1791年夏天，杰斐遜和麥迪遜做了一次“植物考察旅行”，在采集標本和觀賞自然景觀的同時，他們與紐約的共和主義者建立起了政治上的聯(lián)盟，這是共和黨形成過程中的關鍵一步。

雖然杰斐遜同情法國大革命，厭惡君主制，但在處理國際事務時還是相當務實理智的，總是設法使美國避免卷入歐洲的政治和戰(zhàn)爭，因此原則上支持1793年的《中立宣言》。他在這一問題上與漢密爾頓的區(qū)別在于：漢密爾頓要求廢除美法同盟條約，而杰斐遜則主張回避這一問題。

1793年春，法國新公使埃德蒙·熱內(nèi)來美。杰斐遜熱情地會見了這位來自革命法國的使者，同時告誡他應謹慎行事。但此人頭腦狂熱，企圖利用人們對法國革命的熱愛在美國掀起仇英情緒，使一貫同情法國的杰斐遜認識到“此人將會斷送掉共和黨”。于是他巧妙地使法國政府召回熱內(nèi)，從而化解了一場危機。

1792～1793年，漢密爾頓的反對者在麥迪遜的領導下組成了一個全國性的政黨——共和黨，由于杰斐遜的社會地位和政治影響，被公認為是該黨派的精神領袖。1792年夏秋之交，漢密爾頓利用弗雷諾在《國民公報》上發(fā)表抨擊他的文章的事件，對杰斐遜進行猛烈的人身攻擊。杰斐遜曾舉薦弗雷諾在國務院任譯員，但他表示從未指使弗雷諾從事黨派活動，而且拒絕壓制弗雷諾。此時，杰斐遜對政治生活已感到厭倦，請求辭職，但被總統(tǒng)拒絕了。

1793年的最后一天，他的辭呈最終獲批準，遂起程返鄉(xiāng)。

副總統(tǒng) 在蒙蒂賽洛，杰斐遜避開一切公務，全身心地經(jīng)營他的農(nóng)場，進行科學研究，并從書本和家庭生活中尋找樂趣。在退休后的兩年中，他的農(nóng)場生產(chǎn)已經(jīng)達到了州內(nèi)一流水平。但國內(nèi)政治形勢的發(fā)展仍不時牽動他的心。他對華盛頓政府日趨保守的傾向深感不滿，認為《杰伊條約》是美國外交的“恥辱”，指責漢密爾頓偏袒大資產(chǎn)階級的利益，是一個貴族政治論者，反對政府的親英外交政策。然而他一再發(fā)誓：永不踏入政壇。但由于他在民眾和政壇中均擁有巨大的威望，1796年共和黨仍推舉他為總統(tǒng)候選人。雖然杰斐遜本人在選舉中一直作壁上觀，但結果僅以三票之差敗給了約翰·亞當斯，成為亞當斯政府的副總統(tǒng)。據(jù)分析，只要杰斐遜稍做努力，選舉就會是另一種結局。亞當斯的當選還得益于當時人們的一種模糊看法，即認為副總統(tǒng)理應繼任總統(tǒng)之職。但杰斐遜卻表現(xiàn)出一種開明和大度，他甚至表示：論資歷，亞當斯當總統(tǒng)是應該的。

亞當斯政府是第一個具有明顯黨派性的全國政府，聯(lián)邦黨人控制了各個權力部門，黨同伐異，迫害異己，政治專橫。對內(nèi)頒布了不得民心的高壓法令，嚴重侵犯了人民的權利。對外實行親英政策，使美法關系走到了戰(zhàn)爭的邊緣。所有這些都激起杰斐遜的強烈不滿。為此他起草了《肯塔基決議案》，伸張“1776精神”和民主共和原則，團結一切進步人士，反對聯(lián)邦黨人的倒行逆施。此后，大部分國民對亞當斯政府失去了好感。