崇禎元年（1628年），崇禎采取剿撫并重的方式處置東南沿海的海盜集團。鄭芝龍接受了朝廷任命成為游擊將軍，其后成為副將。借助官家地位，鄭芝龍迅速將其他海盜勢力聚集在自己的身邊。

早在沒有接受招安前，鄭芝龍就擁有數(shù)百艘船只和十萬兵卒，被招安之后，勢力越來越大成為了“海上盟主”。其后，鄭芝龍幫助官軍擊敗荷蘭侵略軍，剿滅李魁奇、楊祿、楊策、褚綵老、鐘斌、劉香等海盜集團。在此期間，鄭芝龍的兩個兄弟鄭芝虎、鄭芝鵠相繼戰(zhàn)死。

鄭芝龍的官職也升為總兵官、前軍都督府帶俸右都督。由此，他壟斷了東南沿海的海外貿(mào)易。凡是與中國進行貿(mào)易、凡是在中國海軍能夠到達的地方，必須懸掛鄭芝龍的令旗。每年僅令旗的許可費就達千萬。鄭芝龍在1628年有船千艘，雖在招安后被裁撤數(shù)萬人，但仍有七萬人，戰(zhàn)斗力并未降低。

1633年7月7日，荷蘭軍隊突襲南澳，把總范汝耀重傷、17名軍士陣亡。7月12日突襲廈門，守將張永產(chǎn)在泉州購買軍事裝備，鄭芝龍率部在福寧剿匪。結果，政府軍5艘戰(zhàn)艦、鄭芝龍10艘戰(zhàn)艦被毀。其后，荷蘭軍撤退。荷蘭人又想進攻海登縣，知縣梁兆陽派人夜渡金門浯嶼偷襲料羅灣獲勝。從此，雙方處于半停戰(zhàn)狀態(tài)。

1633年9月22日崇禎皇帝下達戰(zhàn)爭總動員令，最終明政府與海盜聯(lián)軍大敗荷蘭與劉香的聯(lián)合艦隊，取得料羅灣海戰(zhàn)的勝利。自此，鄭芝龍成了海上霸主。

順治三年（1646年）鄭芝龍投降清朝，十八年（1661年）鄭芝龍被殺。

鄭芝龍是明朝海盜勢力的代表。鄭芝龍所代表的海盜商人與內陸地區(qū)的商人一起促進了明代商業(yè)經(jīng)濟的發(fā)展，從而使明政府對商人的態(tài)度從輕商轉變?yōu)橹厣?，直至南明時期的倚商。

明代中期之前，士農(nóng)工商的排序沒有太大變化。但中后期由于陸路、水路交通發(fā)達，貿(mào)易有了很大發(fā)展，國內經(jīng)濟日漸發(fā)達，以晉商、徽商為代表的“十大商幫”初步形成，商人也由沒有戶籍的百姓，變成了可以參加科考、享受政治權利的商籍百姓。甚至到了萬歷年間，形成了自己的利益代言人。