診斷主要根據(jù)病歷紀(jì)錄、病理學(xué)檢查以及攝影圖像（例如X光），但感染癥最主要的診斷工具還是微生物培養(yǎng)。在培養(yǎng)基中提供適當(dāng)物質(zhì)，并置入患者檢體樣本培養(yǎng)，常用來(lái)診斷葡萄球菌或鏈球菌的細(xì)菌性感染。部分病媒無(wú)法被人工培養(yǎng)，尤其是多數(shù)病毒和鉤端螺旋體。過(guò)去已發(fā)展出利用血清學(xué)標(biāo)記物檢查患者，甚至包括運(yùn)用抗體作為檢查方式之一。更新的技術(shù)可直接使用血液或分泌物中所含病毒或病原相關(guān)蛋白質(zhì)等，作聚合酶連鎖反應(yīng)，不僅檢驗(yàn)速度快，準(zhǔn)確率亦大幅提升。

1．鑒別病原

過(guò)去根據(jù)柯霍氏法則的驗(yàn)證程序，可以大致確認(rèn)疾病的病原是否具有傳染性，這個(gè)法則成功地驗(yàn)證結(jié)核分支桿菌為結(jié)核病的病原；但在許多情況下這個(gè)法則無(wú)法如期運(yùn)作。

2．確認(rèn)流行范圍

流行病學(xué)的發(fā)展對(duì)族群中的疾病研究也相當(dāng)重要，當(dāng)傳染病爆發(fā)時(shí)，必須仔細(xì)細(xì)分事件為偶發(fā)性（sporadic）、地方病、流行病、大流行，以利醫(yī)療團(tuán)隊(duì)、公共衛(wèi)生部門(mén)采取適當(dāng)?shù)膽?yīng)對(duì)措施。

當(dāng)檢驗(yàn)結(jié)果為陽(yáng)性，必須盡快了解該種病原性的微生物對(duì)藥物的敏感度或是抗藥性（antibiotic resistance）以決定對(duì)患者施用抗生素的種類(lèi)和劑量，依據(jù)抗藥型（antibiogram）給予患者最有利的治療方式，可減少?gòu)V效抗生素（broad-spectrum antibiotic）的使用，進(jìn)而減少可能產(chǎn)生之抗藥性。