左宗棠深知劉錦棠的軍事謀略，因此，將西征大權(quán)全部交給了劉錦棠。但要求他做好兩件事：其一進(jìn)軍要嚴(yán)格執(zhí)行“緩進(jìn)急攻”和“先北后南”的原則；其二就是嚴(yán)禁出現(xiàn)類似“肅州殺俘”等問題。只要投降絕不許亂殺，而且要給遣散費，讓他們回家。如果不愿回家的則給予錢財、糧種在當(dāng)?shù)馗魃睢?/p>

“嚴(yán)禁殺俘”這個原則執(zhí)行得非常好，而且其示范效果非常強(qiáng)。例如達(dá)坂城司令大通哈（官職）愛德爾呼里寧則愿意歸降并且留在中國軍營，而且還派人到托克遜勸降阿古柏。達(dá)坂城之役的1200多名戰(zhàn)俘，只抓了200名外國人送到肅州監(jiān)獄，其余戰(zhàn)俘則給衣服糧食讓他們或者回到原籍或者回歸原駐地。對于這些人，阿古柏則大傷腦筋，在他們的廣播下阿古柏軍心渙散。

吐魯番之戰(zhàn)后，清軍幾乎沒有遇到什么像樣的抵抗，就連白彥虎的千余部眾，左宗棠都沒有殺，所以，眾多維吾爾族同胞聽到真實情況后大為震驚之后便是感動，數(shù)座城池官民主動獻(xiàn)城歸降。而對于放后再被抓的人，例如哨長麻木耳在達(dá)坂城放歸后又在克庫被抓，收復(fù)葉爾羌后再次被抓，左氏立刻將其處死。

總體上，整個新疆戰(zhàn)役分為三個階段：第一個收復(fù)北疆；第二個打開南疆門戶的吐魯番－達(dá)坂城戰(zhàn)役，消滅了阿古柏的主力；第三個即收復(fù)南疆。1876年六月初一到九月二十一，劉錦棠大軍收復(fù)烏魯木齊、瑪納斯等城，其后左宗棠拒絕清廷繼續(xù)進(jìn)攻的命令，開始對隊伍進(jìn)行修整。

可以說，收復(fù)新疆大部的進(jìn)展非常迅速，大大出乎所有人的預(yù)料。除了左氏戰(zhàn)略得當(dāng)外，劉錦棠將軍的指揮才能也不能不談及。左宗棠西征軍進(jìn)軍神速，打亂了沙俄的部署。