由于西子灣行館算是較正式的貴賓會見場所，因此相較之下，各項擺設(shè)都比較講究。例如：目前行館保存的餐具就是為接待侯賽因特地從臺北的“總統(tǒng)府”搬運而來；行館客廳皮制沙發(fā)椅是蔣介石由南京運來；餐廳內(nèi)別具南國風(fēng)味的貝殼沙發(fā)則由前高雄市長陳啟州呈獻(xiàn)。行館車庫停放1948 年出廠的美國Packard轎車，是蔣介石來臺前在南京的座車，1949 年從南京運到臺北，再從臺北運到高雄；直到1955 年蔣介石赴金門視察，這部座車還曾運到金門供蔣介石乘坐。

1964 年，宋美齡最寵愛的幺孫蔣孝勇前往位于南臺灣高雄的“陸軍官?！鳖A(yù)備班就讀，繼蔣孝文與蔣孝武都無法就讀軍校之后，蔣孝勇選擇在軍校就讀，成了蔣介石的希望所系，更是臺灣當(dāng)局對外宣傳的正面焦點；尤其蔣孝勇聰明伶俐，課業(yè)優(yōu)秀，讓“兩蔣”都寄予厚望。據(jù)說蔣孝勇就是在這段時間，還利用休假日到行館庭院籌設(shè)了鳥園。

只是運氣不好的蔣孝勇，竟然于1969 年在軍校一次演訓(xùn)中傷了右腳踝，由于沒有實時妥善治療，導(dǎo)致軟骨硬化，甚至連動兩次大手術(shù)，才把軟骨取了出來。當(dāng)時蔣介石南下巡視，已改住較安靜的澄清湖行館，不過西子灣賓館仍是門禁森嚴(yán)的招待所，蔣孝勇在這段養(yǎng)病期間，就在西子灣行館內(nèi)靜養(yǎng)。宋美齡也曾多次前往探視。

1969 年2 月24 日，蔣介石還寫了封信給蔣孝勇，信中說：“昨聞你已病入醫(yī)院，不勝系念。今特寫信交武孫帶來慰問，如你下周仍未痊愈，我與祖母就要南來看你，想與你同住幾日；在西子灣養(yǎng)病或比醫(yī)院為佳易愈也。余不多言，望早痊愈。”日后蔣介石還手書“持志養(yǎng)氣、耐心養(yǎng)病”，希望為幺孫打氣。只是受腳踝傷勢影響，蔣孝勇已無法負(fù)擔(dān)軍事操練，最終還是放棄了軍校夢，返回臺北赴臺大政治系就讀。

蔣介石去世后行館開放

蔣介石去世后，在蔣經(jīng)國推動下，西子灣行館于1977 年由“總統(tǒng)府”核定改移交高雄市政府接管，并改為蔣介石紀(jì)念館，同時全面開放西子灣風(fēng)景區(qū)供民眾游覽。

行館陳設(shè)方面，一樓餐桌、餐具仍原物呈現(xiàn)。二樓有主臥室、蔣介石及夫人辦公室各一間。辦公室有文房四寶、蔣介石親寫的“澄清樓”匾額，及宋美齡手繪國畫《長相左右》。走廊兩側(cè)掛了一張張蔣家生活照，還有手搖式電話、自上海運來的老式烤箱等設(shè)施；蔣介石座車停放在車庫內(nèi)，雖有發(fā)動保養(yǎng)，但不再開出去。蔣孝勇興辟的鳥園雖尚存，但只剩幾只老鳥。

蔣經(jīng)國隨后指示在西子灣辦理“中山大學(xué)”復(fù)校，并由親信李煥于1980 年出任第一屆校長，當(dāng)?shù)爻Ｋ鐾?，其余約45 公頃都被劃入“中山大學(xué)”。為拓展校地，“中山大學(xué)”也劃走了部分的行館庭院，因此行館愈縮愈小，縮在校園的一角，管理權(quán)也由市政府移交給“中山大學(xué)”。1999 年，“中山大學(xué)”重新整修行館，重新粉刷，把原來的木窗改為鋁門窗，隨后將侍衛(wèi)室、起居室、浴室及廚房改為約270 平方米空間的藝?yán)?，其余如大廳、臥室等則保持原狀，開放公眾參觀。