中美合作所的情報(bào)單位密切配合美國(guó)海軍的太平洋艦隊(duì)，及時(shí)提供氣象情報(bào)和日軍艦船調(diào)動(dòng)的情報(bào)；它所訓(xùn)練、裝備、指揮的游擊部隊(duì)，與中國(guó)東南沿海淪陷區(qū)的抗日武裝（有正規(guī)軍也有民間力量）協(xié)同開(kāi)展敵后游擊戰(zhàn)；在豫湘桂戰(zhàn)役中，破壞日軍交通線，掩護(hù)我方人員物資大撤退；在日本艦船出入的沿海港口布設(shè)大量水雷；營(yíng)救了許多降落在淪陷區(qū)的美軍飛行員；與陳納德率領(lǐng)的美國(guó)志愿援華航空隊(duì)（即“飛虎隊(duì)”）密切合作，不僅為飛虎隊(duì)提供氣象情報(bào)以及日本船舶準(zhǔn)確位置的情報(bào)，而且有效清除機(jī)場(chǎng)周?chē)娜毡鹃g諜及其電臺(tái)；在戰(zhàn)爭(zhēng)末期，由中美合作所訓(xùn)練和指揮的游擊部隊(duì)，探測(cè)并清除廣東、福建沿海各港口的爆炸物、障礙物；在日本天皇宣布投降后，迅速制伏企圖反抗的殘余日軍，為正規(guī)部隊(duì)接管城市港口掃清障礙。

美國(guó)海軍部對(duì)于中美合作所的活動(dòng)給予肯定，當(dāng)日本戰(zhàn)敗并已經(jīng)簽署了投降書(shū)之后，1945年9月13日，美國(guó)海軍在一次官方新聞發(fā)布會(huì)上，首次披露了一個(gè)“保守得最好的軍事秘密”：中美特種技術(shù)合作所，在美國(guó)太平洋艦隊(duì)徹底打擊日軍占領(lǐng)的島嶼、日本海軍及整個(gè)日本的過(guò)程中，作出了巨大的貢獻(xiàn)；如此成功來(lái)自中美兩國(guó)人民間自然而堅(jiān)固的友誼，及其抗擊共同敵人的堅(jiān)定決心；與美國(guó)設(shè)在中國(guó)的其他戰(zhàn)時(shí)機(jī)構(gòu)不同，中美合作所是一支中美兩國(guó)人員并肩生活、工作和作戰(zhàn)的親密無(wú)間的隊(duì)伍。