán)做出讓步，主張“不包辦國民黨”，共產(chǎn)黨員在國民黨中央領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)中人數(shù)不超過三分之一。

這個(gè)主張來自共產(chǎn)國際的決定。早在9月28日開幕的中共中央四屆二中全會上，共產(chǎn)國際執(zhí)委會便指示中共中央：

“黨團(tuán)無論如何不應(yīng)發(fā)號施令；共產(chǎn)黨不應(yīng)要求必須由自己的黨員擔(dān)任國家和軍隊(duì)的領(lǐng)導(dǎo)職位。相反，它應(yīng)當(dāng)竭力廣泛吸引不是共產(chǎn)黨員的國民黨員參加負(fù)責(zé)工作?！?/p>

共產(chǎn)國際執(zhí)委會東方部負(fù)責(zé)人瓦西里耶夫，由于擔(dān)心陳獨(dú)秀等人與國民黨爭奪領(lǐng)導(dǎo)權(quán)，特地在10月2日四屆二中全會閉幕當(dāng)天給維經(jīng)斯基來信，要他明確轉(zhuǎn)告陳獨(dú)秀，放棄做領(lǐng)導(dǎo)的努力。

為此，陳獨(dú)秀在維經(jīng)斯基的安排下，特地在上海蘇俄領(lǐng)事館與孫科、葉楚傖、邵元沖談判，明確表示放棄對國民黨中央領(lǐng)導(dǎo)權(quán)的爭奪，希望他們回廣州參加國民黨二大。

對于共產(chǎn)黨員在國民黨中央執(zhí)行委員會中的人數(shù)，陳獨(dú)秀曾提出不少于七人，鮑羅廷主張不超過國民黨一大時(shí)的三人，“以免嚇跑中派和不無謂地刺激右派”，最后一致同意四人。

放棄對領(lǐng)導(dǎo)權(quán)的爭奪，這是參加國民黨二大的中共代表所不能接受的。首先提出反對意見的就是廣東區(qū)委負(fù)責(zé)人、陳獨(dú)秀的兒子陳延年，他說：

“連孫科、戴季陶這樣的人都選進(jìn)中央委員會，這是明顯的妥協(xié)退讓！我們應(yīng)該團(tuán)結(jié)左派，打擊右派，使共產(chǎn)黨和國民黨左派在國民黨中央占絕對優(yōu)勢"

盡管陳延年的意見得到其他與會代表的贊同，但張國燾握有“尚方寶劍”，何況他本人與陳獨(dú)秀的觀點(diǎn)相同，認(rèn)為“國民黨的事務(wù)理應(yīng)由國民黨員來管”。他說：

“大家不要以為中央的政策，是退讓的政策，而應(yīng)認(rèn)識到這是以退為進(jìn)的措施。中共目前還處于幼齡，既沒有軍隊(duì)，又沒有參加國民政府掌握政權(quán)的經(jīng)驗(yàn)，就算我們爭取再多的國民黨中央委員人數(shù)又如何，難道你們以為這樣就能提高我黨領(lǐng)導(dǎo)地位？不僅不會，而且還會引起國民黨人士的反感，致使他們將我們驅(qū)逐出去?？傊@是中共中央的決定，你們要貫徹執(zhí)行。”

1926年1月1日，國民黨二大隆重召開。在中共代表的努力下，會議對“西山會議派”鄒魯、謝持、林森等人均給予開除、警告等不同程度的處分。但在大會最后選舉的36名中央執(zhí)行委員中，中共代表僅占七人。

二大閉幕后，張國燾即返回上海。此后在“中山艦事件”與蔣介石“整理黨務(wù)案”事件中，張國燾又先后兩次南下廣州，奉命傳達(dá)并執(zhí)行陳獨(dú)秀的指示。