接著，5月21日晚發(fā)生了“馬日事變”，國民黨軍官許克祥部在長沙查封了工會、農會，解除了工人糾察隊、農民自衛(wèi)軍武裝，并通電斥責工農運動。事變發(fā)生后，湖南各地紛紛效仿，其中有湘潭、衡陽、武岡、益陽、湘陰、桃源、永州、瀏陽、臨湘、安鄉(xiāng)、辰州、敘浦等地。27日，許克祥等人在長沙成立了“中國國民黨湖南救黨委員會”，通令改組各級黨部，迅速控制了湖南大部分地區(qū)。

“馬日事變”發(fā)生后，陳獨秀、鮑羅廷與新來的共產國際代表羅易發(fā)生沖突，鮑羅廷堅持派代表赴長沙與許克祥等人進行和平調解，并制止湖南工農過激行為，平息軍人怒火。

陳獨秀在5月23日的聯(lián)席會議上指出：許克祥部的第二、第八、第三十五、第三十六軍都是湖南的軍隊，軍官們收到的來自家鄉(xiāng)的都是壞消息，諸如家屬被農協(xié)戴高帽游鄉(xiāng)、被批斗被逮捕，土地被沒收，財產被瓜分等。在這個情況下軍官們就要鎮(zhèn)壓農民運動，而農民們想要平分土地，平分房屋等。因此，我們需要作出讓步，就是目前情況下暫時不提出土地問題。這樣做為了有時間“準備我們自己的軍事力量”，以便有朝一日將那些不可靠的將軍打倒。

對此，共產國際于6月2日發(fā)出了著名的“五月指示”，在這個指示中，共產國際雖肯定了工農運動存在“過火”，同意約束過火行為，但仍然堅持不得妨礙土地革命，不得妨礙建立新軍，尤其過高地估計共產黨在國民黨中央的作用，一廂情愿地堅持在不破裂兩黨關系的情況下，馬上組織共產黨自己的軍隊，改組國民黨中央，依靠汪精衛(wèi)等國民黨左派，開展土地革命，使武漢政府革命化。

對共產國際完全脫離實際的指示，陳獨秀既氣憤又無可奈何。

就在此時，江西省主席朱培德以“制止過火的工農運動”為借口，武裝遞解共產黨員全體出境，同時查封全省工會、農會、學生會。

在這一形勢下，在討論莫斯科來電的專門會議上，陳獨秀對“五月指示”提出不同意見，認為莫斯科不了解中國的實際情況，“農民運動引起的過火行為（破壞了）同地主、紳士和軍官的統(tǒng)一戰(zhàn)線。過火行為也妨礙了土地問題的解決?！北仨殹跋燃m正過火行為，然后采取解決土地問題的進攻性措施?！?/p>

對于改組國民黨中央，陳獨秀稱：

“國民黨的領導是在黨的代表大會上選舉產生的，現(xiàn)在我們怎么能改變它呢？”

對于組建新軍，陳獨秀認為此時中共沒有這個能力。最后，陳獨秀說：

“我們衷心贊同指示，但問題是我們黨未必能夠貫徹執(zhí)行”。

羅易對陳獨秀的態(tài)度表現(xiàn)出極大的憤慨，指責陳獨秀是“國民黨在共產黨內的代理人”，揚言“應當把陳獨秀清除出共產黨領導機構”。