在執(zhí)行密殺令時，也存在有爭議的行動。據(jù)上海潛伏區(qū)的情報說，曾任北洋政府國務(wù)總理、廣州護法軍政府財政部長、政務(wù)總裁的國民黨元老唐紹儀與日方專使秘密接觸，欲圖主政維持會。戴笠得到蔣介石批準(zhǔn)后，下達(dá)了對唐紹儀的密殺令。周偉龍根據(jù)戴笠的命令，組織兩名軍統(tǒng)殺手，于1938年9月30日上午在上海租界福開森路唐紹儀的寓所，以送古玩為名，將唐紹儀用利斧砍死。事出之后，于右任、張繼等一批國民黨元老，認(rèn)為唐紹儀投敵賣國證據(jù)不足，集體向蔣介石告狀，要求緝兇，但是蔣介石只承認(rèn)殺害唐紹儀時間過早，就以自己名義，發(fā)唁電給唐紹儀遺屬、送治喪費等，將這件血案遮掩過去。

抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)后，戴笠指示各外勤區(qū)、站迅速布置潛伏特務(wù)，應(yīng)對淪陷區(qū)的情報工作。再就是規(guī)定特務(wù)處的工作立即轉(zhuǎn)入戰(zhàn)時體制，精簡機關(guān)，充實一線人員，提高辦事效能，以適應(yīng)戰(zhàn)時需要。戴笠同時又發(fā)布命令，抗戰(zhàn)期間特工嚴(yán)禁結(jié)婚，違者處5年以上、10年以下徒刑。7月中旬，戴笠親自趕到上海布置對日作戰(zhàn)和潛伏工作。一天，在法租界楓林橋附近的寓所里，戴笠主持召開軍統(tǒng)上海區(qū)組長以上的骨干特工開會，討論在吳淞、江灣、虹口和閘北三個地點建立潛伏組織的人事問題。因虹口和閘北地區(qū)是當(dāng)時日本人比較集中的居住地區(qū)，過去只派特務(wù)朱松舟在虹口開當(dāng)鋪搞情報，曾經(jīng)搜集到一些比較重要的情報，因此戴笠很重視虹口地區(qū)的潛伏力量配備，配備了10名左右的組員和1部電臺，針對日本重要人物實施“密裁行動”。

中國進(jìn)入抗日戰(zhàn)爭最艱難的時期，利用謀殺方式除奸滅害，對防止國內(nèi)敵對勢力的分裂行為，有著極強的震懾作用。戴笠是密殺令的忠實執(zhí)行者。利用非常手段制裁手段，打擊敵對勢力，是軍統(tǒng)的重要一項工作。但是，對日偽高層的謀殺，成功率幾乎是零。所以陳立夫很是瞧不起戴笠，認(rèn)為靠打打殺殺消滅不了日偽政權(quán)。只有蔣介石相信利用暗殺等手段可以徹底解決問題。蔣介石對戴笠多次發(fā)出密殺令，要求軍統(tǒng)盡快處理掉這些民族敗類和日本軍官。

戴笠立即向全國各地軍統(tǒng)工作站發(fā)出“密殺令”，全部是由蔣介石“欽定”，戴笠是忠實的執(zhí)行者。后世有人評價說戴笠是殺人狂魔，濫殺無辜。其實，他只是組織、策劃與堅決的執(zhí)行者。蔣介石作為國民黨的黨首，他擁有至高無上的權(quán)力，把制裁敵對的行動交由戴笠去完成，是最精明不過的了。抗戰(zhàn)時期，蔣介石布置給軍統(tǒng)局的暗殺令，大半是清除分裂勢力與日本侵略軍的高官。1940年至1941年軍統(tǒng)就在上海制裁了二百多人，有日本派遣軍的高官、汪偽政權(quán)的官吏與特務(wù)，沉重地打擊了敵人囂張氣焰。

密殺令代表權(quán)威，也是一道魔咒，軍統(tǒng)特工也深受其害。在執(zhí)行“制裁行動”中，軍統(tǒng)特工每年都有幾百人葬身其間?？箲?zhàn)八年間，有一萬六千多名特務(wù)死在對方的槍口下。