同年5月5日，國民黨在重慶召開國民黨第六次全國代表大會(huì)。19日，選舉國民黨新一屆中央委員。長期以來，孔祥熙的貪瀆名聲早已流傳在外，口碑甚壞，但是，孔是蔣的姻親，宋靄齡、宋美齡都“護(hù)孔”，蔣在財(cái)政上也要依賴孔，因此，外間雖反孔，而蔣介石卻常加維護(hù)。選舉中，孔祥熙和糧食部部長徐堪的票數(shù)都很低。后來選舉常委時(shí)，孔祥熙竟至落選。蔣介石感嘆地在日記中寫道：“其信望墜落至此，猶不知余往日維持之艱難也?？蓢@?！蓖?8日，六屆一中全會(huì)開幕，任務(wù)之一是解決行政院的改組問題。1938年1月，孔祥熙任行政院長，至1939年11月，蔣介石自兼行政院長，孔祥熙改任副院長。此后，社會(huì)“反孔”情緒更趨強(qiáng)烈，蔣介石不能不考慮“換馬”。六屆一中全會(huì)期間，蔣介石日記云：“為庸兄副院長職務(wù)亦甚煩惱，但為黨國計(jì)，不能不以公忘私也，苦痛極矣?！睆倪@一頁日記不難看出，蔣介石既想甩開孔祥熙而又難于決斷的矛盾心理。次日，蔣介石宣布，他本人和孔祥熙分別辭去行政院正副院長職務(wù)，改以宋子文、翁文灝充任。6月1日，蔣介石考察干部狀況，在日記中寫下了他對(duì)孔祥熙的考語：“（庸之）不能為黨國與革命前途著想，而徒為本身毀譽(yù)與名位是圖?！敝链耍紫槲醪粌H在政治上失勢(shì)，在蔣介石心目中的地位也很不堪了。

陳賡雅、傅斯年向參政會(huì)聯(lián)名揭發(fā)

國庫局的知情年輕人除了向國民政府秘密檢舉外，有些人又將所掌握的舞弊情況提供給國民參政會(huì)參政員陳賡雅。陳原任云南勸儲(chǔ)分會(huì)委員，兼主任干事，負(fù)責(zé)云南全省的美金公債推銷工作，熟悉情況。同年7月7日，國民參政會(huì)第四屆大會(huì)在重慶開會(huì)，陳賡雅根據(jù)所掌握的資料寫成提案，題為《請(qǐng)政府徹查三十一年度同盟勝利美金公債發(fā)行余額大舞弊嫌疑案》，該案揭發(fā)：國庫局局長呂咸“利用職權(quán)，公然將該項(xiàng)未售出之債票，一方逢迎上司，一方自圖私利，以致不可究詰，構(gòu)成侵蝕公款至美金一千一百五十萬余元巨額之舞弊行為嫌疑。該項(xiàng)債票市價(jià)因之狂漲，由二十元遞漲至數(shù)百元，刺激物價(jià)，擾亂金融，莫此為甚。”（國防最高委員會(huì)檔案，003/3202/7215，臺(tái)北中國國民黨黨史館藏）該案共提出三筆可疑賬款，其中最重要的一筆就是：呂咸“借推銷公債之名，簽呈中央銀行當(dāng)局，慫恿購買美債余額三百五十萬零四千二百六十美元”。這里所說的“中央銀行當(dāng)局”，指的就是孔祥熙。陳賡雅等提出，“如果舞弊屬實(shí)，國庫損失之巨，與官吏膽大妄為，可云罕見”，要求國民參政會(huì)送請(qǐng)政府“迅予徹查明確，依法懲處”。