拓跋云的長子元澄，字道鎮(zhèn)，從小愛好學(xué)習(xí)。任城王拓跋云死后，元澄在居喪期間以孝聞名。繼承王位后，被加封為征北大將軍。高祖孝文帝元宏時(shí)，柔然國進(jìn)犯邊境，任命元澄為使持節(jié)、都督北討諸軍事，率軍征討。柔然退走，又因氐羌反叛，任命元澄為都督梁益荊三州諸軍事、征南大將軍、梁州刺史。馮太后接見元澄，對(duì)他進(jìn)行了一番嚴(yán)厲的訓(xùn)誡，當(dāng)著他的面對(duì)中書令李沖說：“這小伙子意氣風(fēng)發(fā)，神態(tài)、談吐優(yōu)雅，一定會(huì)成為宗室的領(lǐng)袖。此行一定要讓他使我稱心如意。你記著，我對(duì)別人從不妄加評(píng)論?！绷褐葚底迩蹰L楊仲顯、婆羅、楊卜兄弟及符叱盤等人，自以為盤踞在邊遠(yuǎn)險(xiǎn)峻之地，世代占山為王。元澄抵達(dá)梁州后，依照他們的風(fēng)俗習(xí)慣，誘導(dǎo)他們歸順朝廷。向朝廷舉薦婆羅，任命楊仲顯為循城鎮(zhèn)副將、楊卜為廣業(yè)太守、符叱盤為固道鎮(zhèn)副將，其余頭目，各自量才錄用，歸順者賞，違抗者殺，于是仇泄地區(qū)風(fēng)平浪靜，西南安定。因此元澄被加封為侍中，賜給御衣一件、御馬一匹，以示表彰。
后來，元澄轉(zhuǎn)任征東大將軍、開府、徐州刺史，很有政績，聲望日高。入京朝見時(shí)，孝文帝在皇信堂召見了他。孝文帝問元澄：“昔時(shí)鄭國的子產(chǎn)鑄刑書，而晉國的叔向頗有非議。這二人都是賢士，究竟誰對(duì)誰錯(cuò)？”元澄答道：“鄭國弱小，受到強(qiáng)大鄰國的威脅，民心的背向，不借助刑罰就無法控制，所以鑄刑書以顯示威嚴(yán)。雖然背離古制，卻符合當(dāng)時(shí)的政治需要，因此就順時(shí)濟(jì)世而言，子產(chǎn)是對(duì)的。叔向?qū)Υ说闹S刺非議，表示他不忘古制，可以與他論道，卻不能與他討論權(quán)變之術(shù)?！毙⑽牡壅f：“你是想當(dāng)咱們魏國的子產(chǎn)嘍?！痹握f：“子產(chǎn)順應(yīng)時(shí)代潮流，名垂青史。臣目光短淺，庸碌無能，怎敢與子產(chǎn)相提并論。如今陛下以四海為家，廣宣道德教化以安撫天下，但長江以南尚被敵國占據(jù)，天下還未統(tǒng)一，亂世之民，易被威勢(shì)懾服，難用禮制治理。臣愚蠢地認(rèn)為，子產(chǎn)的方法還是應(yīng)暫時(shí)采用，統(tǒng)一天下之后，再從根本上用道德禮樂教化百姓?！毙⑽牡郛?dāng)時(shí)正在考慮改革，對(duì)元澄的回答深為贊許，笑著說：“非任城王不識(shí)變化發(fā)展的大體。朕正要改革國家體制，當(dāng)與你共創(chuàng)這萬世的功業(yè)。”
后來，元澄升任中書令，又改任尚書令。南齊武帝蕭賾派庾蓽出使北魏，庾蓽見元澄聲音洪亮，談吐優(yōu)雅，風(fēng)姿秀逸，對(duì)主客郎張彝說：“往日魏國的任城王以勇武著稱，今日的任城王則以風(fēng)度氣質(zhì)取勝。”當(dāng)時(shí)，孝文帝曾下詔，在皇信堂宴請(qǐng)四座皇家祖廟的子孫，不按爵位官品，而是按輩分年齡的大小確定座次，互相間只行家人之禮。孝文帝說：“行禮已畢，想要宗室兄弟各言其志，大家可以盡情地賦詩言志?！碧孛巫髌哐赃B韻體詩，與孝文帝你來我往相互唱和，以比個(gè)輸贏，大家玩得極為盡興，至深夜才散。
不久，孝文帝以征討南齊為名，意在商議遷都之事，召集群臣在明堂左室齋戒，命太常卿王諶親自占卜，卜問南征之事，得到“革”卦。孝文帝說：“這是湯武革命，應(yīng)天命順人心之卦。”群臣都不敢開口。元澄挺身而出，說道：“《周易》說，革，是變更的意思。預(yù)示變革君臣之道的應(yīng)天命順人心，所以商湯、周武王得到這個(gè)卦象是大吉大利。陛下君臨天下，繼承弘揚(yáng)先代的業(yè)績，如今既是占卜征伐，得到的卦象只說明可以討伐敵人，并不意味著改革可以取得成功。這并非預(yù)示統(tǒng)治穩(wěn)固的卦象，不能算十分吉利?！毙⑽牡蹍柭曊f道：“《象辭》說：‘大人虎變’，怎么能說不吉利！”元澄說：“陛下登基已久，怎么才像老虎一樣脫胎變骨呢！”孝文帝勃然大怒：“國家，是我的國家，任城王你想蠱惑人心嗎？”元澄說：“國家確實(shí)是陛下的國家，然而我是國家的大臣，參與重大決策，怎敢不盡心竭力?！毙⑽牡垆J意革新，志在必行，對(duì)元澄的言論大為不滿，過了很久怒氣方消，說道：“各言其志，也沒什么不好。”回宮之后，馬上召見元澄。元澄還未登上臺(tái)階，隔著很遠(yuǎn)孝文帝便說：“剛才‘革卦’的事，現(xiàn)在還想與你辯論。我在明堂上發(fā)怒，是怕大家齊聲附和，阻礙我的改革大計(jì)，所以疾言厲色以震懾群臣，你應(yīng)該了解朕的用意。”于是擯退左右，對(duì)元澄說：“朕知道今天要做的這件事，確實(shí)很不容易。我國興起于北方，遷都平城之后，雖幅員遼闊，但遠(yuǎn)未統(tǒng)一天下，平城只適合指揮征戰(zhàn)，并不利于推行文治，要移風(fēng)易俗實(shí)行政治文化體制的改革，確實(shí)非常困難。崤函、河洛之地，才是真正的帝王之都，因此我才打算大舉南遷，遷都中原，你認(rèn)為如何？”元澄說：“伊、洛地處中原，均為天下必爭(zhēng)之地，陛下統(tǒng)治華夏，蕩平九夷，人民得知陛下遷都中原，定會(huì)大加慶賀?！毙⑽牡壅f：“北方人留戀故土，忽然得知將要南遷，不能不驚恐騷動(dòng)?！痹握f：“這既是非同尋常之事，當(dāng)然不會(huì)被常人所理解，只要陛下作出決斷，他們又能怎么辦。”孝文帝說：“任城王，你就是我的張子房?！庇谑羌臃庠螢閾彳姶髮④?、太子少保，兼尚書左仆射。孝文帝駕臨洛陽，作出遷都的決定，下詔說：“遷都之事，必須征求大家的意見。當(dāng)派任城王返回平城，征詢文武百官的意見，討論可否施行。近日討論過‘革’，今天才真稱得上是‘革’哩，任城王你可要勉力而行?！痹位氐狡匠侵?，眾人聽了遷都的詔書，莫不驚駭異常。元澄談古論今，引經(jīng)據(jù)典，徐徐開導(dǎo)，眾人才疑云漸消，茅塞頓開。于是元澄南馳回報(bào)孝文帝，在滑臺(tái)與孝文帝相遇。孝文帝大喜道：“要不是任城王，朕的事業(yè)就不能成功。”元澄跟隨孝文帝抵達(dá)鄴宮，被任命為吏部尚書。
孝文帝抵達(dá)平城后，繼續(xù)向北巡視，留元澄在平城考核舊有官吏。當(dāng)初，北魏自公、侯以下至于候補(bǔ)官員的總?cè)藬?shù)，數(shù)以萬計(jì)，冗員充斥，無所事事。元澄按照品德才干將官吏分為三等，考核他們的優(yōu)劣，量才任用，大家都毫無怨言。孝文帝回到洛陽后，命元澄兼任尚書右仆射。
孝文帝抵達(dá)北邙后，駕臨洪池，命元澄與他同乘龍舟，賦詩抒懷。孝文帝說：“朕昨夜夢(mèng)見一老翁，鬢發(fā)雪白，正冠整衣，拜立路旁。朕十分奇怪，問他是什么人，他自稱是晉朝侍中嵇紹，在此迎候。神色局促不安，似有所求?！痹未鸬溃骸皶x末大亂，嵇紹以身衛(wèi)主，死在皇帝身旁，是晉朝的忠臣；比干遭逢兇殘暴虐的商紂，因忠心進(jìn)諫而被開胸剖心，可謂商朝的賢士。二人都是為國盡忠而死，墳?zāi)苟荚诒菹侣愤^的地方。然而陛下前往鏶洛路經(jīng)殷墟時(shí)，憑吊祭祀了比干，到了洛陽之后，卻忘記去憑吊嵇紹，當(dāng)是嵇紹希望陛下的恩典而托夢(mèng)給陛下?！毙⑽牡壅f：“朕有什么德行，居然能在冥冥之中感動(dòng)賢達(dá)人士。然而就追禮先賢、弘揚(yáng)忠義而言，比干、嵇紹都是古時(shí)的忠臣義士，而朕卻厚待比干，忽略了嵇紹，心中確實(shí)有愧。既然做了此夢(mèng)，大概正如你所言?！庇谑菍ぴL嵇紹的墳?zāi)?，派人前去憑吊祭祀。
蕭鸞殺死蕭昭業(yè)自立為帝后，南齊雍州刺史曹虎請(qǐng)求投降北魏，獻(xiàn)出襄陽城。孝文帝調(diào)兵遣將，準(zhǔn)備親率大軍南征?？稍ブ萦稚蠄?bào)朝廷，說曹虎接洽投降的使節(jié)沒有再來。孝文帝召集元澄及咸陽王元禧、彭城王元勰、司徒馮誕、司空穆亮、鎮(zhèn)南將軍李沖等人，商討對(duì)策。孝文帝說：“得到邊境州縣的報(bào)告，說襄陽請(qǐng)求歸降，所以朕準(zhǔn)備進(jìn)軍江、沔，大造聲勢(shì)，加以接應(yīng)。如今又報(bào)告說，這件事沒了下文，大軍是行還是留，究竟如何？”元禧等人有的主張應(yīng)該繼續(xù)進(jìn)軍，有的認(rèn)為應(yīng)停止進(jìn)軍。孝文帝說：“眾說紛紜，意見不一，朕不知聽誰的才好。若要詳盡闡述行、留的利弊得失，使之言之成理令人信服，應(yīng)分為正、反兩方，互相辯駁。任城王元澄與鎮(zhèn)南將軍李沖陳述停止進(jìn)軍的理由，朕論述繼續(xù)進(jìn)軍的道理，諸位坐在一邊判斷得失，看誰說得更為有理，就聽誰的?！庇谑切⑽牡壅f：“二位賢臣，請(qǐng)陳述停止進(jìn)軍的理由吧?！崩顩_說道：“臣等認(rèn)為，遷都時(shí)間過短，人心思安，而內(nèi)應(yīng)曹虎的情況不明，不宜輕舉妄動(dòng)?！毙⑽牡壅f：“襄陽歸順之事，不知是虛是實(shí)。朕也知道剛剛經(jīng)過遷徙的民眾，不宜服勞役。如果曹虎投降是真，自應(yīng)乘民心歸附之機(jī)，遠(yuǎn)可進(jìn)逼會(huì)稽，近可平定長江以北地區(qū)。如果曹虎投降是假，朕也可巡視江淮地區(qū)，訪問民間疾苦，使那里的百姓感受到君主的關(guān)懷，怎能因其投降是假而吝惜這一舉動(dòng)？如果曹虎歸順是真，我們停止不前不加接應(yīng)安撫，無異會(huì)斷絕歸順之心，破壞朕統(tǒng)一天下的大計(jì)?！痹握f：“如果歸降是真，應(yīng)送來人質(zhì)。而曹虎的使節(jié)一去之后，竟毫無音訊，可見其中有詐。如今自平城南遷的民眾，人人懷念故土，他們扶老攜幼，剛剛來到洛陽，棲身無所，家無擔(dān)石之糧，讓他們懷著怨苦出征，含著眼淚戰(zhàn)斗，恐怕不是獲勝之師。如今國家剛剛安定，春耕即將開始，正是百姓興建家園之日，農(nóng)夫努力耕作之時(shí)，應(yīng)減輕民眾的戰(zhàn)爭(zhēng)負(fù)擔(dān)，以造福百姓。而且聲援曹虎的部隊(duì)已經(jīng)出發(fā)，并非未作接應(yīng)。如果曹虎投降是真，出動(dòng)的兵力足以應(yīng)付，等到平定了襄、沔，再圣駕親征不遲。如今憑空出動(dòng)大軍，若勞而無功，恐怕會(huì)損害陛下的天威，徒增敵國的聲勢(shì)，愿陛下上觀盤庚遷都初期的艱難，下吟詩人《由庚》的至真詠嘆，安定新都，造福億萬黎民百姓。”而司空穆亮認(rèn)為應(yīng)繼續(xù)進(jìn)軍，其余的公卿大臣也都一致贊同。元澄對(duì)穆亮說：“你在外面看見大軍整裝待發(fā)，面有憂色，平時(shí)的言論也是不希望大軍南征的，為什么當(dāng)著陛下的面卻說出這樣的話。當(dāng)面一套，背后一套，有欺君諂媚之嫌，不是討論問題應(yīng)有的態(tài)度，更有失國家大臣的風(fēng)范，此行若有不測(cè)，你們這些諂媚之臣難逃其責(zé)?！崩顩_說：“任城王可謂忠于社稷，他的話應(yīng)引起陛下的深思。臣等在朝外都對(duì)南征深懷憂慮，因?yàn)榈匚毁F賤的不同，看法也會(huì)不同，愿陛下作出最后的裁決?！毙⑽牡壅f：“任城王剛才因?yàn)楣浯蟪级几胶想薜闹鲝?，而發(fā)了這一番議論。不贊成朕的，并不一定都忠心耿耿而能洞察國家的安危。小忠是大忠的敵人，不就是像這樣嗎？”元澄說：“臣愚昧昏庸，不識(shí)大理，所說的一切雖屬小忠，但確實(shí)是竭忠盡智，不知道究竟什么才算是大忠？”孝文帝說：“任城王大概是想擔(dān)當(dāng)宰輔的重任，因而才要使自己具有大忠吧?！痹握f：“臣并非宰輔之才，且缺乏宰輔所需的智慧，若能濫竽充數(shù)身居宰輔之位，定會(huì)在其位而謀其政，鞠躬盡瘁。”孝文帝大笑。元澄又對(duì)穆亮說：“昔日汲黯曾在漢武帝面前指責(zé)公孫吃小米飯、蓋粗布被子，是欺世盜名。于是公孫自愿位居汲黯之下，以示謙讓。漢武帝因此感嘆汲黯忠誠至極、公孫是忠厚長者，二人都被稱為賢士。您既然具有與昔人同樣的品德，但愿能想起漢武帝稱贊公孫為長者的話?！毙⑽牡坌χf：“任城王想要自比為汲黯吧。話說的雖然在理，但還不知道得失究竟如何，怎么便先向司空謝起罪來了呢?！庇谑切⑽牡郾阌H率大軍南征。
按五等爵位分封土地之后，元澄食邑一千戶。元澄跟隨孝文帝南征大軍抵達(dá)懸瓠后，因病重返回洛陽。孝文帝在汝氵賁為他餞行，君臣二人賦詩而別。孝文帝返回京城洛陽后，在清徽堂召見王公大臣。孝文帝說：“清徽堂建成以來，還未與王公大臣在此舉行過宴會(huì)。東閣的廊廡廳堂已基本修建完畢，所以今天朕與大家要無高不登、無小不入?！庇谑莵淼搅骰?。孝文帝說：“這彎曲的水流也有它的含義，取天道曲成、萬物無滯之意。”隨后到了洗煩池。孝文帝說：“此池中也有好魚?！痹蔚溃骸罢^‘魚在藻，有頒其首’?！毙⑽牡壅f：“不如說‘王在靈沼，于禼魚躍’?！比缓髞淼接^德殿。孝文帝說：“由射箭可以觀察人的品德，所以命名為‘觀德殿’?！彪S后又去了凝閑堂。孝文帝說：“名字要有意義，這是取夫子閑居之義。不可以放縱奢侈而忘掉節(jié)儉，處身安樂而忘掉危險(xiǎn)，所以在此堂后面興建了茅茨堂?！庇謱?duì)李沖說：“東面的叫步元廡，西面的叫游凱廡。這凝閑堂中雖無唐堯那樣的君主，你們卻無愧于元、凱。”李沖答道：“臣等既然遇到了唐堯那樣的賢明君主，自然不敢推辭與元、凱相提并論的榮譽(yù)。”孝文帝說：“夕陽西下，天色已晚，皇族宗室自然留宴宮中，卿等就要離去，為什么沉默不語，一言不發(fā)？”于是命黃門侍郎崔光、郭祚，通直郎邢巒、崔休等人賦詩言志。掌燈之后，公卿大臣告退。李沖再三拜別，并祝孝文帝萬壽無疆。孝文帝說：“你剛剛因掌燈已拜辭過了，又祝朕萬壽無疆，朕用《南山》這首詩來回報(bào)吧?！毙⑽牡壅f：“宮中掌燈，外臣告退，這是庶姓的禮節(jié)；在宮中設(shè)夜宴款待皇親國戚，則是盡宗族之義。你們回去吧，朕要與諸王宗室乘興夜飲?！?br />
元澄又曾隨孝文帝巡視鄴城，回到洛陽后，因隨同出巡有功，增加食邑五百戶。后因公事被免去官職，不久兼任吏部尚書。恒州刺史穆泰在恒州謀反，推舉朔州刺史、陽平王元頤為盟主。元頤向朝廷密報(bào)穆泰的罪狀。孝文帝在凝閑堂召見元澄，說道：“剛剛得到陽平王的報(bào)告，穆泰圖謀不軌，引誘皇族宗室叛亂。如果真是這樣，遷都剛剛不久，北方人留戀故土，南北之間動(dòng)蕩紛擾，朕在洛陽就不能立足了。處理此事非你莫屬，可為朕帶病去北方一趟。如果他們力量薄弱，就直接加以擒獲、鏟除；如果他們勢(shì)力強(qiáng)大，可代朕征發(fā)并、肆二州的兵馬加以剿滅。朕雖然知道你正在患病，既然是國家大事，當(dāng)然義不容辭?！痹握f：“穆泰等人愚昧昏憒，只因留戀故土，才有此一舉，并無深謀遠(yuǎn)慮。臣雖怯懦無能，但足以對(duì)付他們，雖身患疾病，豈敢推辭！定當(dāng)盡心竭力，死而后已，愿陛下不要憂慮?！毙⑽牡坌Φ溃骸叭纬峭蹩先ヒ惶耍捱€有什么可憂慮的呢？”于是賜給元澄節(jié)杖、銅制虎符、竹使符及皇帝的儀仗與御前侍衛(wèi)，任命元澄為行恒州事。元澄行至雁門，雁門太守深夜報(bào)告說，穆泰已率領(lǐng)部眾向西投奔陽平王去了，恒州城下只剩下一堆弓箭甲仗。元澄聞?dòng)崳忝罴铀偾斑M(jìn)。當(dāng)時(shí)，右丞孟斌說：“事態(tài)的發(fā)展難以預(yù)料，應(yīng)遵照陛下的吩咐，征調(diào)并、肆二州的軍隊(duì)，然后再徐徐推進(jìn)?！痹握f：“穆泰既然舉兵謀反，理應(yīng)據(jù)守堅(jiān)城，而如今卻去迎接陽平王，從他的所做所為推測(cè)，似乎力量薄弱。穆泰既然沒有公開舉兵抗拒朝廷，我們無故征調(diào)大軍，并不合適。只要迅速前往鎮(zhèn)壓，民心自會(huì)安定。”于是加緊趕路，以出其不意，攻其無備。又派治書侍御史李煥先行一步，一到平城便擒獲了穆泰，人心安定、平靜。追查穆泰的黨羽，將其一網(wǎng)打盡，鉅鹿公陸睿、安樂侯元隆等一百多人全都被捕入獄。元澄將整個(gè)過程上奏朝廷，孝文帝看了奏章極為高興，召集公卿以下文武百官，讓他們傳閱元澄的奏章，說道：“朕的任城王堪稱是國家棟梁之臣，看他審理罪案，就是皋陶斷案，又豈能超過他?！鞭D(zhuǎn)過頭對(duì)咸陽王等人說：“你們?nèi)绻懋?dāng)此任，就辦不成這個(gè)樣子?！辈痪?，孝文帝抵達(dá)平城，慰勞元澄說：“任城王此行，深孚重望?！痹未鸬溃骸氨菹峦?zhèn)四方，罪犯無處逃避，臣何功之有?！毙⑽牡蹖弳栕锓笗r(shí)，并無一人喊冤，世人莫不贊嘆元澄的明察秋毫。孝文帝回過頭，對(duì)左右的人說：“昔日孔子說：‘審理訴訟，我與別人差不多，一定要使訴訟完全消滅才好?！欢ト藢徖戆讣?，大概非平常人可比，完全消滅訴訟，朕今天算是看到了?！庇谑侨蚊螢樯袝?。
孝文帝再次率軍南征，命元澄留守洛陽，兼任右仆射。元澄上書朝廷，請(qǐng)求捐獻(xiàn)封地內(nèi)一年的租稅布帛作為軍用物資，孝文帝下詔表示只接受一半。孝文帝抵達(dá)鄴城時(shí)，正逢高車、樹者部落叛亂，孝文帝準(zhǔn)備親率大軍征討，元澄上書勸阻御駕親征，剛好江陽王元繼平息了叛亂，孝文帝才未成行。孝文帝返回洛陽后，召見公卿大臣，說道：“治國之本，禮教是首位的。朕離開京城以來，禮教的推行是否天天都有進(jìn)展？”元澄答道：“臣認(rèn)為是天天都有進(jìn)展?！毙⑽牡壅f：“朕昨日入城，看見車上的婦女仍頭戴帽子、身穿小襖，出現(xiàn)這樣的情況，尚書為什么不糾察？”元澄說：“穿鮮卑服裝的還是少于不穿的?！毙⑽牡壅f：“真是奇怪！任城王想讓全部的人都穿上鮮卑服裝嗎？一句話可以讓國家滅亡，難道說的不就是這種情況嗎？可命史官將這件事載入史冊(cè)?！庇终f道：“君主不能期望天降輔佐之臣，都是選拔人才加以任用。朕在選拔人才時(shí)犯了錯(cuò)誤，任用了一批具有婦人之見的人擔(dān)當(dāng)重任，應(yīng)當(dāng)重新選拔才行。任城王任職，是建立天下的法度呢，還是僅僅應(yīng)付各種事務(wù)而已？”元澄答道：“臣只是處理事務(wù)而已。”孝文帝說：“如果是這樣，要一位令、史級(jí)的官員就足夠了，還要你任城王干什么呢？”又說道：“我派舍人宣讀的詔書的內(nèi)容，為什么要讓小人知道？”元澄答道：“世上雖有能干的官吏，但與文告相比，他們的作用還差得遠(yuǎn)?！毙⑽牡壅f：“遠(yuǎn)了則不知道，知道了就不算遠(yuǎn)。既然知道了詔書的內(nèi)容，其中的道理也就明白了。”于是留守洛陽的大臣們?nèi)颊鹿倜?，向孝文帝謝罪。不久，任命元澄為尚書右仆射。
南齊皇帝蕭寶卷派太尉陳顯達(dá)率軍入侵漢水以北地區(qū)。當(dāng)時(shí)孝文帝患病在身，在清徽堂召見元澄，下詔說：“陳顯達(dá)侵?jǐn)_邊境，沔陽地區(qū)動(dòng)蕩不安，朕不親率大軍征討，就無法消除賊患。朕患病已達(dá)一年之久，氣力疲憊困乏，如有意外，一切由任城王作主。這段時(shí)間任城王必須跟隨朕的左右?！痹瓮纯蘖魈榈卣f：“臣定當(dāng)竭盡全力輔佐陛下，以死相報(bào)?！庇谑请S從孝文帝南征。孝文帝駕崩，元澄受命輔政。
世宗宣武帝元恪即位之初，有個(gè)南齊投降北魏的名叫嚴(yán)叔懋的人，控告尚書令王肅派孔思達(dá)暗中勾結(jié)蕭寶卷，陰謀叛亂，說蕭寶卷派俞公喜送信給王肅，俞公喜南歸時(shí)，王肅還讓他帶回南齊豫州刺史裴叔業(yè)的坐騎作為信物。元澄對(duì)此深信不疑，于是上書指控王肅謀反，立刻下令囚禁王肅。結(jié)果咸陽王、北海王聯(lián)名上書，彈劾元澄擅自囚禁宰輔首相，于是元澄被免除官職，歸家閑居。
不久，任命元澄為平西將軍、梁州刺史。元澄以母親年邁為由加以拒絕。朝廷又任命元澄為安東將軍、相州刺史，又被元澄堅(jiān)決拒絕。朝廷只好改授他為安西將軍、雍州刺史。不久，調(diào)他前去主持秋季軍事演習(xí)。任命他為都督淮南諸軍事、鎮(zhèn)南大將軍、開府、揚(yáng)州刺史。到任之后，修整孫叔敖的墳?zāi)?，搗毀了蔣子文的廟。頻頻上書請(qǐng)求南征，宣武帝元恪卻不允許。元澄又以母親年邁為由，請(qǐng)求解除揚(yáng)州刺史的職務(wù)，然而辭呈卻被壓下，并未上報(bào)皇帝。不久，加授元澄為散騎常侍。
南梁將領(lǐng)張囂之攻陷北魏夷陵戍，元澄派輔國將軍成興率步騎兵前往征討，大破南梁軍，收復(fù)夷陵戍，張囂之逃走。元澄又派長風(fēng)守將奇道顯攻打南梁的陰山戍，攻破陰山戍，斬南梁守將龍?bào)J將軍、都亭侯梅興祖。隨機(jī)又攻克白槁戍，斬守將寧朔將軍、關(guān)內(nèi)侯吳道爽。元澄上表說：“梁武帝蕭衍頻頻封鎖東關(guān)，想讓巢湖之水泛濫。巢湖方圓四百余里，東關(guān)與長江相距不過數(shù)十步，若敵人的陰謀得逞，湖水泛濫，則淮南地區(qū)的邊防堡壘定會(huì)像春秋時(shí)的晉陽城一樣，成為水島澤國。而且吳楚地區(qū)水路交通便利，南梁軍一面水灌一面艦攻，則淮南地區(qū)將不再屬于我國所有。壽陽距長江五百余里，現(xiàn)已人心惶惶，深恐遭受水淹之災(zāi)。若順從民眾的心愿，趁敵人毫無防備時(shí)發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，預(yù)先命令各州調(diào)集兵馬，在初秋時(shí)大規(guī)模集結(jié)軍隊(duì)，那么南方的河流就會(huì)成為我們飲馬的渡口，霍嶺定會(huì)成為我們流連忘返的游玩之所，行事貴在隨機(jī)應(yīng)變，各項(xiàng)工作須及早進(jìn)行。即使達(dá)不到統(tǒng)一天下的目的，至少可以確保長江以西地區(qū)的安全。若猶豫拖延，不及時(shí)征討，敵人布好防線，決堤放水，平原地區(qū)的軍民定會(huì)成為水中的魚鱉。”于是宣武帝下詔，征發(fā)冀、定、瀛、相、并、濟(jì)六州的二萬士兵、一千五百匹戰(zhàn)馬，命令他們于中秋節(jié)齊集淮南地區(qū)，連同壽陽已有的三萬兵馬，全部歸元澄指揮。
先前，朝中的輿論已有南征之意，于是朝廷任命蕭寶夤為東揚(yáng)州刺史，據(jù)守東城，任命陳伯之為江州刺史，駐守陽石，命元澄總督二鎮(zhèn)，節(jié)制蕭、陳二人。至此，北魏開始出兵南征。因?yàn)闁|關(guān)是水路要沖，大峴地勢(shì)險(xiǎn)要，若從東關(guān)決堤放水，則陽石、合肥首當(dāng)其沖；若不占領(lǐng)大峴，則歷陽可據(jù)險(xiǎn)固守以待援軍；淮陵是陸路樞紐，九山是水路樞紐，都應(yīng)搶先控制。于是元澄派統(tǒng)軍傅豎眼、王神念等進(jìn)擊大峴、東關(guān)、九山、淮陵，分別部署諸將，日夜兼程搶占各自的目標(biāo)，而自己則統(tǒng)率大軍主力相繼進(jìn)發(fā)。王神念連克關(guān)要、潁川二城，斬南梁軍守將費(fèi)尼。而南梁的寧朔將軍韋惠、龍?bào)J將軍李伯由仍固守大峴。元澄派統(tǒng)軍黨法宗、傅豎眼等率軍攻克大峴，進(jìn)圍白塔、牽城，數(shù)日之間，守軍潰散。南梁清溪戍守軍也望風(fēng)而逃。南梁徐州刺史司馬明素率三千人馬馳援九山；徐州長史潘伯鄰增援淮陵；寧朔將軍王燮據(jù)險(xiǎn)固守焦城。黨法宗進(jìn)克焦城，攻破淮陵，生擒司馬明素，斬殺潘伯鄰。南梁濟(jì)陰太守王厚強(qiáng)、廬江太守裴邃隨即棄城潰逃。宣武帝下詔給元澄說：“將軍文德內(nèi)顯，武功外揚(yáng)，奮力施展鴻圖偉略，將蕩平長江流域、吳越地區(qū)。大旗剛剛舒展，敵人便聞風(fēng)喪膽，勁旅剛剛奔馳，便席卷了東關(guān)。料想江湖風(fēng)平浪靜，只在旦夕之間。所送被俘的敵軍將領(lǐng)一事，大家都已知曉。”
先前，元澄率大軍出征之后，南梁將領(lǐng)姜慶真向壽陽發(fā)動(dòng)襲擊，攻占?jí)坳柾獬?，齊王蕭寶夤將其擊退。長史韋纘因此被撤職，元澄因領(lǐng)兵在外，沒有受到牽連，于是率軍進(jìn)攻鐘離。宣武帝元恪下詔說：“鐘離如果絕糧，三月份以前本可攻克。若到了四月，淮河水位上漲，舟船暢通無阻，就應(yīng)對(duì)此妥善考慮了。先前取得的勝利，全靠將軍指揮有方，然而怎能戰(zhàn)無不勝？如果因?yàn)樗畡?shì)盛大難以進(jìn)取，也可施行萬全之策，不要貪利冒進(jìn)以致一事無成，追悔莫及?！蹦狭汗谲妼④姀埢萁B、游擊將軍殷暹、驍騎將軍趙景悅、龍?bào)J將軍張景仁等率兵五千，向鐘離運(yùn)送糧食。元澄派統(tǒng)軍王足、劉思祖等截?fù)魪埢萁B等人所率援軍，大破南梁軍，生擒張惠紹、殷暹、張景仁及其屯騎校尉史文淵等二十七位將領(lǐng)。隨后遇到大雨，淮河河水暴漲，元澄率領(lǐng)大軍撤回壽春。撤退時(shí)狼狽不堪，損失兵力四千余人。元澄頻頻上書，請(qǐng)求解除揚(yáng)州刺史的職務(wù)，宣武帝沒有答應(yīng)。有關(guān)部門指責(zé)元澄指揮不當(dāng)，致使大軍在撤退途中迷路，于是將元澄免去開府，連降三級(jí)。其時(shí)，梁武帝蕭衍遣送被俘的北魏將士，請(qǐng)求換回張惠紹。元澄奏請(qǐng)朝廷加以拒絕，宣武帝元恪下詔，將此事交由八座會(huì)議商議。尚書令、廣陽王元嘉等人奏請(qǐng)應(yīng)予放還，于是宣武帝下詔允許張惠紹南返。后來，張惠紹果然再次率軍侵犯北魏邊疆。
朝廷改授元澄為鎮(zhèn)北大將軍、定州刺史。當(dāng)初，定州民間有許多苛捐雜稅，百姓苦不堪言，先后幾任刺史均無法免除，元澄則多方減免百姓的捐稅負(fù)擔(dān)，得到定州民眾的衷心擁戴。同時(shí)元澄又公布升降賞罰的施行辦法；上表朝廷減少官府園林的占地面積，將所得土地分給無地的貧苦農(nóng)民；禁止用布絹制作衣服以外的其他物品。元澄的母親孟太妃逝世，在守喪期間元澄哀傷過度，損害了身體健康，世人對(duì)此十分贊嘆。服喪期滿后，元澄被任命為太子太保。
當(dāng)時(shí)，高肇把持朝政，猜忌賢能的皇族成員。元澄被高肇誣陷中傷，?？中悦y保，于是整日都喝得昏天黑地，以顯示自己的頹廢消沉、委靡不振。所作所為驚世駭俗，當(dāng)時(shí)都稱他為狂人。
世宗宣武帝元恪深夜駕崩，事情發(fā)生得十分倉猝，高肇?fù)肀谕?，肅宗孝明帝元詡年齡幼小，朝野深為不安。元澄當(dāng)時(shí)雖遭排斥而沒有參預(yù)國家機(jī)要，但在朝中仍是眾望所歸，領(lǐng)軍于忠、侍中崔光等人保舉元澄為尚書令，于是眾人心悅誠服。又加封元澄為散騎常侍、驃騎大將軍，不久升任司空，加授侍中，隨即又下詔命他兼任尚書令。
元澄獻(xiàn)上《皇誥宗制》與《訓(xùn)詁》各一卷，想讓皇太后御覽，起到勸誡的作用。又上奏利國救民所應(yīng)倡導(dǎo)、推行的十條措施：第一條，度、量、衡的計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)，官府與民間有所不同，應(yīng)該統(tǒng)一；第二條，應(yīng)興辦學(xué)校，以宣傳升降賞罰的規(guī)章制度；第三條，應(yīng)恢復(fù)、延續(xù)已遭覆滅命運(yùn)的名門望族的香火，各自推薦遇到的賢才；第四條，五種捐稅之外，不應(yīng)再向百姓加收任何一種捐稅；百姓服勞役，不要超過三日；第五條，直接管理百姓的地方官吏，都必須按照政績加以升降任免，以示賞罰分明；第六條，因躲避賦稅徭役而逃亡的百姓，若年代已久，且非從事技術(shù)性工作的，聽任他們?cè)谔油龅鼐幼?；第七條，邊防士兵開小差逃跑的，或確實(shí)被俘失蹤的，必須一律加以細(xì)致地核實(shí)；三長及士兵的近親若隱瞞實(shí)情，隱藏不報(bào)，則征調(diào)其代服兵役；若無隱瞞，則不加追究；第八條，世代從事工商業(yè)的民戶，還要向他們征收田租與以紡織品為內(nèi)容的戶調(diào)，他們已不堪負(fù)擔(dān)，如今請(qǐng)求免征他們的租、調(diào)，使他們能夠?qū)Ｐ膹氖伦约旱男袠I(yè)；第九條，三長維護(hù)治安不得使轄區(qū)范圍交叉重疊，戶口數(shù)目不滿的轄區(qū)，就近與相鄰的轄區(qū)合并；第十條，羽林、虎賁等禁衛(wèi)軍在邊境爆發(fā)戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)，可暫時(shí)調(diào)他們參加戰(zhàn)斗，其禁衛(wèi)任務(wù)應(yīng)派蕃兵代理。胡太后將元澄的建議交付文武百官討論，有的通過了，有的則被否決。
當(dāng)時(shí)，四位中郎將所統(tǒng)轄的軍隊(duì)人數(shù)很少，不足以擔(dān)負(fù)拱衛(wèi)京師的重任，元澄奏請(qǐng)皇上，以東中郎將統(tǒng)管滎陽郡，南中郎將統(tǒng)管魯陽郡，西中郎將統(tǒng)管恒農(nóng)郡，北中郎將統(tǒng)管河內(nèi)郡，選拔二、三品官中的親信賢能者充任，為應(yīng)付非常事件的發(fā)生，配備強(qiáng)大的兵力，如此一來，可達(dá)到深根固本、強(qiáng)干弱枝的目的。胡太后最初準(zhǔn)備接受元澄的建議，后來有人提出異議，便未實(shí)行。元澄再次上奏道：“根本應(yīng)該鞏固強(qiáng)大，要防微杜漸，所以雖有文治，仍不能忘掉武功。況且如今南梁仍很強(qiáng)大，北方的賊人又頻頻集結(jié)，未來的事態(tài)很難預(yù)料，如同以往的變化一樣。若有危急事變突然暴發(fā)，震動(dòng)威脅京畿地區(qū)，四周府郡的老弱殘兵怎能加以防范？太平之世，雖可以保持安定的局面，但從長遠(yuǎn)的利益來看，恐非良策。依臣愚見，郎將統(tǒng)領(lǐng)軍隊(duì)兼管民政，簡員務(wù)實(shí)，正在于此。請(qǐng)求依照先前的建議，增加兵員，擴(kuò)大中郎將的職權(quán)范圍，將領(lǐng)的權(quán)位加重，則盡忠報(bào)國之心隨之加深，軍隊(duì)與郡府?dāng)y手相依，則表里融為一體，朝廷無四顧之憂，奸賊絕覬覦之心?！钡蔚慕ㄗh最終未被采納。又因流民初到邊鎮(zhèn)，衣食無著，很多人因此死亡，元澄奏請(qǐng)朝廷發(fā)給流民及其妻子兒女一年的口糧，朝廷采納了這一建議。不久，因身患疾病，元澄請(qǐng)求解除職務(wù)，沒有獲準(zhǔn)。
梁武帝蕭衍在浮山修筑大壩截?cái)嗷春铀?，想以淮河之水灌入壽春。于是北魏朝廷任命元澄為使持?jié)、大將軍、大都督、南討諸軍事，統(tǒng)帥十萬大軍，將由彭宋出擊淮河大壩，不久淮河大壩自行崩潰，大軍也就沒有出動(dòng)。
元澄因?yàn)閷?duì)北方邊鎮(zhèn)將領(lǐng)的選拔任用日益輕率，深恐賊寇侵犯邊境，使皇室祖墓受到威脅，上書請(qǐng)求對(duì)邊鎮(zhèn)將領(lǐng)的選拔慎重對(duì)待，建議加強(qiáng)邊防戰(zhàn)備，胡太后下詔不予采納。后來賊寇入侵，直抵舊都平城，邊鎮(zhèn)將領(lǐng)大多任非其人，轄區(qū)內(nèi)又暴發(fā)叛亂，使皇家陵墓受到侵犯與損害，一切正如元澄所憂慮的那樣。元澄上奏說，京城的府邸寺廟還未修筑完畢，如今戰(zhàn)爭(zhēng)剛剛結(jié)束，不宜興師動(dòng)眾，請(qǐng)向該服勞役的人及司州郡縣犯有該責(zé)罰十杖以上一百鞭以下的罪犯收取絹一匹、磚二百塊，作為交換，用以資助建設(shè)工程。胡太后下詔批準(zhǔn)。太傅、清河王元懌上書議論此事，于是便沒有實(shí)行。
元澄任職期間秉公行事，無所回避。曾上書陳述墾田授受的八條規(guī)章制度，很有見地，既有利于國家又大大方便了百姓。以前尚書省的檔案文件在各部門需要時(shí)便可隨意借出，當(dāng)公車署以審理冤案事關(guān)重大為由，奏請(qǐng)調(diào)閱檔案原件時(shí)，元澄上奏說，尚書省是國家政治中樞，應(yīng)特別謹(jǐn)慎，所以公車署所奏之事，雖經(jīng)最高機(jī)構(gòu)批準(zhǔn)，但因涉及到國家機(jī)密，應(yīng)謹(jǐn)防泄露，怎能古代制度所重視的，今天反而輕率從事；內(nèi)部戒備森嚴(yán)，對(duì)外卻不加限制？只能摘錄檔案中的有關(guān)內(nèi)容，將其交付公車署。胡太后下詔批準(zhǔn)。西域口厭噠、波斯等國各派使臣入朝覲見，送給元澄駿馬一匹。元澄請(qǐng)求將駿馬交給太仆，充為國有。胡太后下詔說：“任城王清正廉潔的品德，超過了楚相孫叔敖，可將此馬交付國家馬廄，以成全君子宏大的美德?！?br />
后來，元澄升任司徒公，侍中、尚書令的職務(wù)不變。胡太后大興土木，在京城興建永寧、太上公等佛寺，花費(fèi)了大量人力物力，并命各州修造五層高的佛塔。又多次舉辦大型齋會(huì)，施舍給佛寺的財(cái)物動(dòng)輒數(shù)以萬計(jì)。因大肆興修寺廟，廣做佛事，使得百姓疲憊不堪，金銀的兌換價(jià)格急劇上漲，連文武百官的俸祿也被削減，國家的財(cái)力大為損耗；修寺廟做佛事，連同對(duì)左右侍從的賞賜，每日的開支達(dá)數(shù)千兩白銀。因此元澄上書加以勸諫，胡太后雖終未接受他的勸阻，卻常用嘉許的態(tài)度婉言拒絕，以示優(yōu)待。政事無論大小，都與元澄一道商議決定。元澄也盡心輔佐，遇有不利于民眾的事情，必定直言勸諫，雖然不被采納，卻仍一如既往，朝廷內(nèi)外都對(duì)他十分敬畏。
孝明帝神龜二年(519)，元澄逝世，終年五十三歲。朝廷拿出布一千二百匹、錢六十萬、蠟四百斤，作為喪禮的費(fèi)用，并賜給東園制作的葬器、棺材及朝服一套、御衣一件；由大鴻臚監(jiān)辦喪事，下詔命文武百官參加喪禮；贈(zèng)授元澄為假黃鉞、使持節(jié)、都督中外諸軍事、太傅，兼太尉公；給予元澄以特殊的禮遇，依照西晉大司馬、齊王司馬攸的先例，賜給九錫；謚號(hào)稱“文宣王”。元澄下葬時(shí)，儀式極為盛大隆重，胡太后親自送葬到郊外，停下車子痛哭流涕，其悲哀的程度深深打動(dòng)了左右的侍從。文武百官參加葬禮的達(dá)一千余人，莫不唏噓不已。當(dāng)時(shí)認(rèn)為元澄葬禮之隆重，達(dá)到了做臣子的極點(diǎn)。元澄的第四個(gè)兒子元彝繼承了爵位。
后來，元澄轉(zhuǎn)任征東大將軍、開府、徐州刺史，很有政績，聲望日高。入京朝見時(shí)，孝文帝在皇信堂召見了他。孝文帝問元澄：“昔時(shí)鄭國的子產(chǎn)鑄刑書，而晉國的叔向頗有非議。這二人都是賢士，究竟誰對(duì)誰錯(cuò)？”元澄答道：“鄭國弱小，受到強(qiáng)大鄰國的威脅，民心的背向，不借助刑罰就無法控制，所以鑄刑書以顯示威嚴(yán)。雖然背離古制，卻符合當(dāng)時(shí)的政治需要，因此就順時(shí)濟(jì)世而言，子產(chǎn)是對(duì)的。叔向?qū)Υ说闹S刺非議，表示他不忘古制，可以與他論道，卻不能與他討論權(quán)變之術(shù)?！毙⑽牡壅f：“你是想當(dāng)咱們魏國的子產(chǎn)嘍?！痹握f：“子產(chǎn)順應(yīng)時(shí)代潮流，名垂青史。臣目光短淺，庸碌無能，怎敢與子產(chǎn)相提并論。如今陛下以四海為家，廣宣道德教化以安撫天下，但長江以南尚被敵國占據(jù)，天下還未統(tǒng)一，亂世之民，易被威勢(shì)懾服，難用禮制治理。臣愚蠢地認(rèn)為，子產(chǎn)的方法還是應(yīng)暫時(shí)采用，統(tǒng)一天下之后，再從根本上用道德禮樂教化百姓?！毙⑽牡郛?dāng)時(shí)正在考慮改革，對(duì)元澄的回答深為贊許，笑著說：“非任城王不識(shí)變化發(fā)展的大體。朕正要改革國家體制，當(dāng)與你共創(chuàng)這萬世的功業(yè)。”
后來，元澄升任中書令，又改任尚書令。南齊武帝蕭賾派庾蓽出使北魏，庾蓽見元澄聲音洪亮，談吐優(yōu)雅，風(fēng)姿秀逸，對(duì)主客郎張彝說：“往日魏國的任城王以勇武著稱，今日的任城王則以風(fēng)度氣質(zhì)取勝。”當(dāng)時(shí)，孝文帝曾下詔，在皇信堂宴請(qǐng)四座皇家祖廟的子孫，不按爵位官品，而是按輩分年齡的大小確定座次，互相間只行家人之禮。孝文帝說：“行禮已畢，想要宗室兄弟各言其志，大家可以盡情地賦詩言志?！碧孛巫髌哐赃B韻體詩，與孝文帝你來我往相互唱和，以比個(gè)輸贏，大家玩得極為盡興，至深夜才散。
不久，孝文帝以征討南齊為名，意在商議遷都之事，召集群臣在明堂左室齋戒，命太常卿王諶親自占卜，卜問南征之事，得到“革”卦。孝文帝說：“這是湯武革命，應(yīng)天命順人心之卦。”群臣都不敢開口。元澄挺身而出，說道：“《周易》說，革，是變更的意思。預(yù)示變革君臣之道的應(yīng)天命順人心，所以商湯、周武王得到這個(gè)卦象是大吉大利。陛下君臨天下，繼承弘揚(yáng)先代的業(yè)績，如今既是占卜征伐，得到的卦象只說明可以討伐敵人，并不意味著改革可以取得成功。這并非預(yù)示統(tǒng)治穩(wěn)固的卦象，不能算十分吉利?！毙⑽牡蹍柭曊f道：“《象辭》說：‘大人虎變’，怎么能說不吉利！”元澄說：“陛下登基已久，怎么才像老虎一樣脫胎變骨呢！”孝文帝勃然大怒：“國家，是我的國家，任城王你想蠱惑人心嗎？”元澄說：“國家確實(shí)是陛下的國家，然而我是國家的大臣，參與重大決策，怎敢不盡心竭力?！毙⑽牡垆J意革新，志在必行，對(duì)元澄的言論大為不滿，過了很久怒氣方消，說道：“各言其志，也沒什么不好。”回宮之后，馬上召見元澄。元澄還未登上臺(tái)階，隔著很遠(yuǎn)孝文帝便說：“剛才‘革卦’的事，現(xiàn)在還想與你辯論。我在明堂上發(fā)怒，是怕大家齊聲附和，阻礙我的改革大計(jì)，所以疾言厲色以震懾群臣，你應(yīng)該了解朕的用意。”于是擯退左右，對(duì)元澄說：“朕知道今天要做的這件事，確實(shí)很不容易。我國興起于北方，遷都平城之后，雖幅員遼闊，但遠(yuǎn)未統(tǒng)一天下，平城只適合指揮征戰(zhàn)，并不利于推行文治，要移風(fēng)易俗實(shí)行政治文化體制的改革，確實(shí)非常困難。崤函、河洛之地，才是真正的帝王之都，因此我才打算大舉南遷，遷都中原，你認(rèn)為如何？”元澄說：“伊、洛地處中原，均為天下必爭(zhēng)之地，陛下統(tǒng)治華夏，蕩平九夷，人民得知陛下遷都中原，定會(huì)大加慶賀?！毙⑽牡壅f：“北方人留戀故土，忽然得知將要南遷，不能不驚恐騷動(dòng)?！痹握f：“這既是非同尋常之事，當(dāng)然不會(huì)被常人所理解，只要陛下作出決斷，他們又能怎么辦。”孝文帝說：“任城王，你就是我的張子房?！庇谑羌臃庠螢閾彳姶髮④?、太子少保，兼尚書左仆射。孝文帝駕臨洛陽，作出遷都的決定，下詔說：“遷都之事，必須征求大家的意見。當(dāng)派任城王返回平城，征詢文武百官的意見，討論可否施行。近日討論過‘革’，今天才真稱得上是‘革’哩，任城王你可要勉力而行?！痹位氐狡匠侵?，眾人聽了遷都的詔書，莫不驚駭異常。元澄談古論今，引經(jīng)據(jù)典，徐徐開導(dǎo)，眾人才疑云漸消，茅塞頓開。于是元澄南馳回報(bào)孝文帝，在滑臺(tái)與孝文帝相遇。孝文帝大喜道：“要不是任城王，朕的事業(yè)就不能成功。”元澄跟隨孝文帝抵達(dá)鄴宮，被任命為吏部尚書。
孝文帝抵達(dá)平城后，繼續(xù)向北巡視，留元澄在平城考核舊有官吏。當(dāng)初，北魏自公、侯以下至于候補(bǔ)官員的總?cè)藬?shù)，數(shù)以萬計(jì)，冗員充斥，無所事事。元澄按照品德才干將官吏分為三等，考核他們的優(yōu)劣，量才任用，大家都毫無怨言。孝文帝回到洛陽后，命元澄兼任尚書右仆射。
孝文帝抵達(dá)北邙后，駕臨洪池，命元澄與他同乘龍舟，賦詩抒懷。孝文帝說：“朕昨夜夢(mèng)見一老翁，鬢發(fā)雪白，正冠整衣，拜立路旁。朕十分奇怪，問他是什么人，他自稱是晉朝侍中嵇紹，在此迎候。神色局促不安，似有所求?！痹未鸬溃骸皶x末大亂，嵇紹以身衛(wèi)主，死在皇帝身旁，是晉朝的忠臣；比干遭逢兇殘暴虐的商紂，因忠心進(jìn)諫而被開胸剖心，可謂商朝的賢士。二人都是為國盡忠而死，墳?zāi)苟荚诒菹侣愤^的地方。然而陛下前往鏶洛路經(jīng)殷墟時(shí)，憑吊祭祀了比干，到了洛陽之后，卻忘記去憑吊嵇紹，當(dāng)是嵇紹希望陛下的恩典而托夢(mèng)給陛下?！毙⑽牡壅f：“朕有什么德行，居然能在冥冥之中感動(dòng)賢達(dá)人士。然而就追禮先賢、弘揚(yáng)忠義而言，比干、嵇紹都是古時(shí)的忠臣義士，而朕卻厚待比干，忽略了嵇紹，心中確實(shí)有愧。既然做了此夢(mèng)，大概正如你所言?！庇谑菍ぴL嵇紹的墳?zāi)?，派人前去憑吊祭祀。
蕭鸞殺死蕭昭業(yè)自立為帝后，南齊雍州刺史曹虎請(qǐng)求投降北魏，獻(xiàn)出襄陽城。孝文帝調(diào)兵遣將，準(zhǔn)備親率大軍南征?？稍ブ萦稚蠄?bào)朝廷，說曹虎接洽投降的使節(jié)沒有再來。孝文帝召集元澄及咸陽王元禧、彭城王元勰、司徒馮誕、司空穆亮、鎮(zhèn)南將軍李沖等人，商討對(duì)策。孝文帝說：“得到邊境州縣的報(bào)告，說襄陽請(qǐng)求歸降，所以朕準(zhǔn)備進(jìn)軍江、沔，大造聲勢(shì)，加以接應(yīng)。如今又報(bào)告說，這件事沒了下文，大軍是行還是留，究竟如何？”元禧等人有的主張應(yīng)該繼續(xù)進(jìn)軍，有的認(rèn)為應(yīng)停止進(jìn)軍。孝文帝說：“眾說紛紜，意見不一，朕不知聽誰的才好。若要詳盡闡述行、留的利弊得失，使之言之成理令人信服，應(yīng)分為正、反兩方，互相辯駁。任城王元澄與鎮(zhèn)南將軍李沖陳述停止進(jìn)軍的理由，朕論述繼續(xù)進(jìn)軍的道理，諸位坐在一邊判斷得失，看誰說得更為有理，就聽誰的?！庇谑切⑽牡壅f：“二位賢臣，請(qǐng)陳述停止進(jìn)軍的理由吧?！崩顩_說道：“臣等認(rèn)為，遷都時(shí)間過短，人心思安，而內(nèi)應(yīng)曹虎的情況不明，不宜輕舉妄動(dòng)?！毙⑽牡壅f：“襄陽歸順之事，不知是虛是實(shí)。朕也知道剛剛經(jīng)過遷徙的民眾，不宜服勞役。如果曹虎投降是真，自應(yīng)乘民心歸附之機(jī)，遠(yuǎn)可進(jìn)逼會(huì)稽，近可平定長江以北地區(qū)。如果曹虎投降是假，朕也可巡視江淮地區(qū)，訪問民間疾苦，使那里的百姓感受到君主的關(guān)懷，怎能因其投降是假而吝惜這一舉動(dòng)？如果曹虎歸順是真，我們停止不前不加接應(yīng)安撫，無異會(huì)斷絕歸順之心，破壞朕統(tǒng)一天下的大計(jì)?！痹握f：“如果歸降是真，應(yīng)送來人質(zhì)。而曹虎的使節(jié)一去之后，竟毫無音訊，可見其中有詐。如今自平城南遷的民眾，人人懷念故土，他們扶老攜幼，剛剛來到洛陽，棲身無所，家無擔(dān)石之糧，讓他們懷著怨苦出征，含著眼淚戰(zhàn)斗，恐怕不是獲勝之師。如今國家剛剛安定，春耕即將開始，正是百姓興建家園之日，農(nóng)夫努力耕作之時(shí)，應(yīng)減輕民眾的戰(zhàn)爭(zhēng)負(fù)擔(dān)，以造福百姓。而且聲援曹虎的部隊(duì)已經(jīng)出發(fā)，并非未作接應(yīng)。如果曹虎投降是真，出動(dòng)的兵力足以應(yīng)付，等到平定了襄、沔，再圣駕親征不遲。如今憑空出動(dòng)大軍，若勞而無功，恐怕會(huì)損害陛下的天威，徒增敵國的聲勢(shì)，愿陛下上觀盤庚遷都初期的艱難，下吟詩人《由庚》的至真詠嘆，安定新都，造福億萬黎民百姓。”而司空穆亮認(rèn)為應(yīng)繼續(xù)進(jìn)軍，其余的公卿大臣也都一致贊同。元澄對(duì)穆亮說：“你在外面看見大軍整裝待發(fā)，面有憂色，平時(shí)的言論也是不希望大軍南征的，為什么當(dāng)著陛下的面卻說出這樣的話。當(dāng)面一套，背后一套，有欺君諂媚之嫌，不是討論問題應(yīng)有的態(tài)度，更有失國家大臣的風(fēng)范，此行若有不測(cè)，你們這些諂媚之臣難逃其責(zé)?！崩顩_說：“任城王可謂忠于社稷，他的話應(yīng)引起陛下的深思。臣等在朝外都對(duì)南征深懷憂慮，因?yàn)榈匚毁F賤的不同，看法也會(huì)不同，愿陛下作出最后的裁決?！毙⑽牡壅f：“任城王剛才因?yàn)楣浯蟪级几胶想薜闹鲝?，而發(fā)了這一番議論。不贊成朕的，并不一定都忠心耿耿而能洞察國家的安危。小忠是大忠的敵人，不就是像這樣嗎？”元澄說：“臣愚昧昏庸，不識(shí)大理，所說的一切雖屬小忠，但確實(shí)是竭忠盡智，不知道究竟什么才算是大忠？”孝文帝說：“任城王大概是想擔(dān)當(dāng)宰輔的重任，因而才要使自己具有大忠吧?！痹握f：“臣并非宰輔之才，且缺乏宰輔所需的智慧，若能濫竽充數(shù)身居宰輔之位，定會(huì)在其位而謀其政，鞠躬盡瘁。”孝文帝大笑。元澄又對(duì)穆亮說：“昔日汲黯曾在漢武帝面前指責(zé)公孫吃小米飯、蓋粗布被子，是欺世盜名。于是公孫自愿位居汲黯之下，以示謙讓。漢武帝因此感嘆汲黯忠誠至極、公孫是忠厚長者，二人都被稱為賢士。您既然具有與昔人同樣的品德，但愿能想起漢武帝稱贊公孫為長者的話?！毙⑽牡坌χf：“任城王想要自比為汲黯吧。話說的雖然在理，但還不知道得失究竟如何，怎么便先向司空謝起罪來了呢?！庇谑切⑽牡郾阌H率大軍南征。
按五等爵位分封土地之后，元澄食邑一千戶。元澄跟隨孝文帝南征大軍抵達(dá)懸瓠后，因病重返回洛陽。孝文帝在汝氵賁為他餞行，君臣二人賦詩而別。孝文帝返回京城洛陽后，在清徽堂召見王公大臣。孝文帝說：“清徽堂建成以來，還未與王公大臣在此舉行過宴會(huì)。東閣的廊廡廳堂已基本修建完畢，所以今天朕與大家要無高不登、無小不入?！庇谑莵淼搅骰?。孝文帝說：“這彎曲的水流也有它的含義，取天道曲成、萬物無滯之意。”隨后到了洗煩池。孝文帝說：“此池中也有好魚?！痹蔚溃骸罢^‘魚在藻，有頒其首’?！毙⑽牡壅f：“不如說‘王在靈沼，于禼魚躍’?！比缓髞淼接^德殿。孝文帝說：“由射箭可以觀察人的品德，所以命名為‘觀德殿’?！彪S后又去了凝閑堂。孝文帝說：“名字要有意義，這是取夫子閑居之義。不可以放縱奢侈而忘掉節(jié)儉，處身安樂而忘掉危險(xiǎn)，所以在此堂后面興建了茅茨堂?！庇謱?duì)李沖說：“東面的叫步元廡，西面的叫游凱廡。這凝閑堂中雖無唐堯那樣的君主，你們卻無愧于元、凱。”李沖答道：“臣等既然遇到了唐堯那樣的賢明君主，自然不敢推辭與元、凱相提并論的榮譽(yù)。”孝文帝說：“夕陽西下，天色已晚，皇族宗室自然留宴宮中，卿等就要離去，為什么沉默不語，一言不發(fā)？”于是命黃門侍郎崔光、郭祚，通直郎邢巒、崔休等人賦詩言志。掌燈之后，公卿大臣告退。李沖再三拜別，并祝孝文帝萬壽無疆。孝文帝說：“你剛剛因掌燈已拜辭過了，又祝朕萬壽無疆，朕用《南山》這首詩來回報(bào)吧?！毙⑽牡壅f：“宮中掌燈，外臣告退，這是庶姓的禮節(jié)；在宮中設(shè)夜宴款待皇親國戚，則是盡宗族之義。你們回去吧，朕要與諸王宗室乘興夜飲?！?br />
元澄又曾隨孝文帝巡視鄴城，回到洛陽后，因隨同出巡有功，增加食邑五百戶。后因公事被免去官職，不久兼任吏部尚書。恒州刺史穆泰在恒州謀反，推舉朔州刺史、陽平王元頤為盟主。元頤向朝廷密報(bào)穆泰的罪狀。孝文帝在凝閑堂召見元澄，說道：“剛剛得到陽平王的報(bào)告，穆泰圖謀不軌，引誘皇族宗室叛亂。如果真是這樣，遷都剛剛不久，北方人留戀故土，南北之間動(dòng)蕩紛擾，朕在洛陽就不能立足了。處理此事非你莫屬，可為朕帶病去北方一趟。如果他們力量薄弱，就直接加以擒獲、鏟除；如果他們勢(shì)力強(qiáng)大，可代朕征發(fā)并、肆二州的兵馬加以剿滅。朕雖然知道你正在患病，既然是國家大事，當(dāng)然義不容辭?！痹握f：“穆泰等人愚昧昏憒，只因留戀故土，才有此一舉，并無深謀遠(yuǎn)慮。臣雖怯懦無能，但足以對(duì)付他們，雖身患疾病，豈敢推辭！定當(dāng)盡心竭力，死而后已，愿陛下不要憂慮?！毙⑽牡坌Φ溃骸叭纬峭蹩先ヒ惶耍捱€有什么可憂慮的呢？”于是賜給元澄節(jié)杖、銅制虎符、竹使符及皇帝的儀仗與御前侍衛(wèi)，任命元澄為行恒州事。元澄行至雁門，雁門太守深夜報(bào)告說，穆泰已率領(lǐng)部眾向西投奔陽平王去了，恒州城下只剩下一堆弓箭甲仗。元澄聞?dòng)崳忝罴铀偾斑M(jìn)。當(dāng)時(shí)，右丞孟斌說：“事態(tài)的發(fā)展難以預(yù)料，應(yīng)遵照陛下的吩咐，征調(diào)并、肆二州的軍隊(duì)，然后再徐徐推進(jìn)?！痹握f：“穆泰既然舉兵謀反，理應(yīng)據(jù)守堅(jiān)城，而如今卻去迎接陽平王，從他的所做所為推測(cè)，似乎力量薄弱。穆泰既然沒有公開舉兵抗拒朝廷，我們無故征調(diào)大軍，并不合適。只要迅速前往鎮(zhèn)壓，民心自會(huì)安定。”于是加緊趕路，以出其不意，攻其無備。又派治書侍御史李煥先行一步，一到平城便擒獲了穆泰，人心安定、平靜。追查穆泰的黨羽，將其一網(wǎng)打盡，鉅鹿公陸睿、安樂侯元隆等一百多人全都被捕入獄。元澄將整個(gè)過程上奏朝廷，孝文帝看了奏章極為高興，召集公卿以下文武百官，讓他們傳閱元澄的奏章，說道：“朕的任城王堪稱是國家棟梁之臣，看他審理罪案，就是皋陶斷案，又豈能超過他?！鞭D(zhuǎn)過頭對(duì)咸陽王等人說：“你們?nèi)绻懋?dāng)此任，就辦不成這個(gè)樣子?！辈痪?，孝文帝抵達(dá)平城，慰勞元澄說：“任城王此行，深孚重望?！痹未鸬溃骸氨菹峦?zhèn)四方，罪犯無處逃避，臣何功之有?！毙⑽牡蹖弳栕锓笗r(shí)，并無一人喊冤，世人莫不贊嘆元澄的明察秋毫。孝文帝回過頭，對(duì)左右的人說：“昔日孔子說：‘審理訴訟，我與別人差不多，一定要使訴訟完全消滅才好?！欢ト藢徖戆讣?，大概非平常人可比，完全消滅訴訟，朕今天算是看到了?！庇谑侨蚊螢樯袝?。
孝文帝再次率軍南征，命元澄留守洛陽，兼任右仆射。元澄上書朝廷，請(qǐng)求捐獻(xiàn)封地內(nèi)一年的租稅布帛作為軍用物資，孝文帝下詔表示只接受一半。孝文帝抵達(dá)鄴城時(shí)，正逢高車、樹者部落叛亂，孝文帝準(zhǔn)備親率大軍征討，元澄上書勸阻御駕親征，剛好江陽王元繼平息了叛亂，孝文帝才未成行。孝文帝返回洛陽后，召見公卿大臣，說道：“治國之本，禮教是首位的。朕離開京城以來，禮教的推行是否天天都有進(jìn)展？”元澄答道：“臣認(rèn)為是天天都有進(jìn)展?！毙⑽牡壅f：“朕昨日入城，看見車上的婦女仍頭戴帽子、身穿小襖，出現(xiàn)這樣的情況，尚書為什么不糾察？”元澄說：“穿鮮卑服裝的還是少于不穿的?！毙⑽牡壅f：“真是奇怪！任城王想讓全部的人都穿上鮮卑服裝嗎？一句話可以讓國家滅亡，難道說的不就是這種情況嗎？可命史官將這件事載入史冊(cè)?！庇终f道：“君主不能期望天降輔佐之臣，都是選拔人才加以任用。朕在選拔人才時(shí)犯了錯(cuò)誤，任用了一批具有婦人之見的人擔(dān)當(dāng)重任，應(yīng)當(dāng)重新選拔才行。任城王任職，是建立天下的法度呢，還是僅僅應(yīng)付各種事務(wù)而已？”元澄答道：“臣只是處理事務(wù)而已。”孝文帝說：“如果是這樣，要一位令、史級(jí)的官員就足夠了，還要你任城王干什么呢？”又說道：“我派舍人宣讀的詔書的內(nèi)容，為什么要讓小人知道？”元澄答道：“世上雖有能干的官吏，但與文告相比，他們的作用還差得遠(yuǎn)?！毙⑽牡壅f：“遠(yuǎn)了則不知道，知道了就不算遠(yuǎn)。既然知道了詔書的內(nèi)容，其中的道理也就明白了。”于是留守洛陽的大臣們?nèi)颊鹿倜?，向孝文帝謝罪。不久，任命元澄為尚書右仆射。
南齊皇帝蕭寶卷派太尉陳顯達(dá)率軍入侵漢水以北地區(qū)。當(dāng)時(shí)孝文帝患病在身，在清徽堂召見元澄，下詔說：“陳顯達(dá)侵?jǐn)_邊境，沔陽地區(qū)動(dòng)蕩不安，朕不親率大軍征討，就無法消除賊患。朕患病已達(dá)一年之久，氣力疲憊困乏，如有意外，一切由任城王作主。這段時(shí)間任城王必須跟隨朕的左右?！痹瓮纯蘖魈榈卣f：“臣定當(dāng)竭盡全力輔佐陛下，以死相報(bào)?！庇谑请S從孝文帝南征。孝文帝駕崩，元澄受命輔政。
世宗宣武帝元恪即位之初，有個(gè)南齊投降北魏的名叫嚴(yán)叔懋的人，控告尚書令王肅派孔思達(dá)暗中勾結(jié)蕭寶卷，陰謀叛亂，說蕭寶卷派俞公喜送信給王肅，俞公喜南歸時(shí)，王肅還讓他帶回南齊豫州刺史裴叔業(yè)的坐騎作為信物。元澄對(duì)此深信不疑，于是上書指控王肅謀反，立刻下令囚禁王肅。結(jié)果咸陽王、北海王聯(lián)名上書，彈劾元澄擅自囚禁宰輔首相，于是元澄被免除官職，歸家閑居。
不久，任命元澄為平西將軍、梁州刺史。元澄以母親年邁為由加以拒絕。朝廷又任命元澄為安東將軍、相州刺史，又被元澄堅(jiān)決拒絕。朝廷只好改授他為安西將軍、雍州刺史。不久，調(diào)他前去主持秋季軍事演習(xí)。任命他為都督淮南諸軍事、鎮(zhèn)南大將軍、開府、揚(yáng)州刺史。到任之后，修整孫叔敖的墳?zāi)?，搗毀了蔣子文的廟。頻頻上書請(qǐng)求南征，宣武帝元恪卻不允許。元澄又以母親年邁為由，請(qǐng)求解除揚(yáng)州刺史的職務(wù)，然而辭呈卻被壓下，并未上報(bào)皇帝。不久，加授元澄為散騎常侍。
南梁將領(lǐng)張囂之攻陷北魏夷陵戍，元澄派輔國將軍成興率步騎兵前往征討，大破南梁軍，收復(fù)夷陵戍，張囂之逃走。元澄又派長風(fēng)守將奇道顯攻打南梁的陰山戍，攻破陰山戍，斬南梁守將龍?bào)J將軍、都亭侯梅興祖。隨機(jī)又攻克白槁戍，斬守將寧朔將軍、關(guān)內(nèi)侯吳道爽。元澄上表說：“梁武帝蕭衍頻頻封鎖東關(guān)，想讓巢湖之水泛濫。巢湖方圓四百余里，東關(guān)與長江相距不過數(shù)十步，若敵人的陰謀得逞，湖水泛濫，則淮南地區(qū)的邊防堡壘定會(huì)像春秋時(shí)的晉陽城一樣，成為水島澤國。而且吳楚地區(qū)水路交通便利，南梁軍一面水灌一面艦攻，則淮南地區(qū)將不再屬于我國所有。壽陽距長江五百余里，現(xiàn)已人心惶惶，深恐遭受水淹之災(zāi)。若順從民眾的心愿，趁敵人毫無防備時(shí)發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，預(yù)先命令各州調(diào)集兵馬，在初秋時(shí)大規(guī)模集結(jié)軍隊(duì)，那么南方的河流就會(huì)成為我們飲馬的渡口，霍嶺定會(huì)成為我們流連忘返的游玩之所，行事貴在隨機(jī)應(yīng)變，各項(xiàng)工作須及早進(jìn)行。即使達(dá)不到統(tǒng)一天下的目的，至少可以確保長江以西地區(qū)的安全。若猶豫拖延，不及時(shí)征討，敵人布好防線，決堤放水，平原地區(qū)的軍民定會(huì)成為水中的魚鱉。”于是宣武帝下詔，征發(fā)冀、定、瀛、相、并、濟(jì)六州的二萬士兵、一千五百匹戰(zhàn)馬，命令他們于中秋節(jié)齊集淮南地區(qū)，連同壽陽已有的三萬兵馬，全部歸元澄指揮。
先前，朝中的輿論已有南征之意，于是朝廷任命蕭寶夤為東揚(yáng)州刺史，據(jù)守東城，任命陳伯之為江州刺史，駐守陽石，命元澄總督二鎮(zhèn)，節(jié)制蕭、陳二人。至此，北魏開始出兵南征。因?yàn)闁|關(guān)是水路要沖，大峴地勢(shì)險(xiǎn)要，若從東關(guān)決堤放水，則陽石、合肥首當(dāng)其沖；若不占領(lǐng)大峴，則歷陽可據(jù)險(xiǎn)固守以待援軍；淮陵是陸路樞紐，九山是水路樞紐，都應(yīng)搶先控制。于是元澄派統(tǒng)軍傅豎眼、王神念等進(jìn)擊大峴、東關(guān)、九山、淮陵，分別部署諸將，日夜兼程搶占各自的目標(biāo)，而自己則統(tǒng)率大軍主力相繼進(jìn)發(fā)。王神念連克關(guān)要、潁川二城，斬南梁軍守將費(fèi)尼。而南梁的寧朔將軍韋惠、龍?bào)J將軍李伯由仍固守大峴。元澄派統(tǒng)軍黨法宗、傅豎眼等率軍攻克大峴，進(jìn)圍白塔、牽城，數(shù)日之間，守軍潰散。南梁清溪戍守軍也望風(fēng)而逃。南梁徐州刺史司馬明素率三千人馬馳援九山；徐州長史潘伯鄰增援淮陵；寧朔將軍王燮據(jù)險(xiǎn)固守焦城。黨法宗進(jìn)克焦城，攻破淮陵，生擒司馬明素，斬殺潘伯鄰。南梁濟(jì)陰太守王厚強(qiáng)、廬江太守裴邃隨即棄城潰逃。宣武帝下詔給元澄說：“將軍文德內(nèi)顯，武功外揚(yáng)，奮力施展鴻圖偉略，將蕩平長江流域、吳越地區(qū)。大旗剛剛舒展，敵人便聞風(fēng)喪膽，勁旅剛剛奔馳，便席卷了東關(guān)。料想江湖風(fēng)平浪靜，只在旦夕之間。所送被俘的敵軍將領(lǐng)一事，大家都已知曉。”
先前，元澄率大軍出征之后，南梁將領(lǐng)姜慶真向壽陽發(fā)動(dòng)襲擊，攻占?jí)坳柾獬?，齊王蕭寶夤將其擊退。長史韋纘因此被撤職，元澄因領(lǐng)兵在外，沒有受到牽連，于是率軍進(jìn)攻鐘離。宣武帝元恪下詔說：“鐘離如果絕糧，三月份以前本可攻克。若到了四月，淮河水位上漲，舟船暢通無阻，就應(yīng)對(duì)此妥善考慮了。先前取得的勝利，全靠將軍指揮有方，然而怎能戰(zhàn)無不勝？如果因?yàn)樗畡?shì)盛大難以進(jìn)取，也可施行萬全之策，不要貪利冒進(jìn)以致一事無成，追悔莫及?！蹦狭汗谲妼④姀埢萁B、游擊將軍殷暹、驍騎將軍趙景悅、龍?bào)J將軍張景仁等率兵五千，向鐘離運(yùn)送糧食。元澄派統(tǒng)軍王足、劉思祖等截?fù)魪埢萁B等人所率援軍，大破南梁軍，生擒張惠紹、殷暹、張景仁及其屯騎校尉史文淵等二十七位將領(lǐng)。隨后遇到大雨，淮河河水暴漲，元澄率領(lǐng)大軍撤回壽春。撤退時(shí)狼狽不堪，損失兵力四千余人。元澄頻頻上書，請(qǐng)求解除揚(yáng)州刺史的職務(wù)，宣武帝沒有答應(yīng)。有關(guān)部門指責(zé)元澄指揮不當(dāng)，致使大軍在撤退途中迷路，于是將元澄免去開府，連降三級(jí)。其時(shí)，梁武帝蕭衍遣送被俘的北魏將士，請(qǐng)求換回張惠紹。元澄奏請(qǐng)朝廷加以拒絕，宣武帝元恪下詔，將此事交由八座會(huì)議商議。尚書令、廣陽王元嘉等人奏請(qǐng)應(yīng)予放還，于是宣武帝下詔允許張惠紹南返。后來，張惠紹果然再次率軍侵犯北魏邊疆。
朝廷改授元澄為鎮(zhèn)北大將軍、定州刺史。當(dāng)初，定州民間有許多苛捐雜稅，百姓苦不堪言，先后幾任刺史均無法免除，元澄則多方減免百姓的捐稅負(fù)擔(dān)，得到定州民眾的衷心擁戴。同時(shí)元澄又公布升降賞罰的施行辦法；上表朝廷減少官府園林的占地面積，將所得土地分給無地的貧苦農(nóng)民；禁止用布絹制作衣服以外的其他物品。元澄的母親孟太妃逝世，在守喪期間元澄哀傷過度，損害了身體健康，世人對(duì)此十分贊嘆。服喪期滿后，元澄被任命為太子太保。
當(dāng)時(shí)，高肇把持朝政，猜忌賢能的皇族成員。元澄被高肇誣陷中傷，?？中悦y保，于是整日都喝得昏天黑地，以顯示自己的頹廢消沉、委靡不振。所作所為驚世駭俗，當(dāng)時(shí)都稱他為狂人。
世宗宣武帝元恪深夜駕崩，事情發(fā)生得十分倉猝，高肇?fù)肀谕?，肅宗孝明帝元詡年齡幼小，朝野深為不安。元澄當(dāng)時(shí)雖遭排斥而沒有參預(yù)國家機(jī)要，但在朝中仍是眾望所歸，領(lǐng)軍于忠、侍中崔光等人保舉元澄為尚書令，于是眾人心悅誠服。又加封元澄為散騎常侍、驃騎大將軍，不久升任司空，加授侍中，隨即又下詔命他兼任尚書令。
元澄獻(xiàn)上《皇誥宗制》與《訓(xùn)詁》各一卷，想讓皇太后御覽，起到勸誡的作用。又上奏利國救民所應(yīng)倡導(dǎo)、推行的十條措施：第一條，度、量、衡的計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)，官府與民間有所不同，應(yīng)該統(tǒng)一；第二條，應(yīng)興辦學(xué)校，以宣傳升降賞罰的規(guī)章制度；第三條，應(yīng)恢復(fù)、延續(xù)已遭覆滅命運(yùn)的名門望族的香火，各自推薦遇到的賢才；第四條，五種捐稅之外，不應(yīng)再向百姓加收任何一種捐稅；百姓服勞役，不要超過三日；第五條，直接管理百姓的地方官吏，都必須按照政績加以升降任免，以示賞罰分明；第六條，因躲避賦稅徭役而逃亡的百姓，若年代已久，且非從事技術(shù)性工作的，聽任他們?cè)谔油龅鼐幼?；第七條，邊防士兵開小差逃跑的，或確實(shí)被俘失蹤的，必須一律加以細(xì)致地核實(shí)；三長及士兵的近親若隱瞞實(shí)情，隱藏不報(bào)，則征調(diào)其代服兵役；若無隱瞞，則不加追究；第八條，世代從事工商業(yè)的民戶，還要向他們征收田租與以紡織品為內(nèi)容的戶調(diào)，他們已不堪負(fù)擔(dān)，如今請(qǐng)求免征他們的租、調(diào)，使他們能夠?qū)Ｐ膹氖伦约旱男袠I(yè)；第九條，三長維護(hù)治安不得使轄區(qū)范圍交叉重疊，戶口數(shù)目不滿的轄區(qū)，就近與相鄰的轄區(qū)合并；第十條，羽林、虎賁等禁衛(wèi)軍在邊境爆發(fā)戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)，可暫時(shí)調(diào)他們參加戰(zhàn)斗，其禁衛(wèi)任務(wù)應(yīng)派蕃兵代理。胡太后將元澄的建議交付文武百官討論，有的通過了，有的則被否決。
當(dāng)時(shí)，四位中郎將所統(tǒng)轄的軍隊(duì)人數(shù)很少，不足以擔(dān)負(fù)拱衛(wèi)京師的重任，元澄奏請(qǐng)皇上，以東中郎將統(tǒng)管滎陽郡，南中郎將統(tǒng)管魯陽郡，西中郎將統(tǒng)管恒農(nóng)郡，北中郎將統(tǒng)管河內(nèi)郡，選拔二、三品官中的親信賢能者充任，為應(yīng)付非常事件的發(fā)生，配備強(qiáng)大的兵力，如此一來，可達(dá)到深根固本、強(qiáng)干弱枝的目的。胡太后最初準(zhǔn)備接受元澄的建議，后來有人提出異議，便未實(shí)行。元澄再次上奏道：“根本應(yīng)該鞏固強(qiáng)大，要防微杜漸，所以雖有文治，仍不能忘掉武功。況且如今南梁仍很強(qiáng)大，北方的賊人又頻頻集結(jié)，未來的事態(tài)很難預(yù)料，如同以往的變化一樣。若有危急事變突然暴發(fā)，震動(dòng)威脅京畿地區(qū)，四周府郡的老弱殘兵怎能加以防范？太平之世，雖可以保持安定的局面，但從長遠(yuǎn)的利益來看，恐非良策。依臣愚見，郎將統(tǒng)領(lǐng)軍隊(duì)兼管民政，簡員務(wù)實(shí)，正在于此。請(qǐng)求依照先前的建議，增加兵員，擴(kuò)大中郎將的職權(quán)范圍，將領(lǐng)的權(quán)位加重，則盡忠報(bào)國之心隨之加深，軍隊(duì)與郡府?dāng)y手相依，則表里融為一體，朝廷無四顧之憂，奸賊絕覬覦之心?！钡蔚慕ㄗh最終未被采納。又因流民初到邊鎮(zhèn)，衣食無著，很多人因此死亡，元澄奏請(qǐng)朝廷發(fā)給流民及其妻子兒女一年的口糧，朝廷采納了這一建議。不久，因身患疾病，元澄請(qǐng)求解除職務(wù)，沒有獲準(zhǔn)。
梁武帝蕭衍在浮山修筑大壩截?cái)嗷春铀?，想以淮河之水灌入壽春。于是北魏朝廷任命元澄為使持?jié)、大將軍、大都督、南討諸軍事，統(tǒng)帥十萬大軍，將由彭宋出擊淮河大壩，不久淮河大壩自行崩潰，大軍也就沒有出動(dòng)。
元澄因?yàn)閷?duì)北方邊鎮(zhèn)將領(lǐng)的選拔任用日益輕率，深恐賊寇侵犯邊境，使皇室祖墓受到威脅，上書請(qǐng)求對(duì)邊鎮(zhèn)將領(lǐng)的選拔慎重對(duì)待，建議加強(qiáng)邊防戰(zhàn)備，胡太后下詔不予采納。后來賊寇入侵，直抵舊都平城，邊鎮(zhèn)將領(lǐng)大多任非其人，轄區(qū)內(nèi)又暴發(fā)叛亂，使皇家陵墓受到侵犯與損害，一切正如元澄所憂慮的那樣。元澄上奏說，京城的府邸寺廟還未修筑完畢，如今戰(zhàn)爭(zhēng)剛剛結(jié)束，不宜興師動(dòng)眾，請(qǐng)向該服勞役的人及司州郡縣犯有該責(zé)罰十杖以上一百鞭以下的罪犯收取絹一匹、磚二百塊，作為交換，用以資助建設(shè)工程。胡太后下詔批準(zhǔn)。太傅、清河王元懌上書議論此事，于是便沒有實(shí)行。
元澄任職期間秉公行事，無所回避。曾上書陳述墾田授受的八條規(guī)章制度，很有見地，既有利于國家又大大方便了百姓。以前尚書省的檔案文件在各部門需要時(shí)便可隨意借出，當(dāng)公車署以審理冤案事關(guān)重大為由，奏請(qǐng)調(diào)閱檔案原件時(shí)，元澄上奏說，尚書省是國家政治中樞，應(yīng)特別謹(jǐn)慎，所以公車署所奏之事，雖經(jīng)最高機(jī)構(gòu)批準(zhǔn)，但因涉及到國家機(jī)密，應(yīng)謹(jǐn)防泄露，怎能古代制度所重視的，今天反而輕率從事；內(nèi)部戒備森嚴(yán)，對(duì)外卻不加限制？只能摘錄檔案中的有關(guān)內(nèi)容，將其交付公車署。胡太后下詔批準(zhǔn)。西域口厭噠、波斯等國各派使臣入朝覲見，送給元澄駿馬一匹。元澄請(qǐng)求將駿馬交給太仆，充為國有。胡太后下詔說：“任城王清正廉潔的品德，超過了楚相孫叔敖，可將此馬交付國家馬廄，以成全君子宏大的美德?！?br />
后來，元澄升任司徒公，侍中、尚書令的職務(wù)不變。胡太后大興土木，在京城興建永寧、太上公等佛寺，花費(fèi)了大量人力物力，并命各州修造五層高的佛塔。又多次舉辦大型齋會(huì)，施舍給佛寺的財(cái)物動(dòng)輒數(shù)以萬計(jì)。因大肆興修寺廟，廣做佛事，使得百姓疲憊不堪，金銀的兌換價(jià)格急劇上漲，連文武百官的俸祿也被削減，國家的財(cái)力大為損耗；修寺廟做佛事，連同對(duì)左右侍從的賞賜，每日的開支達(dá)數(shù)千兩白銀。因此元澄上書加以勸諫，胡太后雖終未接受他的勸阻，卻常用嘉許的態(tài)度婉言拒絕，以示優(yōu)待。政事無論大小，都與元澄一道商議決定。元澄也盡心輔佐，遇有不利于民眾的事情，必定直言勸諫，雖然不被采納，卻仍一如既往，朝廷內(nèi)外都對(duì)他十分敬畏。
孝明帝神龜二年(519)，元澄逝世，終年五十三歲。朝廷拿出布一千二百匹、錢六十萬、蠟四百斤，作為喪禮的費(fèi)用，并賜給東園制作的葬器、棺材及朝服一套、御衣一件；由大鴻臚監(jiān)辦喪事，下詔命文武百官參加喪禮；贈(zèng)授元澄為假黃鉞、使持節(jié)、都督中外諸軍事、太傅，兼太尉公；給予元澄以特殊的禮遇，依照西晉大司馬、齊王司馬攸的先例，賜給九錫；謚號(hào)稱“文宣王”。元澄下葬時(shí)，儀式極為盛大隆重，胡太后親自送葬到郊外，停下車子痛哭流涕，其悲哀的程度深深打動(dòng)了左右的侍從。文武百官參加葬禮的達(dá)一千余人，莫不唏噓不已。當(dāng)時(shí)認(rèn)為元澄葬禮之隆重，達(dá)到了做臣子的極點(diǎn)。元澄的第四個(gè)兒子元彝繼承了爵位。
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