在暴動發(fā)生后的第二天，蘇聯(lián)駐伊寧領(lǐng)事派人同當(dāng)?shù)亟夥沤M織領(lǐng)導(dǎo)人接洽，商討成立“東土耳其斯坦共和國”，還就政府組成人員進(jìn)行了討論。11月12日，伊寧解放組織宣布成立“東土耳其斯坦共和國”。

伊寧暴動發(fā)生之后，國民黨新疆當(dāng)局立刻意識到問題的關(guān)鍵在于蘇聯(lián)。新疆軍政首腦朱紹良、吳忠信于11月11日聯(lián)名致信蔣介石：以目前情勢而言，對蘇外交如無徹底調(diào)整辦法，則如伊犁事件，自必層出不窮，新疆前途亦將日趨惡化。國民黨新疆外交特派員劉澤榮也有同感，他說：新疆省的叛亂，“不是一個低級官員所能談判解決的。這些問題必須在莫斯科與蘇俄政府直接談判?！笔Y介石自然也感到了問題的嚴(yán)重性，他一方面作出軍事部署，另一方面指示新疆當(dāng)局立即同蘇聯(lián)方面進(jìn)行交涉，只要能夠保全領(lǐng)土和主權(quán)，可以在經(jīng)濟(jì)合作問題上盡量遷就。

然而，蔣介石擔(dān)心的事情還是發(fā)生了。1945年1月5日，“東土耳其斯坦共和國”宣布脫離中國而獨(dú)立。由于美國不希望中蘇之間發(fā)生任何沖突，1月29日，蔣介石只好在日記中寫道：新疆，如果俄國侵略方針不放棄，則我只有待對日戰(zhàn)事結(jié)束后再求得總解決。但迪化、吐魯番、馬蓍、哈密必須固守，以為將來恢復(fù)全疆之根據(jù)。

難道蘇聯(lián)真的要把新疆從中國分離出去嗎？從當(dāng)時內(nèi)部和外部環(huán)境來看，蘇聯(lián)這樣做的顧慮很多。就蘇聯(lián)國內(nèi)情況而言，同新疆接壤的加盟共和國主要以少數(shù)民族為主，如哈薩克、吉爾吉斯和塔吉克，這些共和國的主體民族與新疆少數(shù)民族存在著宗教、種族，乃至血緣上的聯(lián)系?？上攵谶@種情況下，如果蘇聯(lián)支持在這些共和國身邊站立起一個獨(dú)立的民族國家，會對本國少數(shù)民族產(chǎn)生什么樣的影響，他們會不會也提出同樣的要求？就國際環(huán)境來看，蘇聯(lián)同中國的關(guān)系既然受日本的牽制，也就不得不考慮美國在亞洲的利益。因此，從國際形勢發(fā)展的大趨勢以及處理戰(zhàn)后世界格局總體原則出發(fā)，蘇聯(lián)需要的是同中國保持友好關(guān)系，而不是為了新疆問題同中國對立。莫斯科只是利用新疆的民族矛盾作為實現(xiàn)蘇聯(lián)在華利益的一種手段。