1937年七七事變，日軍全面侵華。為了遠(yuǎn)離戰(zhàn)場(chǎng)，蔡元培從上海愚園路搬到海格路（今華山路）。但住了不到一個(gè)月，上海就淪陷了。11月27日，他在丁西林、莊長(zhǎng)薛等陪同下去了香港。1938年2月，其妻周夫人攜兒女來(lái)香港。蔡元培原計(jì)劃合家遷往昆明，但因年老多病，只得在香港先停留下來(lái)。王云五將蔡元培安排在商務(wù)印書(shū)館他的臨時(shí)宿舍。蔡元培與王云五得以朝夕相處三個(gè)多月時(shí)間，并得到了王云五及家人的熱情照顧。香港房租貴，物價(jià)高，而每月中央研究院寄來(lái)的月薪兌換成港幣，所剩無(wú)幾，因此，蔡元培一家生活常常入不敷出，幸虧有王云五在經(jīng)濟(jì)上予以接濟(jì)。

從蔡元培居住香港所寫(xiě)的日記可知，這位風(fēng)燭殘年的老人始終關(guān)注中央研究院在昆明的情況，每有相關(guān)函電必載入日記。在他去世前數(shù)日，先后收到翁文灝、任鴻雋、竺可楨等人的來(lái)信，對(duì)其中有關(guān)中研院評(píng)議會(huì)改選一事甚為關(guān)心。蔡元培在晚年擯棄外務(wù)，希望靜心養(yǎng)病和寫(xiě)作，但對(duì)于視為"百年大計(jì)"的中研院的工作則是一個(gè)例外。

身懷民族大義，充滿愛(ài)國(guó)情感，自古以來(lái)就是中國(guó)知識(shí)分子的優(yōu)良傳統(tǒng)。蔡元培秉承這一傳統(tǒng)，其報(bào)國(guó)之志不衰。蔡元培為后人留下一個(gè)難以磨滅的歷史鏡頭。1935年，蔡元培到南京，當(dāng)時(shí)還是南京政府行政院長(zhǎng)兼外交部長(zhǎng)的汪精衛(wèi)請(qǐng)他吃晚餐。蔡元培苦勸汪精衛(wèi)改變親日立場(chǎng)，鐵心抗日。蔡元培說(shuō)這些的時(shí)候流下了眼淚，滴在湯盤(pán)里，和湯一道咽下去。

蔡元培隱居香港，心系天下，時(shí)刻關(guān)注戰(zhàn)爭(zhēng)局勢(shì)。1938年12月蔡先生為北京大學(xué)四十周年紀(jì)念題詞，有"他日河山還我，重返故鄉(xiāng)，再接再厲，一定有特殊之進(jìn)步，敬以是為祝"之語(yǔ)。惜蔡先生過(guò)早地病逝香港，未能于河山還我之后，再訪他曾傾注了滿腔心血的北京大學(xué)。蔡元培生前曾為友人之父題照，寫(xiě)了"家祭毋忘"四字。也許他預(yù)感到自己不能看到抗戰(zhàn)勝利的那一天了。

面對(duì)神州陸沉，山河破碎的局面，晚年蔡元培又重拾早前參加革命時(shí)的金戈鐵馬的英雄氣概。這種情感在他的詩(shī)作中有強(qiáng)烈表現(xiàn)。他寫(xiě)給陸丹林的紅葉詩(shī)其三云："楓葉荻花瑟瑟秋，江州司馬感牢愁。而今痛苦何時(shí)已，白骨皚皚戰(zhàn)血流。"他為張一麟《八一三紀(jì)事詩(shī)》題詩(shī)："世號(hào)詩(shī)史杜工部，亙古男兒陸渭南。不作楚囚相對(duì)態(tài)，時(shí)聞諤諤展雄談。"

烈士暮年，壯心不已。最能反映蔡元培民族情感的詩(shī)詞，莫過(guò)于他的《滿江紅》。1939年7月，他被國(guó)際反侵略運(yùn)動(dòng)大會(huì)中國(guó)分會(huì)推為第二屆名譽(yù)主席，為該會(huì)會(huì)歌所作的《滿江紅》詞鏗鏘有力，錚錚有聲：

公理昭彰，戰(zhàn)勝?gòu)?qiáng)權(quán)在今日。