1914年，馮玉祥部擴編為左翼第一旅，后又改為第十四旅、第十六混成旅。雖身為袁世凱軍事系列的旅長，但在全國旅長以上將領(lǐng)聯(lián)名通電擁袁稱帝時，馮玉祥堅決拒絕簽名，并暗中同蔡鍔的護國軍聯(lián)絡(luò)，又在率部進入成都時，促使四川將軍兼巡按使陳宧宣布獨立，脫離袁世凱的北京政府，予袁的復辟活動以沉重打擊。

1916年7月，第十六混成旅移防河北廊坊。一年后，馮玉祥被貶為正定府第六巡防營統(tǒng)領(lǐng)。受到打擊和排擠的馮玉祥，稱病離職，到北京西郊的天臺山，邊讀書邊休養(yǎng)。當年7月，張勛率領(lǐng)他的辮子軍擁戴宣統(tǒng)出山，企圖復辟。馮玉祥聞訊，變賣家產(chǎn)充作軍費，帶領(lǐng)舊部出戰(zhàn)張勛，與其他部隊一起，攻破北京，驅(qū)走了張勛。

就在此時，馮玉祥痛定思痛，毅然向軍政各界發(fā)出了力圖根除復辟的通電，提出：一，取消民國優(yōu)待清室條件，400萬兩經(jīng)費停止繳付。二，取消宣統(tǒng)名義，永不準以帝號名稱號召滿蒙，即貶溥儀為平民。三，所有宮殿、朝房及京內(nèi)外清室各公地、府園，盡歸國家公共之用。四，懲辦此次叛逆之諸元兇，以遏奸邪之復萌。

此時馮玉祥措辭嚴厲的通電，雖然因種種原因未能施行，但不難看出，這實為7年后他派鹿鐘麟將溥儀驅(qū)趕出紫禁城的輿論準備，中國現(xiàn)代史肯定會為此而書寫濃重的一筆。

護法戰(zhàn)爭期間，南北對峙，形勢嚴峻。馮玉祥始終主張“迅速罷兵，以全和局”，“國會早開，民氣早申”。為此，他數(shù)次置軍職于不顧，與段祺瑞、馮國璋據(jù)理力爭。同時，他又向久已敬仰的孫中山先生鄭重表示：“中國已瀕于危亡，真正救國，只有先生一人，百折不回，再接再厲，無論如何失敗，我行我素，始終如一。此種精神，凡謀國者，當為之感奮。今雖扼于環(huán)境，未能追隨，但精神上的結(jié)合，固已有日”，愿意“今欲追隨，乞多指示！”孫中山先生隨即委派徐謙、鈕永建秘密到馮部，宣傳國民革命的理論與策略。馮玉祥也派代表專程南下，進謁孫中山先生，建立聯(lián)系。

上世紀二十年代初期，馮玉祥自第十六混成旅旅長任上，先后擢升陸軍第十一師師長、陜西及河南兩省督軍，后為陸軍檢閱使，駐防北京南苑。這時，他所擁有的兵力，計一個師（即第十一師）、三個旅（即張之江任旅長的第七旅，以及李鳴鐘的第八旅和宋哲元的第二十五旅），總共三萬余官兵，軍力非同凡響。

1924年初，經(jīng)人介紹，喪偶后的馮玉祥與出生在河北通縣（今屬北京市）的李德全女士成婚。