盡管左宗棠表示反對(duì)，但最終由于英法德美等國的外交影響，李鴻章等人的鼓噪，清廷認(rèn)為此時(shí)停戰(zhàn)可以避免與沙俄發(fā)生沖突，同時(shí)又可以爭取到最大的利益，將左宗棠招回已成定局。左宗棠無奈，只好接受了軍機(jī)大臣的名銜回朝廷去做“顧問”了。在此情況下，左宗棠選擇了能夠繼承自己衣缽的劉錦棠作為接班人。

9月26日劉錦棠被任命為署理欽差大臣，督辦新疆軍務(wù)。11月8日，劉錦棠抵達(dá)哈密與左宗棠密商六天。他們從中俄雙方的武器、資金、兵力、各自國際關(guān)系等方面進(jìn)行了分析，認(rèn)定中俄一戰(zhàn)可以打。即使左宗棠離開，劉錦棠也絕不會(huì)放棄武力解決伊犁的選擇，并積極備戰(zhàn)。如此，左宗棠才在11月14日離開了哈密前往北京。其后，劉錦棠將布防進(jìn)行了調(diào)整。

北路由金順駐防，南路西四城調(diào)新疆幫辦軍務(wù)張曜負(fù)責(zé)，東四城由老部下余虎恩、譚上連、譚拔萃分別負(fù)責(zé)，劉錦棠則率親兵親自居哈密指揮。

左宗棠離開新疆回北京的消息自然被沙俄方面知道，可沙俄并不知道清廷最高統(tǒng)治者的意圖。因此，接連數(shù)次詢問曾紀(jì)澤左宗棠何為，并認(rèn)定清廷是為了準(zhǔn)備打仗而招左宗棠進(jìn)京的。由此，沙俄的態(tài)度大變，幾次催促曾紀(jì)澤簽署新的條約。

然而，三個(gè)月后，沙俄的態(tài)度再次轉(zhuǎn)變，因?yàn)樗麄兟犝f了左宗棠到京后的職務(wù)安排。與此同時(shí)，西方列強(qiáng)的“老朋友”李鴻章上書大罵左宗棠是“奸佞之臣，空言誤國”。李鴻章的配合真是恰到好處，沙俄的態(tài)度再次強(qiáng)硬起來。喪失了最佳時(shí)機(jī)之后，曾紀(jì)澤無奈與沙俄簽署了新的條約。