棉花使南方具有一種夸張的獨占意識。作為全球棉花的主要生產(chǎn)基地，亞拉巴馬和南方其他各州都開始認為他們應當掌握自己的命運。雷曼兄弟清楚地意識到而大部分南方人沒有意識到的一點是：棉花控制的重要力量已經(jīng)來源于他處——美國東北、英格蘭和歐洲其他各國的工廠是棉花的主要需求方；紐約日漸穩(wěn)定地成為供需雙方連接的紐帶，而且實際上已經(jīng)是南方的經(jīng)濟之都。在南方陶醉在自己的世界中時，雷曼兄弟在美國南北兩個棉花經(jīng)營陣營均有涉足。

南方各州中第一個脫離合眾國的南卡羅來納州于1860年12月獨立，恰好在林肯總統(tǒng)選舉前后。很快，人們的關(guān)注重點轉(zhuǎn)移到亞拉巴馬州。1861年2月4日，蒙哥馬利大炮轟鳴，鐘聲響徹，此時已經(jīng)退出合眾國的6個州的代表齊聚于此組成南部邦聯(lián)政府。隨后就在2月份，大規(guī)模的人群聚集在戈特希爾的草坪上目睹了杰弗遜·戴維斯在州議會大廈的露天平臺上宣誓就任南部邦聯(lián)總統(tǒng)的情景。幾天后，戴維斯再次出現(xiàn)在露天平臺，這一次是在交易大酒店的露天平臺上，《百年紀念》這樣報道當時的情景，他站在那里“接受聚集在科特廣場的人們的熱烈擁戴”。興奮的梅耶·雷曼一家和雷曼兄弟的員工一定就在附近，要么是在熱情洋溢的人群中，要么是在對面的公司辦公室里往外看。

蒙哥馬利成為第一個南部邦聯(lián)首都，而亞拉巴馬則成為“南部邦聯(lián)的搖籃”。接下來的幾個月，蒙哥馬利成為“部隊駐地和軍備倉庫，到處都在宣傳戰(zhàn)事，一派熱血沸騰的景象”。戴維斯和家人生活在人們叫做南部邦聯(lián)白宮的一座莊嚴的白色二層小樓里。當時，年輕小伙子都不假思索地匆匆參戰(zhàn)，他們唯一擔心的是不能在南方獲勝前到達前線——他們堅信南方不會失敗。

伊曼紐爾·雷曼在紐約對當時的情況有完全不同的看法。林肯從 1861年4月開始封鎖南部各州，切斷南方到北方的棉花輸送路線，雷曼兄弟公司來自北方紡織品制造商的收入也被切斷。南部的棉花要跨過大西洋到達英格蘭和歐洲大陸的其他市場就必須突破封鎖。隨著公司業(yè)務的中止，絕望的伊曼紐爾認識到多年來的努力可能很快就被付之一炬?？赡芩趦?nèi)心深處質(zhì)疑過南方的同胞——甚至他的弟弟——怎么能夠讓這樣的混亂局面發(fā)生呢！南方在政治領(lǐng)域一直是歡呼雀躍般的“看多”情緒，而伊曼紐爾卻選擇“看空”。他對近期的發(fā)展狀況極其悲觀。

其實情況還沒有像伊曼紐爾擔心的那樣徹底完了。平靜下來后，他和梅耶認真分析了當時的情況，發(fā)現(xiàn)并沒有像他想象的那么令人沮喪。內(nèi)戰(zhàn)期間，棉花交易急劇下降，但從來沒有停止。南方急需賣出棉花支付戰(zhàn)爭費用，而北方又需要棉花，特別是因為工廠都在為聯(lián)軍趕制大量制服。

戰(zhàn)爭爆發(fā)的時候，兄弟倆剛剛30歲出頭，伊曼紐爾和梅耶完全可以選擇加入南部邦聯(lián)的軍隊，但他們還是選擇了更好地發(fā)揮自己的特有技能來為戰(zhàn)爭效勞。他們成為穿越封鎖線的人——不完全是猶太版的小說《飄》中的瑞德·巴特勒——但他們和瑞德一樣受人尊敬，還留著胡子。梅耶努力突破棉花的封鎖線，伊曼紐爾則把棉花賣到紐約的緊俏市場。一些從南方輸送到紐約的棉花必須先運到英格蘭避開封鎖，完成兩次橫跨大西洋的旅程。

1862年5月，北方海軍控制新奧爾良后，情況有些緩和。同年，梅耶把雷曼兄弟公司的部分業(yè)務轉(zhuǎn)移到那里，與芭貝特的兄弟本杰明·紐加斯合伙。只要有可能突破封鎖輸送更多棉花（通過一些交際策略、微妙談判，甚至一定的賄賂），雷曼兄弟公司就具備應付這一切的優(yōu)勢。

戰(zhàn)爭期間，伊曼紐爾多次到英格蘭處理業(yè)務。1863年末的一次，他帶著全家回到德國。表面看來，這是他和妻兒同行的一次尋根之旅，不過，那時候根本不適合在歐洲各處逍遙游。在普魯士，奧托·馮·俾斯麥伯爵，威廉大帝統(tǒng)治時期的大臣和幕后操縱者，正在發(fā)起統(tǒng)一德國的戰(zhàn)爭。19世紀60年代到70年代初期，他因此發(fā)動了針對丹麥、奧地利和法國的軍事演習。因此，普魯士軍隊需要很多制服，而且棉花的價格非常不錯。伊曼紐爾，雷曼兄弟中務實的一位，不會把這次旅行僅僅作為一次旅游和眷戀故鄉(xiāng)之行。