當(dāng)時(shí)人們見(jiàn)到袁世凱上奏的謝恩奏折后都認(rèn)為他目無(wú)皇上，但卻不知袁世凱另有還寫(xiě)了一封感謝光緒帝的奏折，現(xiàn)將它也摘錄于下：

奏為叩謝天恩，恭折仰祈圣鑒事?！畛贾兄菹率浚淖R(shí)凡庸。浙水分巡，愧無(wú)墜露輕塵之報(bào)；畿疆陳臬，常懔素餐赤芾之譏。未建寸功，謬膺內(nèi)轉(zhuǎn)，一心兢業(yè)，五夜慚惶。茲復(fù)欽奉溫綸，祗承特簡(jiǎn)。率百工而興作，忝職司空；合六府以交修，兼綜圜法。凡此寵榮之疊被，懼怍搗昧所能勝。臣惟有趨詣闕廷，叩求訓(xùn)誨，仰聆天語(yǔ)，冀稍寬隕越之愆，俯勵(lì)冰心，當(dāng)奮黽從公之志。所有微臣感激下忱，謹(jǐn)繕折具陳，叩謝天恩。伏乞皇上圣鑒。

西太后這次垂簾聽(tīng)政，內(nèi)事依靠李蓮英，外事依靠榮祿，而李蓮英、榮祿都和袁世凱有著密切的關(guān)系，所以袁世凱日益受到西太后的賞識(shí)，他的權(quán)力也日益膨脹。這年冬天，山東義和拳暴亂，山東巡撫毓賢被御史彈劾，榮祿就說(shuō)袁世凱辦事符合機(jī)宜，可以被大用，保薦他出任山東巡撫。圣旨如下：

毓賢著來(lái)京陛見(jiàn)，山東巡撫著袁世凱署理，即行來(lái)京請(qǐng)訓(xùn)。欽此。

袁世凱從戊戌年的秋天至今，只不過(guò)剛滿(mǎn)一年，他就從臬司一直升到山東巡撫，可以說(shuō)是升遷飛速，但是在袁世凱自己看來(lái)還不是很滿(mǎn)意。袁世凱認(rèn)為自己操練新兵，煞費(fèi)苦心，一旦將新兵移交給他人，勢(shì)必會(huì)發(fā)生變化，那么自己多年的經(jīng)營(yíng)也就會(huì)化為烏有。西太后和榮祿也考慮到這一點(diǎn)，所以下令袁世凱來(lái)北京訓(xùn)練軍隊(duì)。當(dāng)時(shí)新建的陸軍并沒(méi)有派人訓(xùn)練，所以就想和袁世凱當(dāng)面商議人選。袁世凱被召見(jiàn)時(shí)，西太后問(wèn)，新建陸軍歸誰(shuí)統(tǒng)帥好呢？袁世凱將自己多年來(lái)如何操練將士、如何挑選武器裝備詳細(xì)說(shuō)明了一番，還說(shuō)：“這些都是清朝從來(lái)沒(méi)有過(guò)的事情，微臣訓(xùn)練的新軍雖不敢稱(chēng)為勁旅，但是所有的軍隊(duì)都可以和東西方各國(guó)相比。近來(lái)常有外國(guó)的軍官到微臣的軍隊(duì)中去看操練，他們也都嘖嘖稱(chēng)贊。清朝舊日的統(tǒng)兵大員，都不認(rèn)同微臣的訓(xùn)練方法，關(guān)于統(tǒng)帥陸軍的人選，我實(shí)在不敢輕易擬定。微臣的部下中雖然有一兩個(gè)精通訓(xùn)練士兵的人，但都還資歷淺薄，現(xiàn)在還難擔(dān)當(dāng)重任。如果沒(méi)有找到合適的將領(lǐng)，即使是有用的士兵，也是不管用的。微臣的多年心血固然無(wú)足輕重，但國(guó)家數(shù)百萬(wàn)的金錢(qián)，也更應(yīng)該加以珍惜?！痹绖P回奏完西太后，就前去拜見(jiàn)榮祿。對(duì)榮祿說(shuō)：“山東的土匪猖獗，又加上義和拳迷惑民眾，山東的形勢(shì)實(shí)在令人擔(dān)憂(yōu)呀。山東的軍事防御不堪一擊，都是些老弱病殘，如果朝廷能允許我將新建的陸軍帶往山東，既可以剿滅土匪，又可以隨時(shí)訓(xùn)練，著實(shí)是一舉兩得的好辦法。否則我實(shí)在不忍舍去這多年訓(xùn)練的軍隊(duì)，坐等著看它逐漸廢弛。我仍愿操練士兵，這么多年來(lái)我訓(xùn)練新兵有一些感悟，我想這些對(duì)于新軍的壯大是非常有好處的，如果中堂大人能看到我寫(xiě)的這部兵書(shū)，就能知道我所說(shuō)的這些具體情況了。”榮祿就將這些轉(zhuǎn)奏給了西太后，西太后下旨允許袁世凱帶著軍隊(duì)前往山東赴任，以方便軍隊(duì)訓(xùn)練。袁世凱既背負(fù)著開(kāi)疆守土的重大責(zé)任，又控制了兵符，這是一身兼任兩職。