由于太平洋戰(zhàn)區(qū)沒有尼米茲司令的海軍，麥克阿瑟認為：“美國作戰(zhàn)參謀部最錯誤的決定是沒有統(tǒng)一指揮太平洋戰(zhàn)區(qū)。”中、英、美、蘇等盟軍經(jīng)過中途島、瓜達爾卡納爾幾大戰(zhàn)役后，由被動的戰(zhàn)略防御轉(zhuǎn)向主動的戰(zhàn)略進攻。

日軍在中途島戰(zhàn)役失敗后，在新幾內(nèi)亞布置了大量的兵力，企圖占領(lǐng)米恩灣，再奪取莫爾斯比港。麥克阿瑟針對日軍的目的，制訂出越島作戰(zhàn)計劃：“應用越島作戰(zhàn)就是避免正面攻擊時的大量傷亡；切斷補給線，使他們?nèi)藳]有吃的，大炮沒有炮彈，汽車沒有汽油；把日軍困死、餓死在戰(zhàn)場上？？這就是我擬定的越島作戰(zhàn)計劃的指導思想。”麥克阿瑟強調(diào)，盟軍必須同時在瓜達爾卡納爾和巴布亞兩地發(fā)動進攻，以保衛(wèi)所羅門群島、新幾內(nèi)亞東北部，還可以隨時集中優(yōu)勢兵力占領(lǐng)拉包爾。盟軍采用了越島戰(zhàn)術(shù)，也實現(xiàn)了以上的作戰(zhàn)計劃。

1944年春夏，盟軍已經(jīng)攻克太平洋上的許多群島。但麥克阿瑟與尼米茲兩員大將在此期間就太平洋戰(zhàn)爭的戰(zhàn)略問題意見相左。麥克阿瑟主張先發(fā)起以新幾內(nèi)亞、哈爾馬赫拉、棉蘭老為軸心的戰(zhàn)役，再去打擊菲律賓的日軍；尼米茲主張先進攻棉蘭老空軍基地，之后孤立呂宋島的日軍，再消滅中國臺灣及中國沿海的日軍，這樣可以直接打到日本去，大大縮短戰(zhàn)爭進程。二人分別得到陸軍參謀長馬歇爾和海軍作戰(zhàn)部長金的支持。最后，羅斯福總統(tǒng)支持麥克阿瑟的作戰(zhàn)計劃。

麥克阿瑟指揮美國部隊進行登陸菲律賓戰(zhàn)役。萊特島戰(zhàn)役勝利之后，麥克阿瑟在菲律賓總統(tǒng)的陪同下，在廣播公司發(fā)表了震撼人心的演講：“菲律賓人民，我，美國陸軍五星上將道格拉斯·麥克阿瑟回來了！”他號召大家為了死去的親兄弟和親人，更為了子孫，要繼續(xù)戰(zhàn)斗，奪取正義的勝利！

1945年1月，英美盟軍在馬尼拉的仁牙因灣登陸，之后又開始在巴丹半島進攻山下奉文所部日軍。盟軍直到3月底才攻克馬尼拉、巴丹半島、科雷吉多爾。山下奉文頑抗至9月才率部投降。

1945年4月，麥克阿瑟升任太平洋戰(zhàn)區(qū)總司令，統(tǒng)一指揮美國所有陸軍部隊的作戰(zhàn)。

1945年8月15日，美國在日本長崎、廣島投放“胖子”和“小男孩”兩顆原子彈后，日本宣布無條件投降，杜魯門總統(tǒng)任命麥克阿瑟為駐日盟軍最高司令。9月2日，盟國在密蘇里號軍艦上舉行受降儀式。8時43分，麥克阿瑟登上密蘇里號軍艦，軍樂隊奏《陸軍上將進行曲》，陸軍上將將旗在樂曲中升了起來，他跟尼米茲握了握手。8時56分，美國蘭斯多恩號巡邏艦接到指令，將日本投降的代表--日本的外交大臣重光葵送上密蘇里號戰(zhàn)列艦。日方還有海軍軍令部作戰(zhàn)部部長富岡定俊，陸軍參謀總長梅津美治郎代表日本軍隊簽字投降。他們站到2號甲板之后，軍艦上響起美國國歌《星條旗永不落》，國歌奏完之后，麥克阿瑟、尼米茲走到桌前，麥克阿瑟開始講話：“日本帝國政府和日本皇軍代表前來簽字！”日本外相重光葵和參謀總長梅津美次郎代表日方簽署投降書。

麥克阿瑟代表盟國簽字受降，中、英、美、蘇等盟國代表亦先后簽字。麥克阿瑟在簽字受降時，特意安排曾被日軍俘虜過的兩位戰(zhàn)將--美國將軍溫賴特和英國將軍珀西瓦爾--站在身后的榮譽位置。簽字儀式正式開始。有意思的是，他用了5支派克金筆簽字：第一支筆簽了“道格”兩字，送給站在身后的美軍中將溫賴特；第二支筆接著寫了“拉斯”，送給英軍司令珀西瓦爾；第三支寫了“麥克阿瑟”就收起來，送給美國政府檔案館；第四支筆簽了職務(wù)“盟軍最高統(tǒng)帥”，送給西點軍校；第五支筆簽了年月日后，送給妻子。