巴西當(dāng)局最后不得不保證不將中方被捕人員送往臺灣，但仍在5月21日宣布對他們進(jìn)行“預(yù)防性逮捕”，并轉(zhuǎn)移到陸軍監(jiān)獄。

這時，美國方面則通過巴西當(dāng)局向中方提出以九名中方人員交換關(guān)押在中國的美國間諜，這一建議隨即遭到中國的拒絕。中國外交部通過巴基斯坦外交部轉(zhuǎn)告巴西當(dāng)局：中國政府希望巴西政府以中巴友誼為重，立即無條件釋放無辜被捕的中國人員，以免產(chǎn)生更嚴(yán)重的后果。

1964年10月12日，巴西軍事法庭以九名中國人員在巴西進(jìn)行所謂的“間諜和顛覆”活動為由，正式進(jìn)行開庭審理。中國有關(guān)部門聘請當(dāng)時已是72歲高齡的巴西律師協(xié)會主席索布拉爾?平托（Heráclito Fontoura Sobral Pinto）為中方被捕人員辯護(hù)。平托根據(jù)九名中國人提供的十多萬字的說明事實真相的材料，寫出了長達(dá)51頁的辯護(hù)詞，提出了182項無可辯駁的事實和論據(jù)，證明這九名中國人員是在巴西政府同意下合法進(jìn)入并居留巴西的，他們在巴西從事的有關(guān)貿(mào)易、籌備展覽和新聞報道的活動都是正當(dāng)合法的，要求法庭立即將他們無罪釋放。

另外，有包括國會議員和政府高級官員在內(nèi)的17名巴西人士出庭作證，證明這九人無罪。前總統(tǒng)夸德羅斯還寫了書面材料，證明九名中國人是在他擔(dān)任總統(tǒng)時，由他批準(zhǔn)到巴西從事新聞、貿(mào)易和籌備展覽等業(yè)務(wù)活動的，并表示必要時他可以出庭作證。

前后經(jīng)歷了七次法庭斗爭和較量，檢察官拿不出任何站得住腳的證據(jù)。法庭最后不得不宣布“間諜”罪名不能成立，但仍以“顛覆”罪對九人各判十年徒刑。中國政府隨即發(fā)表聲明，對巴西當(dāng)局非法無理的判決提出強烈抗議。

“九人案”是新中國成立后在拉美地區(qū)發(fā)生的最重要的涉外事件之一，這一事件還涉及到對美、對臺外交斗爭問題，十分復(fù)雜。為了解決這一事件，周恩來總理親自掛帥，多方組織營救工作。先后召開大小會議400多次，發(fā)表各種聲明和文章幾百篇，以被捕九人家屬的名義邀請了日本、阿根廷、印尼、巴基斯坦、英國、法國和比利時等七國著名律師組成律師團，敦促巴西當(dāng)局釋放九名被捕中國公民。

在各種壓力之下，巴西政變當(dāng)局最終以總統(tǒng)法令的方式宣布九名中國人員為“不受歡迎的人”，“驅(qū)逐”他們出境，并給十天上訴時間。九名中國人員在聲明無罪、不承認(rèn)任何判決的情況下，于1965年4月17日離開巴西回國。

1974年8月,在中巴建交談判過程中，中方重申了在“九人案”事件中的原則立場。巴方表示，從政治上說此案是錯誤的，巴西政府將采取措施，撤銷這一案件的司法訴訟。至此，時隔十年之后，震驚世界的“九人案”以巴西方面承認(rèn)錯誤而告終。