離開(kāi)少年宮，楊晨輾轉(zhuǎn)進(jìn)入北京蘆城體育運(yùn)動(dòng)學(xué)校，后來(lái)和周寧一起調(diào)入北京青年隊(duì)，因?yàn)槟挲g小，又被調(diào)整到北京青年三隊(duì)。當(dāng)時(shí)韓旭、周寧等人都被留在二隊(duì)。

除了年齡小，楊晨認(rèn)為，“我家里條件一般，也沒(méi)有這個(gè)路子、那個(gè)路子的”。當(dāng)時(shí)與楊晨一起在三隊(duì)的，還有南方、李洪政。

被調(diào)整到三隊(duì)后，楊晨心情郁悶，一度打算不踢了，繼續(xù)讀書(shū)，“我的學(xué)習(xí)成績(jī)不錯(cuò)，考大學(xué)沒(méi)問(wèn)題”。

北京三隊(duì)教練劉敏新及時(shí)找楊晨談話，對(duì)他極盡挽留之情：“你跟著我好好練一年，肯定沒(méi)問(wèn)題。”

回心轉(zhuǎn)意的楊晨，在三隊(duì)的這一年進(jìn)步明顯，幾乎包辦了全隊(duì)的所有進(jìn)球。1992年，18歲的他從三隊(duì)直接進(jìn)入一隊(duì)，并參加了 1993年的全國(guó)比賽，還入選了戚務(wù)生組建的國(guó)奧隊(duì)。

1994年，中國(guó)足球職業(yè)聯(lián)賽拉開(kāi)帷幕，北京隊(duì)更名為北京國(guó)安，楊晨身披 10號(hào)球衣征戰(zhàn)甲 A聯(lián)賽。隊(duì)中，他和周寧是小字輩球員，“體能訓(xùn)練時(shí)，我倆跑在最前面；比賽中拼得最兇的就是我倆”。

剛到國(guó)安時(shí)，楊晨的月工資是 1200元，跟老隊(duì)員沒(méi)法比?！澳菚r(shí)候小，不在乎工資，能掙錢(qián)就挺高興了?！痹趪?guó)安效力，他的工資最高時(shí)，只有 1萬(wàn)元左右。

在國(guó)安那幾年，楊晨過(guò)得并不如意。

剛開(kāi)始，他要與高峰、高洪波、翟彪、謝峰等名將競(jìng)爭(zhēng)，再后來(lái)，國(guó)安進(jìn)攻端又是岡波斯、卡西亞諾、安德雷斯的天下。除此之外，傷病也不時(shí)來(lái)“串門(mén)”。1996年 4月，楊晨左腿半月板傷情嚴(yán)重，不得不手術(shù)。手術(shù)康復(fù)后，又在訓(xùn)練中與隊(duì)友相撞，腓骨骨折?！敖佣B三地受傷，狀態(tài)自然會(huì)受到影響”。

4年時(shí)間，楊晨為國(guó)安出場(chǎng) 55次，打進(jìn) 7球。這還不及他后來(lái)在德甲法蘭克福第一個(gè)賽季的進(jìn)球多。