那時全國實行科舉制度，讀書人從小在“私塾”、“家館”熟讀《四書》《五經》，練習八股文和試帖詩，辛苦應試，僥幸取得秀才、舉人的頭銜，以提高社會地位。所謂“出路”就是讀書做官。傳統(tǒng)教育主要是“州學”、“府學”、“縣學”以及“書院”。周豫才想出外求學，家里卻出不起錢，因為家境實在困難，只能進公費的洋務學堂了。新式的洋務學堂寥寥無幾，只有天津的北洋水師學堂、武昌的自強學堂、南京的江南水師學堂和陸師學堂、福州的福建船政學堂等處，都是官費供給。

正好來了個機會，南京江南水師學堂有一位本家叔祖，在那里當“管輪堂”監(jiān)督（即輪機科舍監(jiān)）。

戊戌年（1898）周豫才17歲時，母親魯瑞變賣首飾籌集8塊銀圓的路費（當時1塊銀圓約相當于百年后人民幣400元），供他到南京考入江南水師學堂，免學費、膳費，每月還有少量津貼。周豫才到南京去投奔本家叔祖，暫住在他的后房。

可是這位“管輪堂”監(jiān)督有點頑固，他雖然以舉人資格擔任了這個差使，但總覺得子弟進學堂“當兵”不大好，至少不宜拿出家譜上的本名來，因此就給他改了名字“樹人”，出于“百年樹人”的典故。周樹人于戊戌年（1898）閏三月經過杭州往南京，十七日到達，目的是進江南水師學堂。四月中考取了試讀生，3個月后正式補了三班。

除了學費、膳費全免以外，實習期3個月內有津貼300文（相當于3角銀洋，即今人民幣60元），以后逐漸增加，第一年有2兩銀子（當時1兩＝1000文）。約合1995年人民幣200元、2010年人民幣400元。這比首都的京師大學堂或同文館待遇要低一些。

據(jù)《朝花夕拾》上所說，每月可得津貼銀叫做“贍銀”。水師學堂系用英文教授，需要九年才得畢業(yè)，前后分作三段，稱為三班，每三年升一級，由二班以至頭班。周樹人在那里總覺得不大合適，可是無法形容出來，“現(xiàn)在是發(fā)現(xiàn)了大致相近的字眼了，烏煙瘴氣，庶幾乎其可也”。后來他從水師學堂退學，改入陸師學堂附設的礦路（礦務鐵路）學堂，仍用“周樹人”這個名字。

轉入礦路學堂以后，1902年1月畢業(yè)。在這期間有一件值得注意的事，就是他從微薄的津貼中用500文（5角錢）買了一本嚴復譯述的《天演論》。