毛澤東及國(guó)民黨中央土地委員會(huì)提出的許多解決農(nóng)民問(wèn)題的建議，由于種種原因，大都沒(méi)有實(shí)施。同時(shí)，身為中共中央農(nóng)委書(shū)記，毛澤東還給中共中央寫(xiě)了工作報(bào)告，提出建議，但遭到陳獨(dú)秀的拒絕。

盡管如此，在大革命高潮中的農(nóng)民運(yùn)動(dòng)還是得到迅猛發(fā)展。為此，1927年3月27日，國(guó)民黨中央農(nóng)民部農(nóng)民運(yùn)動(dòng)委員會(huì)召開(kāi)擴(kuò)大會(huì)議，將籌組全國(guó)農(nóng)民協(xié)會(huì)列入農(nóng)民部的工作計(jì)劃，以“統(tǒng)一全國(guó)革命的農(nóng)民之行動(dòng)”。3月30日，湘鄂贛豫四省農(nóng)協(xié)代表在湖北農(nóng)協(xié)開(kāi)會(huì)。會(huì)議推舉13人組成全國(guó)臨時(shí)農(nóng)協(xié)執(zhí)委會(huì)，其中毛澤東等5人為常委。4月9日，中華全國(guó)農(nóng)民協(xié)會(huì)臨時(shí)執(zhí)行委員會(huì)委員發(fā)表就職通電，宣布“就職視事”，互推鄧演達(dá)為宣傳部長(zhǎng)，毛澤東為組織部長(zhǎng)，彭湃為秘書(shū)長(zhǎng)。由于鄧演達(dá)肩負(fù)國(guó)民革命軍總政治部主任、國(guó)民黨中央農(nóng)民部部長(zhǎng)、湖北省政府主席等重任，全國(guó)農(nóng)協(xié)臨時(shí)執(zhí)委的日常工作主要由毛澤東負(fù)責(zé)。

全國(guó)農(nóng)協(xié)臨時(shí)執(zhí)委會(huì)剛組成，就面臨著嚴(yán)峻的形勢(shì)，反革命勢(shì)力殺氣騰騰，時(shí)局維艱。但全國(guó)農(nóng)協(xié)臨時(shí)執(zhí)委會(huì)在毛澤東的領(lǐng)導(dǎo)下，仍克服重重困難，開(kāi)展工作。他們和國(guó)民黨中央農(nóng)民部、國(guó)民革命軍總政治部聯(lián)合組織了“戰(zhàn)區(qū)農(nóng)民運(yùn)動(dòng)委員會(huì)”，隨第二期北伐的北伐軍進(jìn)入河南，指導(dǎo)戰(zhàn)區(qū)的農(nóng)民運(yùn)動(dòng)；發(fā)布了《對(duì)湘鄂贛三省農(nóng)協(xié)重要訓(xùn)令》、《臨字第四號(hào)訓(xùn)令》等，對(duì)夏斗寅、許克祥相繼叛變革命的情況下如何進(jìn)一步開(kāi)展農(nóng)民運(yùn)動(dòng)，提出了指導(dǎo)性的意見(jiàn)，號(hào)召武裝保衛(wèi)革命。

在全國(guó)農(nóng)協(xié)臨時(shí)執(zhí)委會(huì)指導(dǎo)下，全國(guó)農(nóng)民運(yùn)動(dòng)又有深入的發(fā)展。據(jù)1927年6月武漢政府農(nóng)民部調(diào)查，湖南有農(nóng)協(xié)會(huì)員600余萬(wàn)人，河南24萬(wàn)，湖北250萬(wàn)，陜西70萬(wàn)，廣東70萬(wàn)，江西38萬(wàn)，四川、福建、山西、廣西、安徽、熱河等省農(nóng)協(xié)會(huì)員也日益增多。

毛澤東在主持中共中央農(nóng)民運(yùn)動(dòng)委員會(huì)期間，一身數(shù)任，主持武昌中央農(nóng)民運(yùn)動(dòng)講習(xí)所，擔(dān)任國(guó)民黨中央農(nóng)民部農(nóng)民運(yùn)動(dòng)委員會(huì)常務(wù)委員和國(guó)民黨中央土地委員會(huì)委員，還負(fù)責(zé)全國(guó)農(nóng)協(xié)工作，肩負(fù)著領(lǐng)導(dǎo)全國(guó)農(nóng)民運(yùn)動(dòng)的重任。他為發(fā)展各地農(nóng)會(huì)組織、培訓(xùn)農(nóng)民干部、擴(kuò)大農(nóng)民武裝、建立農(nóng)民革命政權(quán)、著手解決土地問(wèn)題等，付出了巨大而艱苦的勞動(dòng)。

在全國(guó)農(nóng)民運(yùn)動(dòng)蓬勃發(fā)展的重要時(shí)刻和蔣介石集團(tuán)叛賣(mài)革命的危急關(guān)頭，中國(guó)共產(chǎn)黨于4月27日至5月6日在漢口召開(kāi)第五次全國(guó)代表大會(huì)。毛澤東在會(huì)上提出支持農(nóng)民開(kāi)展土地革命，猛烈發(fā)展農(nóng)民武裝，建立農(nóng)民民主自治政權(quán)的提案。但是大會(huì)在陳獨(dú)秀、彭述之把持下，毛澤東的意見(jiàn)沒(méi)有引起大會(huì)注意。中共五大沒(méi)有能夠挽救蔣介石叛變革命后造成的險(xiǎn)惡局勢(shì)。五大后，毛澤東離開(kāi)了中共中央農(nóng)委，由譚平山兼任農(nóng)委書(shū)記。

5月31日，全國(guó)農(nóng)協(xié)及湖北省農(nóng)協(xié)在漢口普海春飯店歡宴太平洋勞動(dòng)會(huì)議代表。毛澤東主持宴會(huì)并致歡迎詞。他說(shuō)：“中國(guó)革命是世界革命的一部分?！边@個(gè)命題在過(guò)去“只能有空洞之口號(hào)，然在今天歡迎會(huì)上已充實(shí)了此口號(hào)的內(nèi)在性?！泵珴蓶|再一次強(qiáng)調(diào)中國(guó)農(nóng)民“是革命進(jìn)程中主要之力量”，無(wú)產(chǎn)階級(jí)是農(nóng)民的領(lǐng)導(dǎo)者，中國(guó)農(nóng)民運(yùn)動(dòng)“深賴(lài)工人運(yùn)動(dòng)之影響與指導(dǎo)，其有益于革命前途，實(shí)在無(wú)可限量?！泵珴蓶|的這一論述對(duì)當(dāng)時(shí)陳獨(dú)秀放棄無(wú)產(chǎn)階級(jí)對(duì)農(nóng)民的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)的主張是針?shù)h相對(duì)的。

6月上旬，湘鄂贛三省都處于白色恐怖中，共產(chǎn)黨員、國(guó)民黨左派、工農(nóng)群眾犧牲者“不下一萬(wàn)數(shù)千人”。毛澤東不顧自己的生命安危，在血雨腥風(fēng)中力挽狂瀾。6月13日，毛澤東出席武漢政府軍事委員會(huì)會(huì)議，討論馬日事變的處理問(wèn)題。他以大量的事實(shí)駁斥“軍工沖突”、“軍農(nóng)沖突”的讕言，澄清事實(shí)真相。他說(shuō)：“馬日事變完全是潛伏在北伐軍隊(duì)伍里的反動(dòng)軍閥策動(dòng)的叛亂，是許克祥的部隊(duì)向湖南省農(nóng)協(xié)進(jìn)攻，向省農(nóng)工會(huì)襲擊，繳工農(nóng)的槍?zhuān)罋⒐まr(nóng)群眾的行動(dòng)?！边@時(shí)武漢政府主張以和平方法解決馬日事變。中共中央在陳獨(dú)秀的把持下，亦采取“農(nóng)軍不得進(jìn)攻長(zhǎng)沙，湖南問(wèn)題靜候武漢國(guó)民政府解決”的方針。對(duì)此，毛澤東非常氣憤。

同日，毛澤東同鄧演達(dá)等以全國(guó)農(nóng)協(xié)臨時(shí)執(zhí)行委員會(huì)的名義，發(fā)出《臨字第四號(hào)訓(xùn)令》，號(hào)召各級(jí)農(nóng)民協(xié)會(huì)一致請(qǐng)求武漢國(guó)民政府，明令保護(hù)工農(nóng)組織及工人糾察隊(duì)和農(nóng)民自衛(wèi)軍，懲辦一切屠殺工農(nóng)、擾亂北伐后方的反動(dòng)派；明令懲辦許克祥等叛軍，解散其“救黨委員會(huì)”，恢復(fù)湖南省農(nóng)協(xié)、省總工會(huì)、國(guó)民黨湖南省黨部；明令禁止江西朱培德部驅(qū)逐共產(chǎn)黨員及工農(nóng)領(lǐng)袖；肅清湖北各縣土豪劣紳、逆軍、土匪，鎮(zhèn)壓蔣介石的奸細(xì)?！坝?xùn)令”還號(hào)召各省農(nóng)協(xié)，努力團(tuán)結(jié)農(nóng)民，嚴(yán)密農(nóng)會(huì)組織，迅速動(dòng)員工農(nóng)武裝，反擊土豪劣紳及反動(dòng)軍隊(duì)的武裝襲擊。

毛澤東還在7月4日中共中央常委擴(kuò)大會(huì)議上提出必須保存武力的主張。他指出：“不保存武力，則將來(lái)一到事變我們即無(wú)辦法”。他還主張“上山”，并預(yù)料上山可造成軍事勢(shì)力的基礎(chǔ)。毛澤東主動(dòng)要求去湖南，組織農(nóng)民，建立武裝，上山建立根據(jù)地。

但是，由于陳獨(dú)秀獨(dú)斷專(zhuān)行，拒不接受正確意見(jiàn)，毛澤東提出的以暴力反對(duì)反革命暴力的主張未能被采納。繼蔣介石4月12日在上海發(fā)動(dòng)反革命政變之后，1927年7月15日，汪精衛(wèi)也公開(kāi)叛變革命，提出“寧可枉殺一千人，不可使一個(gè)漏網(wǎng)”的血腥口號(hào)，開(kāi)始進(jìn)行瘋狂的大屠殺。至此，轟轟烈烈的大革命陷于失敗。