1907年春，陳獨(dú)秀第四次來到日本。陳獨(dú)秀這次回安慶，高曉嵐懷了身孕，夏末生下一女兒，即陳喬年之妹。不久，幼女夭折。

到東京后，陳獨(dú)秀住在神田區(qū)猿樂町二丁目番地清壽館，和章士釗、蘇曼殊住一室。此外，鄧藝孫的兩個兒子鄧初（老二）和鄧以蟄也住在這里。陳獨(dú)秀和章士釗在正則英語學(xué)校學(xué)習(xí)英文，同時到早稻田大學(xué)學(xué)習(xí)西歐文化。鄧初學(xué)醫(yī)，鄧以蟄在宏文書院學(xué)日語，后入干葉醫(yī)專讀書。學(xué)習(xí)之余，陳獨(dú)秀和章太炎、蘇曼殊、張繼、陶冶公、劉師培和何震夫妻以及日本人幸得秋水等成立了“亞洲和親會”。

4月9日（舊歷閏二月十九日），蘇曼殊在東京給鄧藝孫寫了一封信，提到他在日本和陳獨(dú)秀以及他的兩個兒子鄧仲純、鄧以蟄經(jīng)常見面：

拜別累年，孺慕之誠，無時忘弭。只以塵勞行腳，修候闕如，耿惕奚似？昨冬內(nèi)渡，一過秣陵，以為必得良會。未及三月，即又東行，其緣慳耶？

晚現(xiàn)居江戶，一無所事。仲甫、慶初、以蟄三兄，常相聚首，尚弗覺其寥寂。聞以蟄兄夏期返國，屆時當(dāng)勉作畫一幅，順托帶上，以達(dá)萬里之懷，非敢言畫也。此后西歸尚未有期，但愿“隨緣消歲月”耳。拜謁未從，臨書神溯，恭叩清安！ 

信中所說的“昨冬內(nèi)渡，一過秣陵，以為必得良會。未及三月，即又東行”，指蘇曼殊1907年冬天回中國，未及三個月，1908年春天又到日本?！皯c初”，即鄧初，號仲純，鄧?yán)K侯次子?！奥勔韵U兄夏期返國，屆時當(dāng)勉作畫一幅，順托帶上?！边@幅畫，即《葬花圖》。蘇曼殊畫好后，陳獨(dú)秀寫詩《曼上人作葬花圖贈以蟄君為題一絕》：“羅襪玉階前，東風(fēng)楊柳煙。攜鋤何所事，雙燕語便便?！?/p>

平常，陳獨(dú)秀叫喜歡吃甜食和零嘴的蘇曼殊“糖僧”、“革命和尚”，但題詩時，總客氣地稱為“曼上人”。鄧以蟄（1892～1973），字叔存，鄧石如五世孫，鄧藝孫第三子。

章士釗、陳獨(dú)秀、蘇曼殊三人在一起，蘇曼殊年齡最小，小陳獨(dú)秀五歲，小章士釗兩歲。因此跑腿打雜，常常是蘇曼殊的事。陳獨(dú)秀在南京坐牢，和濮德治談了一件事：

有一次三人斷炊，叫蘇曼殊拿幾件衣服去當(dāng)鋪當(dāng)點(diǎn)錢來買吃食，他與章士釗在家里等待，哪知蘇一去不返，等到半夜，他倆因不耐饑餓就睡了。午夜蘇才回來，手上拿了一本書在看。他倆問他：“錢呢？買了什么吃的？”蘇說：“這本書我遍尋不得，今天在夜市翻著了。”他倆說：“你這瘋和尚！你忘記了我們正餓著肚子？”蘇說：“我還不是一樣，你們起來看看這本書就不餓了。”他倆氣得連罵幾聲：“死和尚，瘋和尚”，就蒙被而睡，而蘇將這本書看到天明，直到看完為止。

不久，章士釗因交女友，得罪了其丈夫——一位陸軍大佐，先逃回國內(nèi)了。

東渡日本后，蘇曼殊修改整理幾年前翻譯的《梵文典》（八卷）。三年前，蘇曼殊決心為漢人編寫學(xué)習(xí)梵文的讀本。后從陳獨(dú)秀處獲得《梵文典》（八卷）英文本，于是著手參照編譯?？觥惰笪牡洹肥拙頃r，陳獨(dú)秀5月寫詩《曼上人述〈梵文典〉成，且將次西游，命題數(shù)語，爰奉一什，丁未夏五月》祝賀：

千年絕學(xué)從今起，愿罄全功利有情。

羅典文章曾再世，悉曇天語競銷聲。

眾生繭縛烏難白，人性泥涂馬不鳴。

本愿不隨春夢去，雪山深處見先生。

7月，蘇曼殊給鄧藝孫寫信，將陳獨(dú)秀的詩抄寫給他，并說：“陳仲、循叔兩公常相過談，殊不廓落。致幻影一幅，亦達(dá)此馳戀耳?！薄盎糜耙环?，指照片。

“陳仲”，即陳獨(dú)秀?！把濉保锤鹌涔?，別號盛唐山人，安徽懷寧人，鄧藝孫女婿葛溫仲之弟。蘇曼殊在信中稱陳獨(dú)秀是居士，說明早年陳獨(dú)秀不拒佛教。蘇曼殊佩服陳獨(dú)秀的漢學(xué)，章太炎的詩，自己則喜歡哼著以龔定庵為藍(lán)本的七言絕句。

在日本，蘇曼殊愛上了藝妓百助眉史（即蘇當(dāng)年的戀人菊子）。夏日的一天，兩人游東京近郊勝地上野公園。公園不忍池荷花盛開，蘇曼殊吟詩《游不忍池示仲兄》一首，云：

白妙輕羅薄幾重，石欄橋畔小池東。

胡姬善解離人意，笑指芙蕖寂寞紅。

“白妙”，蘇曼殊原注：“日人稱里衣之袖曰‘白妙’”。石欄橋，即通天橋；“胡姬”，外國女子，此指百助眉史。“芙蕖”，即荷花?！对娊?jīng)》鄭玄箋：荷花“未開曰菡萏，已發(fā)曰芙蕖”，說明荷花已開。