曾國藩的軍事才能實(shí)在有限，對(duì)于捻軍他采用建立四鎮(zhèn)、駐扎四支重兵圍剿的方略，然而，捻軍騎兵迅速跳出包圍圈。在數(shù)次戰(zhàn)敗之后，晚清政府于9月6日命李鴻章率兵前往河南，主管河南、山西、陜西三省軍務(wù)。曾國藩對(duì)此極為反感，軍無二帥，地?zé)o二主。曾國藩要求李鴻章不要北上，李鴻章也在此時(shí)要求如果北上自己的兵力太少，劉銘傳、潘鼎新也要重回自己的帳下。

而這時(shí)，河南巡撫吳昌壽則要求曾國藩交出兵權(quán)，李鴻章迅速出擊要求吳昌壽交出兵權(quán)，最終1866年2月28日吳昌壽被免職。雖然湘淮共同努力打敗了豫軍統(tǒng)帥，但李鴻章和曾國藩在滅捻方略上的矛盾日漸加深。而曾國藩對(duì)自己的四鎮(zhèn)重點(diǎn)防御，重兵等待捻軍自動(dòng)跳入包圍圈的戰(zhàn)略非常自信。李鴻章則私下里挖苦曾國藩的戰(zhàn)略：“古有萬里長城，今有萬里長墻，不意秦始皇千年以后遇公等知音?！?/p>

盡管李鴻章表面上是在挖苦正在曾氏軍營聽調(diào)的淮將劉秉璋，但劉氏僅僅是執(zhí)行者，很顯然李是對(duì)自己口中的恩師曾國藩的不屑。

結(jié)果，豫軍不聽從曾國藩調(diào)遣，捻軍渡運(yùn)河成功。其后，曾國藩辭職，請(qǐng)調(diào)李鴻章、曾國荃主管剿滅東西捻的軍務(wù)。清廷于10月20日任命李鴻章為欽差大臣，而湖北巡撫曾國荃與總督官文不和，曾國荃病退。其后，李鴻章、左宗棠先后派出人馬剿捻。在此過程中，李鴻章的功勞最大，先后將東捻、西捻領(lǐng)袖殲滅。很大程度上，左宗棠在此間只是起到協(xié)助作用，因?yàn)樗闹饕Χ挤旁诹颂幚黻兏蕟栴}上了。

入陜以后，左宗棠第一個(gè)要面對(duì)的人就是董福祥。