然而，好景不長。到任不滿兩個月，政治風向突變。11月下旬，中共中央在北京召開“打招呼會議”，“四人幫”掀起“批鄧、反擊右傾翻案風”政治狂潮。胡耀邦、李昌遭到無情批斗，再次被剝奪工作權利。劉華清因疑患肺結核住院治療，待病因查清、康復出院，則比胡耀邦等人晚進中科院兩個月，沒有參與被“四人幫”誣稱為“大毒草”的《匯報提綱》的調研和起草，僥幸躲過一劫。

1976年10月6日，以王洪文、張春橋、江青、姚文元為首的“四人幫”集團被徹底粉碎，劉華清的政治生命與共和國的命運一樣，重新煥發(fā)出勃勃生機。

1977年7月16日至21日，中共十屆三中全會在北京召開，鄧小平重新出山，恢復中共中央副主席、國務院副總理、中央軍委副主席和總參謀長職務。

1977年12月23日，中央軍委任命劉華清為國防科委副主任。時隔八年之后，他終于得以重新歸隊，官復原職。

1979年2月19日，邊境自衛(wèi)反擊戰(zhàn)打響。值此非常時刻，鄧小平親自點將，任命劉華清為總參謀長助理。一年后，鄧小平辭去總參謀長兼職，由楊得志接任總參謀長，劉華清晉升為副總參謀長。

第二次調離海軍時，劉華清曾認定：“海軍這條路算是走到頭了?！?未敢奢望第三次進海軍，而且是當海軍司令員。