1966年3月，中國(guó)共產(chǎn)黨和日本共產(chǎn)黨兩黨代表團(tuán)在北京會(huì)談。在磋商兩黨聯(lián)合公報(bào)過(guò)程中，日共堅(jiān)持要求公報(bào)中在批評(píng)蘇聯(lián)共產(chǎn)黨時(shí)不要點(diǎn)名。劉少奇主持政治局常委會(huì)討論后表示可以同意日共的要求。另外還有一件事：蘇共中央來(lái)信邀請(qǐng)中共派代表團(tuán)參加蘇共第二十三次全國(guó)代表大會(huì)，中央政治局常委對(duì)此研究后提出了應(yīng)邀參加、堅(jiān)持原則進(jìn)行斗爭(zhēng)的方案。毛澤東在聽(tīng)取康生（當(dāng)時(shí)任中共中央政治局候補(bǔ)委員、書(shū)記處書(shū)記）對(duì)這兩件事的匯報(bào)后，批評(píng)并否決了政治局常委的這兩個(gè)決定。3月28日，毛澤東在會(huì)見(jiàn)日共宮本顯治時(shí)說(shuō)：“北京的同志和你們搞了個(gè)不痛不癢的文件，我看了就不舒服。”

1966年3月底，毛澤東在上海幾次同康生、江青等人談話，批評(píng)彭真（當(dāng)時(shí)任中共中央政治局委員、書(shū)記處書(shū)記）主持中央文化革命五人小組起草、并經(jīng)政治局常委會(huì)討論同意的《關(guān)于當(dāng)前學(xué)術(shù)討論的匯報(bào)提綱》（即《二月提綱》），說(shuō)這個(gè)提綱混淆階級(jí)界限，不分是非，是錯(cuò)誤的。他說(shuō)：什么吳啥、翦伯贊，是中學(xué)閥，上面還有包庇他們的大黨閥；要支持小將，保護(hù)“孫悟空”，再不支持，就解散五人小組、中央宣傳部、北京市委；我歷來(lái)主張，中央不對(duì)時(shí)，地方攻中央，去年9月工作會(huì)議，專門講了這個(gè)問(wèn)題，如果中央出修正主義，地方要造反。毛澤東還說(shuō)：北京市針插不進(jìn)，水潑不進(jìn)，要解散市委；中宣部是“閻王殿”，要“打倒閻王，解放小鬼”。毛澤東的談話，不只是對(duì)彭真（當(dāng)時(shí)兼任中共北京市委第一書(shū)記、市長(zhǎng)）、陸定一（當(dāng)時(shí)任中共中央政治局候補(bǔ)委員、書(shū)記處書(shū)記、中央宣傳部部長(zhǎng)）的直接批評(píng)，同時(shí)表明他下決心要發(fā)動(dòng)一場(chǎng)清算中央內(nèi)部“修正主義”的革命。

4月10日，林彪、江青合伙搞的《部隊(duì)文藝工作座談會(huì)紀(jì)要》，經(jīng)過(guò)毛澤東審閱修改，作為中共中央文件發(fā)到全黨。4月9日至12日，中央書(shū)記處召開(kāi)會(huì)議傳達(dá)貫徹毛澤東的指示，“關(guān)起門來(lái)統(tǒng)一思想”（康生語(yǔ)）。在會(huì)上，康生、陳伯達(dá)（當(dāng)時(shí)任中共中央政治局候補(bǔ)委員）一起大批彭真在批《海瑞罷官》以來(lái)和歷史上的所謂“一系列嚴(yán)重錯(cuò)誤”。會(huì)議決定，成立以陳伯達(dá)為首的“文化革命文件起草小組”，起草一個(gè)中央通知，批判和撤銷《二月提綱》。4月16日起，毛澤東在杭州召集中央政治局常委擴(kuò)大會(huì)議，用林彪的說(shuō)法，“集中解決彭真的問(wèn)題，揭了蓋子”，并決定撤銷“文化革命五人小組”和《二月提綱》，重新設(shè)立“文化革命小組”。

中央書(shū)記處會(huì)議后，由陳伯達(dá)、康生、江青、張春橋等組成的“文化革命文件起草小組”，集中到上海加緊起草《中國(guó)共產(chǎn)黨中央委員會(huì)通知》?！锻ㄖ返淖畛醺遄又猩袥](méi)有點(diǎn)彭真的名，后來(lái)陳伯達(dá)、康生、江青在修改時(shí)專門加了一段點(diǎn)名批判彭真的話，毛澤東同意了。從4月14日到30日，毛澤東在17天中先后8次審閱修改《通知》稿，并加寫了好幾段重要文字?！拔幕锩募鸩菪〗M”對(duì)《通知》的形成起了至關(guān)重要的作用。毛澤東4月下旬在杭州對(duì)“起草小組”的人說(shuō)過(guò)這樣的話：也沒(méi)有想到你們寫這樣一個(gè)通知，以后我又逐次增加修改，你們新增加的一段，點(diǎn)了名，這一段加得好，不點(diǎn)名是無(wú)頭告示；原來(lái)也沒(méi)有想到要你們來(lái)開(kāi)會(huì)，以后常委、你們和大區(qū)來(lái)開(kāi)會(huì)，事情就揭開(kāi)了。

劉少奇于3月25日至4月19日出訪巴基斯坦、阿富汗、緬甸。這期間發(fā)生了上面所說(shuō)的一系列重要事件，他都不知道。4月20日他出訪回國(guó)后，立即從昆明趕到杭州，參加毛澤東召集的政治局常委擴(kuò)大會(huì)議。這時(shí)會(huì)議已近尾聲，彭真已被點(diǎn)名批判，《中國(guó)共產(chǎn)黨中央委員會(huì)通知》（因這個(gè)《通知》后來(lái)在1966年5月16日中央政治局?jǐn)U大會(huì)議上通過(guò)，所以簡(jiǎn)稱《五·一六通知》）已由毛澤東修改定稿，“中央文革小組”的人選也已確定，只待提交5月政治局?jǐn)U大會(huì)議通過(guò)。

中共中央政治局?jǐn)U大會(huì)議于1966年5月4日在北京召開(kāi)。這時(shí)毛澤東仍在杭州，依慣例，會(huì)議由劉少奇主持。會(huì)議議程是按照杭州會(huì)議的部署進(jìn)行的。會(huì)上情況由康生向毛澤東請(qǐng)示匯報(bào)。這種做法和以往不同。劉少奇以前曾多次主持中央高層會(huì)議討論重大問(wèn)題，都是由他本人直接向毛澤東報(bào)告情況的。

劉少奇是努力按照4月杭州會(huì)議和毛澤東的一系列指示精神主持這次會(huì)議的?？梢悦黠@看出他相當(dāng)被動(dòng)。由于彭真已被點(diǎn)名批判，免職勢(shì)在必行。5月4日，彭真向劉少奇、鄧小平提出，北京市的工作他今后不管了。劉少奇、鄧小平當(dāng)然只有同意，并決定由李雪峰（當(dāng)時(shí)任中央書(shū)記處書(shū)記兼華北局第一書(shū)記）代理北京市委第一書(shū)記。羅瑞卿（原任中共中央書(shū)記處書(shū)記、中央軍委秘書(shū)長(zhǎng)、解放軍總參謀長(zhǎng)）、楊尚昆（原任中共中央書(shū)記處候補(bǔ)書(shū)記、中央辦公廳主任）、陸定一則在彭真之前就挨批挨整，實(shí)際上已經(jīng)停職，會(huì)上只不過(guò)補(bǔ)辦了一個(gè)把他們撤銷職務(wù)的組織手續(xù)。提交會(huì)議的《中國(guó)共產(chǎn)黨中央委員會(huì)通知》草案，在5月16日通過(guò)時(shí)一字未改。本來(lái)在會(huì)議討論中也有人提了一些意見(jiàn)，主要是文字方面的意見(jiàn)，但陳伯達(dá)、張春橋等借口毛澤東已審定而堅(jiān)持不讓改，所以最后還是原封不動(dòng)地付諸通過(guò)。劉少奇或許感到這是一種黨內(nèi)生活不正常的表現(xiàn)，卻又無(wú)可奈何。他在文件通過(guò)時(shí)說(shuō)了這樣幾句話：“開(kāi)政治局?jǐn)U大會(huì)議叫大家討論，提了意見(jiàn)不改，連幾個(gè)字都不能改，這不是獨(dú)斷專行嗎？這不是不符合民主集中制嗎？我原來(lái)考慮過(guò)改一點(diǎn)，大家意見(jiàn)還是不改好，不如原來(lái)的好?！?