直到1942年6月，由于無(wú)法查實(shí)這些人的抗日事實(shí)，日寇將他們分別判處緩刑，予以釋放。侯仁之以“以心傳心、抗日反日”的罪名被判處有期徒刑一年，緩刑三年，取保出獄。他前往天津岳父家中與家人團(tuán)聚，并見(jiàn)到了剛出生4個(gè)月的女兒，其時(shí)其情，永難忘記。

侯仁之在天津三年，邊在學(xué)校教書(shū)，邊繼續(xù)進(jìn)行學(xué)術(shù)研究，相繼寫(xiě)出了《天津史表長(zhǎng)編草例》、《北平金水河考》等論著。但是，根據(jù)洪業(yè)老師的囑咐，為了不被日寇利用，直到抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后才予以發(fā)表。同時(shí)，他仍然堅(jiān)持長(zhǎng)跑，保持強(qiáng)健的體魄以迎接勝利的到來(lái)。

1945年8月15日，日寇投降。三天后，剛被釋放的司徒雷登便召集洪業(yè)、侯仁之等5人開(kāi)會(huì)，決定馬上成立復(fù)校工作委員會(huì)。司徒雷登提出：原燕大的教職員工，凡是在淪陷期間喪失氣節(jié)、為日偽政權(quán)工作過(guò)的，一律不得參加復(fù)校工作。10月10日，燕大開(kāi)學(xué)典禮在大禮堂隆重舉行。未名湖畔鐘亭里的大鐘在沉寂了3年零10個(gè)月以后再一次敲響了。

1946年8月，侯仁之又開(kāi)始他的“長(zhǎng)跑”了──這次“跑”得遠(yuǎn)：前往英國(guó)利物浦大學(xué)，投師著名歷史地理學(xué)家達(dá)比教授門(mén)下。由此，他正式邁進(jìn)了現(xiàn)代歷史地理學(xué)的領(lǐng)域。三年以后，侯仁之的論文《北平的歷史地理》通過(guò)答辯，并獲得博士學(xué)位。

1949年，在新中國(guó)成立的前三天，侯仁之回到北京。10月1日，開(kāi)國(guó)大典在天安門(mén)廣場(chǎng)隆重舉行。侯仁之有幸與無(wú)數(shù)歡欣若狂的群眾一道經(jīng)歷了那空前的盛會(huì)。他親眼看到那些著名的革命領(lǐng)袖與社會(huì)各界的代表一同出現(xiàn)在天安門(mén)城樓上，親耳聽(tīng)到毛澤東莊嚴(yán)地大聲宣告：“中華人民共和國(guó)中央人民政府──成立了！”那一刻，他感到渾身熱血沸騰。

當(dāng)天晚上，侯仁之剛回到燕園，便被簇?fù)磉M(jìn)了大禮堂。他回憶道：

……燕京大學(xué)的人非要叫我做報(bào)告不可。在大禮堂，燈全都滅了，只有一個(gè)電燈照著我，叫我一個(gè)人站在臺(tái)上講。那么多群眾出來(lái)，那么多！你看過(guò)去受壓迫，受迫害，現(xiàn)在新中國(guó)成立了，大家多么高興！新中國(guó)剛剛成立我就回來(lái)了，我激動(dòng)極了！那天把我的感想在大禮堂講了，大家和我一樣激動(dòng)啊！