1794年，美英關(guān)系出現(xiàn)嚴(yán)重危機(jī)。聯(lián)邦黨人不愿看到美英走向戰(zhàn)爭(zhēng)，遂說(shuō)服華盛頓派遣約翰·杰伊赴倫敦談判。倫道夫贊同談判，但他認(rèn)為必須在使團(tuán)的使命中加入關(guān)于爭(zhēng)取俄國(guó)、瑞典和丹麥執(zhí)行武裝中立原則的內(nèi)容。這一要求被接受。1794年11月美國(guó)與英國(guó)簽訂了《杰伊條約》。根據(jù)條約英國(guó)做了讓步：在1796年7月前交出所占據(jù)的美國(guó)西北邊境要塞，允許美國(guó)小型船只對(duì)英屬西印度群島進(jìn)行貿(mào)易。條約使美國(guó)贏得了寶貴的和平，但付出的代價(jià)也是巨大的：美國(guó)船只不得載運(yùn)英屬西印度的主要產(chǎn)品，盡快處理償還戰(zhàn)前美國(guó)人欠英國(guó)人的債務(wù)問(wèn)題，給英國(guó)最惠國(guó)待遇，沒(méi)有解決英海軍強(qiáng)征美國(guó)海員等問(wèn)題。因此許多人認(rèn)為它損害了國(guó)家的利益。

《杰伊條約》在國(guó)內(nèi)引起了極其劇烈的斗爭(zhēng)，許多人認(rèn)為它損害了美國(guó)的國(guó)家利益，損害了革命時(shí)期奠定的美法友誼，是對(duì)英國(guó)國(guó)王的可恥的屈服。一些學(xué)者認(rèn)為，這場(chǎng)爭(zhēng)論很難說(shuō)是一場(chǎng)原則之爭(zhēng)，更多地與人們的不同利益和對(duì)事情的不同認(rèn)識(shí)有關(guān)，并摻雜著意氣用事和強(qiáng)烈的黨派精神。在一片激烈的反對(duì)聲中，倫道夫勸華盛頓總統(tǒng)暫緩簽署它。起初，華盛頓接受了這一主張，但事情后來(lái)發(fā)生了逆轉(zhuǎn)。

1795年3月，英海軍截獲了法國(guó)駐美公使富歇的一封公文，公文中說(shuō)倫道夫與富歇之間有一筆金錢(qián)交易，而倫道夫接受的金錢(qián)則被用于國(guó)內(nèi)的黨爭(zhēng)。這個(gè)顯然被人篡改過(guò)的公文輾轉(zhuǎn)傳到華盛頓手中，華盛頓據(jù)此斷定倫道夫領(lǐng)取了法國(guó)的傭金，由此而耽擱了《杰伊條約》的簽署。在與華盛頓的對(duì)質(zhì)中，倫道夫竭力進(jìn)行辯護(hù)，但無(wú)濟(jì)于事。從目前掌握的材料來(lái)看，判定倫道夫有罪證據(jù)不足，但由于倫道夫進(jìn)入內(nèi)閣主要是基于華盛頓的友誼，如今這種關(guān)系破裂了，他不得不辭去國(guó)務(wù)卿職務(wù)。也有歷史學(xué)家認(rèn)為，這一事件是聯(lián)邦黨人與英國(guó)人玩弄的一場(chǎng)政治陰謀。

后來(lái)，倫道夫在紐波特找到富歇，富歇發(fā)表了一個(gè)公開(kāi)聲明，否認(rèn)倫道夫與他有交易，也否認(rèn)自己在那份公文中有意敗壞倫道夫。而后，倫道夫?qū)懥艘黄q護(hù)文章，以澄清事實(shí)。為了撰寫(xiě)這份文件，他幾次寫(xiě)信，要求華盛頓為他提供必要的材料，華盛頓均給以簡(jiǎn)要答復(fù)——看來(lái)，兩人在革命時(shí)期結(jié)下的戰(zhàn)斗友誼已經(jīng)化為烏有。面對(duì)華盛頓的冷漠，倫道夫感到無(wú)奈而憤怒。

離開(kāi)公職后，倫道夫心灰意冷，回到家鄉(xiāng)弗吉尼亞與兒孫們生活在一起。他一面著書(shū)立說(shuō)，一面重操律師業(yè)務(wù)，在極度失意之中度其余生。在晚年所寫(xiě)的著作中，倫道夫全面闡述了他的政治理想和治國(guó)方略，也有一部分內(nèi)容是對(duì)美國(guó)革命和建國(guó)的歷史回顧，書(shū)中表達(dá)了他對(duì)政壇失意的憤憤不平。

1813年9月13日，埃德蒙·倫道夫病逝，享年六十歲。