哈利沒有聽從多比的勸告。在一場決斗課程練習(xí)中，他與馬爾福正面對壘，面對馬爾福放出的蛇，他鬼使神差地發(fā)出了一種連自己都不知道的語言—蛇語，而這種語言正是薩拉查·斯萊特林本人“最著名的特點(diǎn)”，這下，全校人包括他自己都認(rèn)為—他，哈利，是斯萊特林的“曾曾曾曾孫什么的”，他就是能打開密室的斯萊特林的傳人。

神秘的細(xì)語和襲擊事件沒有停止，又一名同學(xué)和幽靈被石化，而哈利卻不幸第一個站在了案發(fā)現(xiàn)場。皮皮鬼迅速把這一消息散播出去，無數(shù)流言圍繞在他周圍，同學(xué)們開始對他感到畏懼，而他自己卻對此感到無法理解，他還是認(rèn)為這一切都是馬爾福的惡作劇，是馬爾福為了驅(qū)逐非純血統(tǒng)巫師并把他攆走而使用的伎倆。赫敏在幽靈桃金娘經(jīng)常出沒的盥洗室里煉制出一種極其復(fù)雜的、能令人變身的復(fù)方湯劑，他和羅恩利用它調(diào)查出密室事件與馬爾福確實(shí)沒有關(guān)系。絕望之下，哈利撿到了一本屬于里德爾的濕乎乎的日記本，透過這本仿佛注有生命的日記，他回到在鄧布利多還沒接任校長、日記本主人里德爾還在就讀六年級的五十年前，他驚訝地發(fā)現(xiàn)當(dāng)年竟然是海格打開密室并放出了怪物，海格也正是因?yàn)檫@個原因而被開除。

襲擊在防備森嚴(yán)的學(xué)校里再度發(fā)生，這一次，受害者竟成了他最要好的朋友—赫敏。魔法部決定撤銷鄧布利多的校長職位并帶走海格，霍格沃茨像五十年前一樣面臨即將關(guān)閉的危機(jī)。哈利依照海格“跟著蜘蛛走”的囑咐，與羅恩夜闖禁林，他們向海格當(dāng)年贍養(yǎng)的怪物—巨蜘蛛阿拉戈克求證，得知海格也是無辜的受害者。線索似乎又?jǐn)嗔?，連最有可能查清真相的赫敏此刻也一動不動地躺在校醫(yī)室，沒有人能再幫助他，除了五十年前見過兇手真面目的死人。至此，襲擊事件似乎在鄧布利多離校后瀕臨失控，金妮的失蹤和墻上的血字使羅恩幾乎崩潰。通過桃金娘，哈利終于找到了密室的入口，他用蛇佬腔打開密室，并與羅恩把打算襲擊他們的洛哈特趕進(jìn)密室，洛哈特企圖再次襲擊他們，卻無意中把隧道頂炸塌，羅恩不得不被隔在密室的入口處。這一次，依舊只有哈利一個人面對眼前生死未卜的挑戰(zhàn)。

在密室里，他發(fā)現(xiàn)了奄奄一息的金妮和日記本的主人：湯姆·里德爾，年輕時代的伏地魔。哈利被告知十一歲的金妮已經(jīng)暗戀他一年之久，被告知伏地魔在這一年里曾數(shù)次以幽靈般的姿態(tài)附著在金妮身上，金妮被命令去掐死公雞、去用血在墻上寫字，甚至打開了密室放出蛇怪，而金妮自己的生命也正在慢慢地被伏地魔蠶食。必須救出金妮的決心戰(zhàn)勝了哈利內(nèi)心的恐懼，這一剎那在勇氣的驅(qū)使下他拔出了格蘭芬多寶劍并用它殺死蛇怪。鳳凰?？怂沟难蹨I拯救了他垂死的生命，他用手中的毒牙刺穿日記從而拯救下金妮的性命，他二年級的學(xué)習(xí)生涯也在赫敏恢復(fù)神志和為家養(yǎng)小精靈多比爭取到自由的愉快氛圍下告終。

然而，在三年級尚未開學(xué)時，他意識到自己又犯了個足以讓他被開除的、不可饒恕的過失—他在憤怒之下把弗農(nóng)姨父的姐姐瑪姬吹得像氫氣球一樣，還飛上了天。哈利知道自己一定被開除了，但他受夠了，哪怕他在被開除后無家可歸，他也無法繼續(xù)待在德思禮家，聽他們那些對自己的愚蠢評價(jià)。他癱在矮墻上，身旁是沉重的衣箱和海德薇的籠子。他發(fā)現(xiàn)似乎有誰在黑暗的胡同里偷偷監(jiān)視他，但這一切都并不重要，重要的是他發(fā)現(xiàn)自己并非無家可歸，事實(shí)上連魔法部長福吉本人也認(rèn)為“我們不會僅僅為了人們吹脹姑媽就把他們送到阿茲卡班去的”。哈利僥幸逃過一劫，盡管事后他才從韋斯萊先生口中得知從阿茲卡班越獄的食死徒小天狼星正打算闖進(jìn)霍格沃茨殺死他，從而幫助失勢的主人伏地魔重返人間。

在返回霍格沃茨的列車上，萊姆斯·盧平趕走了對哈利產(chǎn)生興趣的可怕生物攝魂怪，哈利也因而認(rèn)識了這個面帶病容、穿著破舊的新黑魔法防御術(shù)課老師。在開學(xué)宴會上，哈利獲悉他的大個子朋友海格被榮升為保護(hù)神奇生物課老師，盡管他對此感到非常高興，但比起容易受傷的保護(hù)神奇生物課和在特里勞妮教授的占卜課上沒完沒了地預(yù)言死亡，盧平教授的課顯然是學(xué)校眾多課程中最受歡迎的。由于吹脹了瑪姬姑媽，他沒能拿到弗農(nóng)姨父批準(zhǔn)他前去霍格莫德的同意表，萬圣節(jié)當(dāng)天，他只能落寞地待在學(xué)校，眼巴巴看著同學(xué)們都獲準(zhǔn)前往霍格莫德村度過一個愉快的周末，他的心情一整天都極度低落，直到在萬圣節(jié)的晚宴上看到了取之不盡的精美食物。但他的好心情并沒能維持多久，小天狼星蠻橫地闖入與逃脫使得整個萬圣節(jié)夜晚都充斥著濃重的死亡氣息。然后，一場濕淋淋、冷颼颼且極度混亂的魁地奇比賽接踵而至。哈利被上百個觀賽的攝魂怪所影響，在母親凄厲的尖叫和伏地魔刺耳的大笑聲里，哈利從五十英尺高的空中摔下掃帚，而他心愛的光輪2000也被打人柳折斷，變成碎片。沒有什么能比這些更令他沮喪的了，他決定請求盧平教授為他單獨(dú)做輔導(dǎo)，傳授他能驅(qū)趕攝魂怪的守護(hù)神咒。

在上半學(xué)期的最后一個周末，同學(xué)們獲準(zhǔn)再到霍格莫德村一次，他仍然只能落寞地守在格蘭芬多塔樓，眼睜睜看著大家興高采烈地從費(fèi)爾奇兇神惡煞的目光前經(jīng)過。然而，他在這個異常安靜的圣誕節(jié)前夕收到了一份珍貴的圣誕禮物：活點(diǎn)地圖。通過它，他發(fā)現(xiàn)了一條可以通往霍格莫德村的密道，于是他披上隱身衣，悄悄地爬往霍格莫德。在這兒，哈利發(fā)現(xiàn)了一個與自己有關(guān)的秘密：正在追殺他的小天狼星曾是父親詹姆最信任的朋友，并且還是他哈利的教父，詹姆對小天狼星的信任“超過對其他所有朋友的信任”，但小天狼星卻出賣了這個曾經(jīng)最好的朋友，在伏地魔殺死詹姆夫婦后，小天狼星還引起一場大爆炸，從而炸死了十三名麻瓜和另一個朋友蟲尾巴。

哈利無法面對這一噩耗，他萌生出要與小天狼星同歸于盡的可怕想法。圣誕節(jié)過后，他獲準(zhǔn)跟隨盧平教授學(xué)習(xí)守護(hù)神咒，面對博格特變成的攝魂怪，他一次次聽見父母臨死前的掙扎，再一次次陷入昏迷。守護(hù)神咒對他而言實(shí)在太難太難了，他無法捕捉到足以克制住父母臨死前慘叫的快樂記憶，在那一聲聲凄厲的尖叫中他只能看見一道銀色影子“從他的魔杖末端射了出去”，但這已經(jīng)足夠使他可以穩(wěn)穩(wěn)地騎在掃帚上不再輕易受攝魂怪影響了。于是在學(xué)期末臨近之前，他終于為格蘭芬多贏得了闊別已久的魁地奇杯。格蘭芬多都不由得沉醉在這巨大的歡喜里，然而卻在此時，海格心愛的鷹頭馬身有翼獸巴克比克卻因致傷馬爾福而被魔法部判處死刑。當(dāng)他與伙伴們披上隱身衣前往海格小屋時，他們意外地發(fā)現(xiàn)失蹤多日的老耗子斑斑竟躲藏在海格小屋里。在追捕斑斑的過程中，羅恩被突然而至的黑色大狗拖進(jìn)了打人柳下的樹洞。哈利沒有選擇，他必須把羅恩從那條足以吃掉他的大狗嘴里救出來。他與赫敏拖著被打人柳打得傷痕累累的身軀爬進(jìn)樹洞，并通過它來到了霍格莫德著名的尖叫棚屋，他很快發(fā)現(xiàn)，拖走羅恩的并不是一條真正的大狗，而是曾經(jīng)令他恨之入骨的叛徒小天狼星·布萊克。