面對(duì)高宗撤軍的命令，他拿出“將在外，君命有所不受”的勇氣，對(duì)全軍演講：

且人臣進(jìn)思盡忠，有死無貳，公家之利，知無不為。主上欲吞滅高麗，先誅百濟(jì)，留兵鎮(zhèn)守，制其心腹。雖妖孽充斥，而備預(yù)甚嚴(yán)，宜礪戈秣馬，擊其不意，彼既無備，何攻不克？戰(zhàn)而有勝，士卒自安。然后分兵據(jù)險(xiǎn)，開張形勢(shì)，飛表聞上，更請(qǐng)兵船。朝廷知其有成，必當(dāng)出師命將，聲援才接，兇逆自殲。非直不棄成功，實(shí)亦永清海外。今平壤之軍既回，熊津又拔，則百濟(jì)余燼，不日更興，高麗逋藪，何時(shí)可滅？且今以一城之地，居賊中心，如其失腳，即為亡虜。拔入新羅，又是坐客，脫不如意，悔不可追?！ㄒ藞?jiān)守觀變，乘便取之，不可動(dòng)也。④

意思是現(xiàn)在撤軍前功盡棄，不僅高麗難滅，百濟(jì)死灰復(fù)燃，連我們自己能否安全撤回國也是個(gè)問題，面對(duì)困難，我們要知難而上，用“成功”來說服皇上，讓他繼續(xù)派出援軍。全軍被他感動(dòng)，決心留在百濟(jì)繼續(xù)作戰(zhàn)。

事實(shí)證明，劉仁軌還真是個(gè)帥才。在白江口戰(zhàn)役中利用敵人的驕狂，兵分兩翼誘敵深入，借助江口地形以少勝多，經(jīng)過艱苦的戰(zhàn)斗終于大敗日本、百濟(jì)聯(lián)軍，四戰(zhàn)四捷，日軍戰(zhàn)艦四百余艘被唐軍縱火焚毀，濃煙遮天蔽日，日軍主將陣亡，士兵傷亡十分慘重，據(jù)說海水都變成了紅色。這是歷史上有記載的中日第一次戰(zhàn)爭(zhēng)，中方取得了壓倒性的勝利。日軍狼狽逃離朝鮮半島，舉國上下惶惶不可終日，以為劉仁軌一定會(huì)來報(bào)復(fù)攻打日本本土，于是在對(duì)馬島、壹岐島、筑紫國等地緊急構(gòu)筑大批城防和烽火臺(tái)。不過劉仁軌還真沒那個(gè)閑心去日本泡溫泉。此戰(zhàn)后百濟(jì)徹底滅亡，從而為后來消滅高麗打下了一個(gè)雄厚的基礎(chǔ)。所以說，劉仁軌絕對(duì)是個(gè)很有才干的人，對(duì)國家有大貢獻(xiàn)，后來官拜宰相。

可是這人毛病也不小，首先他比較滑頭，前面告貪官那件事，也能體現(xiàn)他的這個(gè)特點(diǎn)，自己不出頭，想把狄仁杰當(dāng)槍使。其次這個(gè)人人際關(guān)系差，比如他和親弟弟都搞不到一起去。他當(dāng)官，他弟弟劉仁相在家務(wù)農(nóng)，兩人關(guān)系勢(shì)同水火，有人勸他弟弟求哥哥照顧一下，免除徭役負(fù)擔(dān)什么的，當(dāng)時(shí)五品以上官員的親屬有這個(gè)特權(quán)，但是他弟弟不干，說了這么一句話：“我不愿意在狗尾巴底下乘涼！”你看看這關(guān)系處的。劉仁軌在朝里對(duì)頭也多，其中有一個(gè)就是宰相李敬玄（唐朝是多宰相制，目的是避免宰相權(quán)力坐大），聽說吐蕃進(jìn)犯，劉仁軌在皇帝面前推薦李敬玄帶兵打仗，這是使壞，是想讓李敬玄丟人，可是這也是損害國家利益啊，打仗是鬧著玩的事情嗎？無奈唐高宗這人很信任劉仁軌，真的委派李敬玄，李敬玄趕緊說：“臣是文臣，不會(huì)打仗。”高宗說：“劉仁軌推薦你，你就去，他就是要朕去，朕也得去！”李敬玄沒辦法，率領(lǐng)著18萬大軍上了青藏高原。

一上高原，唐軍和吐蕃在青海湖附近打起來了。李敬玄果真不是個(gè)打仗的材料，前鋒剛剛有一點(diǎn)挫敗，他就嚇得撤軍，吐蕃軍隊(duì)在后面緊追不舍。眼看著唐軍要全軍覆沒了，幸虧有將領(lǐng)挺身而出，召集500人的敢死隊(duì)夜襲吐蕃。黑暗之中吐蕃人一時(shí)間也不知道唐軍有多少人，陷入混亂，這樣唐軍大部隊(duì)才得以逃脫。