山東戰(zhàn)場失敗，清政府喪失了主力的海軍；東北戰(zhàn)場雪崩，清政府又喪失了幾乎全國能戰(zhàn)的陸軍，至此甲午敗局已定。1895年2月22日，李鴻章奉召到達(dá)北京，奉派準(zhǔn)備往日本議和。此時，滿朝文武中主戰(zhàn)的聲音已經(jīng)絕跡，光緒皇帝在養(yǎng)心殿召見李鴻章等，討論與日本議和一事。李鴻章對割地、賠款都表露為難，稱“割地之說不敢擔(dān)承，假如占地索銀，亦殊難措”，翁同　對答“但得辦到不割地，則多償當(dāng)努力”，此前已經(jīng)前往日本與日本人略有接觸的孫毓汶、徐用儀則說得十分坦率，“不應(yīng)割地便不能開辦”。

1895年3月14日，李鴻章作為清政府的議和特使，從天津乘船東渡日本馬關(guān)。行前，李鴻章曾有一段向清政府所作的心跡流露，“……但能爭回一分，即少一分之害，伏念此行，本系萬不得已之舉，皇上軫念生靈，不恤俯從群議，臣受恩深重，具有天良，茍有利于國家，何暇更避怨謗？惟是事機(jī)之迫，關(guān)系之重，轉(zhuǎn)圜之難，均在朝廷洞鑒之中。臣自應(yīng)竭心力以圖之，倘彼要挾過甚，固不能曲為遷就，以貽后日之憂；亦不敢稍有游移，以速目前之禍……”[15]

一周左右的談判中，李鴻章苦苦相爭，日本則寸步不讓，并威脅要繼續(xù)用兵。4月17日經(jīng)清政府允準(zhǔn)，喪權(quán)辱國的《馬關(guān)條約》簽署，主要約文包括中國承認(rèn)朝鮮獨(dú)立；割讓遼東半島、臺灣、澎湖列島給日本；賠償日本軍費(fèi)2億兩銀。

5月21日，清政府頒發(fā)上諭，宣布承認(rèn)《馬關(guān)條約》，甲午戰(zhàn)爭就此結(jié)束?！啊匀q倉促開釁，征兵調(diào)餉，不遺余力，而將少宿選，兵非素練，紛紜召集，不殊烏合，以至水陸交綏，戰(zhàn)無一勝。至今日而關(guān)內(nèi)外情勢更迫，北則竟逼遼沈，南則直進(jìn)京畿，皆現(xiàn)前意中之事。陪都為陵寢重地，京師則宗社攸關(guān)，況二十年來慈闈頤養(yǎng)，備極尊崇，設(shè)一朝徒御有驚，則藐躬何堪自問？！加以天心示警，海嘯成災(zāi)，沿海防營，多被沖沒，戰(zhàn)守更難措手；用是宵旰彷徨，臨朝痛哭，將一和一戰(zhàn)，兩害熟權(quán)，而后幡然定計。此中萬分為難情事，乃言者奏所未詳，而天下臣民皆應(yīng)共諒者也。茲當(dāng)批準(zhǔn)定約，特將前后辦理緣由，明白宣示。嗣后我君臣上下，惟當(dāng)艱苦一心，痛除積弊，于練兵籌餉兩大端，盡力研求，詳籌興革，勿存懈念，勿騖空名，勿忽遠(yuǎn)圖，勿沿故習(xí)，務(wù)期事事核實(shí)，以收自強(qiáng)之效，朕于中外臣工有厚望焉?！盵16]

中日戰(zhàn)爭居然出現(xiàn)如此勝負(fù)懸殊的結(jié)局，大大出乎始終旁觀的俄國政府的意料，日本從中國勒索到巨款，尤其是占領(lǐng)了與俄國接壤的遼東地域，對俄國形成了極大的刺激。很快俄國聯(lián)合在遠(yuǎn)東有利益索求的德國、法國，三國一起向日本提出交涉，要求將遼東歸還給中國。最終清政府以多支付3000萬兩的代價，贖回了遼東，俄國則借機(jī)向中國滲透政治影響，逐步通過強(qiáng)租的形式，控制中國東北，埋下了日后日俄決戰(zhàn)的伏筆。

馬關(guān)條約提出的2億兩銀賠款，以及贖遼費(fèi)3000萬兩，完全超出了每年財政盈余不過百萬兩的清政府的承受能力，俄、法、英、德等國借此趁火打劫，向中國出借以中國海關(guān)、稅收等權(quán)力為擔(dān)保的高利貸。為了支付甲午戰(zhàn)爭戰(zhàn)敗賠款，清政府總共負(fù)擔(dān)上了71748萬兩本息債務(wù)，直到抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)前夕，這筆巨額外債仍然是中國政府的夢魘。