1638年，哈佛學(xué)院的正式開學(xué)，共有9名學(xué)生和1位主管。1640年，亨利·鄧斯特被哈佛監(jiān)理會(huì)任命為第一任校長(zhǎng)。創(chuàng)建初期的學(xué)生，每天早晨5點(diǎn)鐘起床，晚上10點(diǎn)鐘睡覺，每天除了上課、祈禱、自修和吃飯以外，僅休息1個(gè)小時(shí)。他們沒有音樂會(huì)、戲劇、報(bào)紙、游戲等娛樂，他們與修道院內(nèi)修道的神甫一樣，生活異常清貧、枯燥無(wú)味。但是，就在1642年畢業(yè)的9名學(xué)生當(dāng)中，卻出現(xiàn)了6個(gè)在新大陸的和歐洲的歷史上留下了他們足跡的人物。

探索時(shí)代：擺脫教會(huì)束縛，追求教學(xué)自由

萊瓦萊特1680年畢業(yè)于哈佛，在母校當(dāng)了15年輔導(dǎo)員后，便從事了10余年的律師及法官職務(wù)。1708年，約翰·萊瓦萊特成為哈佛第一位非神職人員的校長(zhǎng)，就職典禮的那天，自由派們興高采烈。當(dāng)時(shí)的省長(zhǎng)也是哈佛的校友，他親執(zhí)萊瓦萊特的手，并肩步入大廳，來(lái)到存放有鑰匙、憲章、大印、記錄的桌子旁。監(jiān)理會(huì)代表、省長(zhǎng)及各方面要人先后用拉丁語(yǔ)發(fā)表演說(shuō)，然后眾人齊唱圣歌。

按照1650年哈佛憲章，哈佛法人由校長(zhǎng)、財(cái)務(wù)和學(xué)校的輔導(dǎo)員3個(gè)團(tuán)體組成。1716-1717年間，法人團(tuán)團(tuán)員相繼因病去世，這3個(gè)空位必須由哈佛的其他輔導(dǎo)員填充，但補(bǔ)充進(jìn)去的卻是3個(gè)自由派牧師。雖然有人為此事與萊瓦萊特爭(zhēng)執(zhí)，但大局已定，從此以后，哈佛的法人團(tuán)便開始了由一個(gè)校內(nèi)人士自主治理的團(tuán)體，逐漸地向校外人士組成的董事會(huì)轉(zhuǎn)化。

哈佛學(xué)院自由派力量的增強(qiáng)，最終從內(nèi)部推動(dòng)了哈佛貼近現(xiàn)實(shí)，朝世俗化、獨(dú)立性和自由性的方向發(fā)展。17世紀(jì)末發(fā)生的一些情況則從外部影響了哈佛，催促哈佛學(xué)院大刀闊斧地進(jìn)行改革，以充分確保自己的學(xué)術(shù)獨(dú)立地位。

1639年，北美又出現(xiàn)了一所高等學(xué)府-威廉和瑪麗學(xué)院宣告成立；1701年耶魯學(xué)院誕生。這兩所學(xué)院的出現(xiàn)，有著雙重的影響：一方面來(lái)說(shuō)是對(duì)哈佛所從事的教育事業(yè)的支持，因?yàn)樗辛送啡恕５珡牧硪粋€(gè)角度來(lái)說(shuō)，哈佛由于他們的存在而開始面臨競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手，因而無(wú)形之中增加了不少壓力。顯然，有了這兩所學(xué)校，哈佛不再可以墨守成規(guī)、安于現(xiàn)狀，而必須銳意進(jìn)取、改革創(chuàng)新。

從1642年哈佛大學(xué)第一批大學(xué)生畢業(yè)，到1689年建校近半個(gè)世紀(jì)里，哈佛大學(xué)共有388名學(xué)子畢業(yè)，其中從事神職的有約180人。但自萊瓦萊特作為第一位非神職人員擔(dān)任校長(zhǎng)后，這種狀況得到了控制，神職人員開始減少了。1927年哈佛接受一位回教徒的捐贈(zèng)，從而設(shè)立了哈佛第一位教授職位，開創(chuàng)了大學(xué)教師這一職業(yè)。這一舉措令學(xué)生們歡欣鼓舞。

1691年，在絕大多數(shù)地方，王權(quán)結(jié)束了清教徒僧侶的統(tǒng)治，但是，哈佛卻是個(gè)例外，那里依舊保有濃厚的清教徒痕跡，這種痕跡一直保留到19世紀(jì)初。1806年，法人團(tuán)選擇了傾向一位神論的數(shù)學(xué)主教授當(dāng)?shù)?3任校長(zhǎng)，在此期間，信奉天主教、猶太教的學(xué)生開始在哈佛讀書。到1820年，哈佛的學(xué)生已經(jīng)有近三成來(lái)自新英格蘭以外的地區(qū)。1843年，通過(guò)不斷努力，哈佛廢除了“監(jiān)理會(huì)的牧師成員必須是來(lái)自公理會(huì)”的規(guī)定。8年以后，牧師在監(jiān)理會(huì)的席位被完全取締了。

哈佛在通過(guò)努力擺脫宗教主義陰影的同時(shí)，也在同當(dāng)?shù)氐恼诌M(jìn)行了激烈的斗爭(zhēng)。通過(guò)不斷的努力，1851年，它將政府官員在監(jiān)理會(huì)的席位限制在5席，到1865年，政府官員被徹底趕出了監(jiān)理會(huì)，30名監(jiān)理全部由哈佛校友選舉產(chǎn)生。就這樣，哈佛在教會(huì)和政治的操控下，慢慢地金蟬脫殼，演變成一所名副其實(shí)的、學(xué)術(shù)獨(dú)立的私立大學(xué)。