1939年9月，第二次世界大戰(zhàn)爆發(fā)。年底，蔣介石掀起第一次反共高潮，令胡宗南部隊向陜甘寧邊區(qū)發(fā)動進攻……這一切，使得一直靠拉共產(chǎn)黨對抗國民黨的盛世才，感到自己的羽翼已經(jīng)豐滿，有機可乘，政治態(tài)度變得強硬起來。在迪化乃至全疆，反蘇反共的空氣日趨濃烈。

在陳潭秋接任中共駐新疆代表，主持八路軍駐新疆辦事處工作后，曾多次約會盛世才。盛世才總是借口忙，予以拒絕。陳潭秋敏感地意識到，新疆上空已經(jīng)烏云滾滾，一場突然襲來的暴風雨將不可避免。鑒于“新兵營”的學習已經(jīng)基本結束，同志們強烈要求奔赴抗日前線，為預防不測，陳潭秋立即報請黨中央，盡快將這些同志送回延安。1940年2月5日，300多位“新兵營”官兵歷經(jīng)艱辛，勝利地回到黨中央的懷抱。

就在這時，在蘇聯(lián)學習、養(yǎng)病的毛澤民離開莫斯科回到迪化。臨行前，在中國黨校學習的楊至成等幾位紅軍老戰(zhàn)友都勸毛澤民回延安。毛澤民謝絕了同志們的好意。他深知自己的影響和肩上的責任。義無反顧地踏上返回新疆的行程。

回到迪化后，毛澤民一方面立即展開建設新新疆的藍圖，把在蘇聯(lián)學到的先進經(jīng)驗，盡可能多地用于新疆的經(jīng)濟建設，造福各族人民，一方面也更加關注時局，關心中共在新人員的安危。他和陳潭秋送走了一批又一批自己的同志和黨外民主人士，而他們自己卻在險惡的環(huán)境中毫不畏懼地堅守著。

1941年6月，蘇德戰(zhàn)爭爆發(fā)后，蔣介石加緊了奪取新疆的進程，并采取軟硬兼施的辦法逼盛世才就范。他首先令胡宗南部接替馬家軍的防務，用武力威脅新疆，隨后又三次召見盛世才駐重慶代表張元夫，提出談判的條件。

而此時，世界反法西斯戰(zhàn)爭和中國的抗日戰(zhàn)爭都處在異常艱苦的階段。一向標榜“國際問題看莫斯科，國內(nèi)問題看延安”的盛世才，認為“蘇聯(lián)靠不住了”，“中共也要垮臺了”，于是，更加快了反蘇反共、投靠蔣介石的步伐。他先是借口毛澤民身體不好，需要半休，將他調(diào)離了財政廳，改任民政廳代理廳長；后又在新疆炮制了一系列所謂“陰謀暴動案”的同時，加緊特務活動，將反共矛頭首先指向毛澤民。