杰斐遜在任職之初希望把注意力放在國內(nèi)建設(shè)方面，但實(shí)際上，對外事務(wù)牽扯了他相當(dāng)大的精力，特別是在他的第二任期內(nèi)。

在國際上，英法爭端日趨激烈，兩國不斷侵犯美國的中立權(quán)——英國強(qiáng)征美國水手服役，據(jù)統(tǒng)計(jì)，大約有五千個(gè)美國人被強(qiáng)征，而法國則扣壓美國的船只。1807年發(fā)生的“切薩皮克號”遭襲事件更加劇了公海上的緊張局勢，同時(shí)也加強(qiáng)了國內(nèi)主戰(zhàn)派的力量。杰斐遜后來回憶時(shí)指出：“是這一事件將戰(zhàn)爭提上了日程?！钡藭r(shí)杰斐遜主要是想用戰(zhàn)爭危險(xiǎn)迫使英國人做出讓步。為了維護(hù)美國的國家利益，杰斐遜簽署了《禁運(yùn)法》，中斷了與國外的貿(mào)易聯(lián)系。杰斐遜實(shí)施《禁運(yùn)法》的另一個(gè)目的是想讓歐洲人感覺到，美國正在為戰(zhàn)爭做準(zhǔn)備，從而有所讓步。這一政策使國家經(jīng)濟(jì)蒙受了損失，為許多人所抱怨，并招致反對黨的惡意攻擊，雖然達(dá)到了避免戰(zhàn)爭的目的，但聯(lián)邦政府承擔(dān)了沉重的壓力。

1807年3月，杰斐遜簽署了禁止奴隸貿(mào)易的法令——這是他多年試圖完成的一項(xiàng)工作，但此法令未得到全國認(rèn)真貫徹。

1808年大選時(shí)，杰斐遜拒絕了所有讓他連任的懇求，向選民力薦他忠實(shí)的戰(zhàn)友和學(xué)生麥迪遜作為他的政治繼承人。當(dāng)獲悉麥迪遜在大選中獲勝時(shí)，他感到由衷的欣慰和如釋重負(fù)。

蒙蒂賽洛的隱士 杰斐遜的晚年是在蒙蒂賽洛莊園度過的，親自經(jīng)營他的農(nóng)場，進(jìn)行農(nóng)作方面的試驗(yàn)和改良。作為一個(gè)思想家和教育家，他終日與書籍為伴，也研究自然科學(xué)，偶爾還搞點(diǎn)發(fā)明創(chuàng)造。但他并未與世隔絕，通過大量的信件，他與各界友人保持著密切的聯(lián)系，經(jīng)常接待各方賓朋。經(jīng)過通信，他恢復(fù)了與約翰·亞當(dāng)斯中斷多年的友誼，兩人在書信中談古論今，回首往事，成為他晚年的一件樂事。

杰斐遜始終認(rèn)為，書籍是人類的良師益友。當(dāng)他得知國會圖書館在第二次獨(dú)立戰(zhàn)爭中被燒毀時(shí)痛心疾首，遂決定把自己的藏書獻(xiàn)給政府。杰斐遜寶貴的藏書在重建國會圖書館時(shí)起了重要的作用。

杰斐遜還以極大的熱情關(guān)注教育事業(yè)的發(fā)展。在多年研究的基礎(chǔ)上，他制定了一套極為系統(tǒng)的教育制度，該制度充分體現(xiàn)了杰斐遜的教育理念和民主主義思想，對美國的教育體制和教育事業(yè)的發(fā)展產(chǎn)生了深遠(yuǎn)的影響。

1816年開始，他著手創(chuàng)辦弗吉尼亞大學(xué)，從籌措經(jīng)費(fèi)、繪制藍(lán)圖，到制訂教學(xué)計(jì)劃、聘請學(xué)者，他事必躬親，并擔(dān)任了首任校長。這座被杰斐遜視為他一生中最重要的創(chuàng)建學(xué)校之一，如今已成為美國著名的高等學(xué)府，為國家輸送了大量高級專門人才。

在晚年，蒙蒂賽洛似乎成了一塊圣地，不斷有人從各個(gè)地方前來拜訪這位年邁的先賢，其中有他的朋友、老同事、政府官員、國會議員和外國友人等，也有不少是拿著介紹信來的陌生人。杰斐遜很喜歡這種會見，并熱情地款待四方賓朋，這種慷慨的待客活動(dòng)消耗掉了大量的資源和錢財(cái)，杰斐遜的經(jīng)濟(jì)收入不斷下降。但是，他的好客精神似乎從未減弱。

杰斐遜非常重視對子孫后代的教育，不僅為他們提供良好的學(xué)習(xí)環(huán)境，用自己的道德觀念教導(dǎo)他們，還經(jīng)常與孩子們同樂，周詳?shù)剡^問他們的飲食起居。

1826年6月，杰斐遜的病情日益沉重。7月4日——美國獨(dú)立五十周年紀(jì)念日，他的老朋友約翰·亞當(dāng)斯在新英格蘭辭世，彌留之際仍在喃喃呼喚：“托馬斯·杰斐遜還活著。”其實(shí)，杰斐遜已早他幾小時(shí)在蒙蒂賽洛的家中靜靜地長眠了。

杰斐遜安葬在蒙蒂賽洛的家族墓地中——他的身旁便是愛妻瑪莎的香冢，墓碑上銘刻著他生前擬好的簡短碑文：

托馬斯·杰斐遜之墓

美國《獨(dú)立宣言》的起草人

弗吉尼亞宗教自由法案的作者

弗吉尼亞大學(xué)的創(chuàng)建人